性交疼痛通常由较明确的妇科疾病或全身性器质性疾病所致。亦有部分病人以心理因素为主，但在临床上往往器质性疾病与心理因素并存。
1.器质性原因
妇科炎症是性交疼痛的主要原因之一，包括外阴炎、阴道炎、盆腔炎等。外阴炎及其导致的大、小阴唇及阴道前庭部的溃疡，可引起严重的性交疼痛，疼痛部位在外阴口及前庭部。急慢性盆腔炎常出现性交动作引起的盆腔深部疼痛和下腹痛，炎症轻重不同，疼痛程度和持续时间亦不相同。萎缩性阴道炎产生的性交疼痛最为常见，妇女进入围绝经期、绝经后期或手术切除双侧卵巢、药物[如促性腺激素释放激素激动剂（GNRH-a）]导致的体内雌激素水平下降或匮乏均可引起萎缩性阴道炎，其阴道上皮变薄、皱褶减少消失、弹力下降、阴道扩张能力不足、润滑作用减低等，均可在性交时引起阴道口、阴道管以致下腹疼痛。放射治疗引起的卵巢功能低下、阴道纤维化和缩窄，亦可产生性交疼痛和性交困难。
慢性外阴营养不良和外阴白斑的中晚期，局部皮肤萎缩变薄，弹性减低或消失，在性交时往往产生难以避免的、顽固的、较剧烈的性交疼痛，并常常于性交后或仅接触阴道口后在阴道口下方，会阴体上端产生浅表裂口，触之疼痛不已，愈合缓慢，以致拒绝性交或长期停止性生活。慢性外阴营养不良是性交疼痛的重要原因之一。
先天性处女膜肥厚、坚韧或产后，外伤后会阴裂伤畸形愈合，瘢痕较大亦可引起性交疼痛。子宫全切术后阴道断端愈合不良，瘢痕质硬，亦可在术后近期引起阴道深部冲撞疼痛。
子宫内膜异位症是性交疼痛的常见原因，主要为双侧宫骶韧带处有肿物、结节增厚使其弹性降低时，表现为盆腔深部疼痛，持续时间不等，病人往往避免性生活或深部插入。
急慢性尿道炎或绝经后期老年性慢性尿道炎能引起反复的性交时尿道部及下腹部疼痛，往往迁延不断，久治不愈，影响健康。
盆腔充血综合征主要因阔韧带部静脉曲张充血所致，其性交疼痛呈盆腔深部弥散性持续隐痛。糖尿病、下肢骨骼疾病亦可伴性交疼痛。
2.心理性原因
封建、宗教及传统的性教育，以及创伤性性经历均可引起对性生活的恐惧、焦虑及抑制，引起性欲低下，性唤起障碍、性交疼痛和阴道痉挛等。夫妻关系不和，错误的性行为方式也可引起性交疼痛。当性欲低下，性唤起不良时，阴道在正常性反应过程中出现的延长，扩张及充分的润滑作用不足，在性交时则有不适感或下腹隐痛等。
性交疼痛的产生与配偶关系密切，如体位不当，事前缺乏语言或非语言交流，动作粗暴均可引起性交疼痛。相反，如果配偶过于忍让，女方稍有不适则缺乏信心而依从、退让，则亦可能强化女方疼痛感，引起性交困难。
性交疼痛常见并发症：
1、性交疼痛可诱发性唤起及性高潮功能障碍及性交困难等，也可导致男方勃起功能不良及阳萎等。
2、下腹部疼痛：经常发生阴道剧烈疼痛，性交后数小时疼痛仍不能消失，因疼痛而不得不拒绝性交。
女性性交疼痛的最主要及明显的症状有以下3点：
1.疼痛的性质及部位
先天性生殖器发育异常，如处女膜肥厚，处女膜伞、阴道闭锁、狭窄或短小、阴道纵隔或横隔，疼痛为表浅性钝性撞击痛，常伴有阴道插入困难。阴唇及阴道口粘连、瘢痕、外阴炎、前庭大腺炎、囊肿等常为局部烧灼样痛、锐痛或撞击时的疼痛。阴蒂或阴蒂包皮过敏时，疼痛呈牵拉性或接触性疼痛。肛门直肠疾病时，疼痛常呈弥漫性；阴道感染性疾病或阴道创伤及阴道萎缩时，由于缺乏雌激素等因素引起阴道、子宫颈内黏液的酸碱度改变，疼痛多在阴道口、阴道内，呈锐痛或轻度疼痛。子宫后倾或伴有子宫肌瘤，表现为月经前期深部性交疼痛。子宫内膜异位常致经前期性交疼痛，随性交动作而深部疼痛。慢性盆腔炎等盆腔病变时多为深部性交痛，而膀胱炎时常有随性交动作的阴道前壁性交痛。脂肪膨出也可引起性交时阴道前壁的疼痛。外阴皮肤由于性传播的疱疹性外生殖器炎症，性交时可引起阴道外部或内部灼痛。尖锐湿疣引起性交时外阴或阴道口烧灼样疼痛。其他如单纯疱疹、带状疱疹、阴虱、疥疮、皮炎等都可引起性交浅部疼痛。
2.相伴的器质性疾病症状
如子宫内膜异位症，有典型的经期下腹部疼痛病史，疼痛呈进行性加重，盆腔检查时常有阴道后穹隆触痛、子宫或附件的压痛、宫颈的举痛、摇摆痛等，有时可触及内膜异位形成的巧克力囊肿，先天性无阴道、阴道短小或狭窄、阴道隔膜、处女膜闭锁或肥厚等，妇科检查时即可明确诊断。各种原因导致的外生殖器萎缩，有阴道干涩、外阴瘙痒、白带少，多有尿频、尿急、尿痛等泌尿道感染症状。检查时见外阴阴道皮肤、黏膜变薄，缺乏弹性，阴道分泌物减少或性状发生改变，常有反复发作的泌尿生殖道感染史，外阴阴道炎症包括螺旋体类性传播疾病(STDs)时，常有白带异常、外阴瘙痒，妇检见局部充血、红肿溃破及STDs典型的外阴疱疹或赘生物增生等病理损害。分娩、哺乳或绝经特殊生理事件的存在等其他疾病如精神病等的典型表现。
3.精神情绪表现
患者可能述说“不想过性生活，只是尽做妻子的义务”、“害怕或讨厌房事”、“丈夫只顾自己的感受，动作又粗鲁、又不好对他说”、“就是说也说不清楚，有时还被误会为故意找理由躲避性生活”等类似的抱怨，消极对待夫妻性生活；患者情绪或低落、烦躁，或激动、敏感；夫妻关系不和谐，心理压力大一般不主动谈及性生活问题，但经询问可发现可能因性知识及性经验的不足或缺乏存在的性功能障碍隐患，有些患者在妇检时不由自主地出现紧张焦虑、躯体后移、双腿内收或用手阻挡窥阴器或手的触碰而抗拒检查。
性交疼痛预防的一些措施有以下几点：
1、克服恐惧心理
2、树立男女平等心理女性的性交疼痛和困难，有许多是因为心理不平等造成的
3、创造好的性爱环境氛围环境最能影响人的心理反应，作爱的环境是否合适，对于治疗交媾障碍是必不可少的条件
4、合理进行性爱抚这一点对于男性来说是不容忽视的，许多妻子的性交困难与疼痛就是由于丈夫第一次粗暴进入造成的性爱抚可以造成女性的高度性兴奋，在此情况下，稍微的疼痛往往觉察不到
5、进行阴道肌肉松弛技术练习这一行为治疗方法对由于阴道痉挛所引起的性交疼痛尤为有效
6、避免性生活过度，减少性生活的次数，比如说某些人性生活过于频繁，有些人性生活一天两到三次，这样特别容易造成一些充血过度，或者是慢性炎症得不到缓解性生活疼痛
7、避免性生活疼痛还要注意卫生，避免不洁的性生活引起的感染，我们知道泌尿系统炎症是非常普遍的还有近些年性传播疾病有增长的趋势，非淋菌性尿道炎、前列腺炎的炎症造成充血，也能造成性生活疼痛
所以说我们要预防，就注意在性生活这块要注意性生活的卫生，避免感染和性传播疾病的发生
性交疼痛需要做的检查有实验室检查和其他检查如下：
内分泌激素检查
性激素对女性性生理反应的调节作用非常重要，许多疾病或药物会影响性激素的分泌及调节，进而引起女性性功能障碍；甲状腺激素直接影响机体的代谢和神经的反应性，或由于干扰性腺轴的功能，或因情绪因素引起女性性交疼痛。抽血查性激素促卵泡激素(FSH)、促黄体生成激素(LH)、催乳素(PRL)、雌激素(E)、睾酮(T)及甲状腺激素促甲状腺激素(TSH)、游离三点碘甲腺原氨酸(FT3)、游离四碘甲腺原氨酸(FT4)，可协助确诊内分泌源性女性性交疼痛。
其他辅助检查
1.B超：子宫及附件缺如、畸形，子宫肌瘤、腺肌症、附件包块等可经B超检查明确诊断，必要时配合相应特殊检查如子宫内膜异位的抗子宫内膜抗体检查，进一步确诊。
2.特异性生理检查：主要包括测定性刺激前及刺激后女性生殖道的血流，阴道pH值，阴道顺应性及女性生殖器官震动感觉的界限。
3.利用超声Doppler：即可测定阴蒂、阴唇、尿道、阴道及子宫的动脉的最大收缩血流速度及静脉舒张末期速度，了解外生殖器的性生理反应性。
4.阴道pH值：可间接反映阴道滑润程度和清洁度，可用数字式pH测定仪测定。
5.阴蒂及阴唇震荡度：是反映阴蒂及阴唇对性刺激的反应敏感性的指标，可用生物震感阈测量器测定。
6.阴道压力/流量变化：即阴道顺应性，则用顺应性测量仪测定。
7.其他：躯体性疾病则到相应专科进行诊断治疗。
性交疼痛的患者在饮食上应该注意以下内容：
宜食蛋白质含量丰富的食品，如各种豆类、牛奶、瘦猪肉、鸡蛋等；
宜食富含维生素的蔬菜，如白菜、韭菜、菠菜、胡萝卜等；
宜食具有理气、活血功效的食物，如羊肉、山楂、茴香等；
宜食具有温补作用的食物，如牛肉、猪肝、羊肉、桂圆、母鸡等。
忌食辛辣、油腻等刺激性食物，如辣椒、胡椒、蒜、炸排骨等；
忌食生冷、寒凉的食物，如黄瓜、冬瓜等；
忌酒，一些含酒的补品也不要喝，如人参酒、鹿茸酒等；
忌食过咸的食物，如咸肉、咸汤、腌菜等。
性交疼痛的治疗视病因而定。对境遇性女性性交疼痛者，只要改换适宜的性生活环境即可，伴有器质性疾病的应针对病情采用手术或药物治疗。一般地说，婚前接受性教育和患者接受性咨询、性诊断是必要的。
器质性疾病的治疗：器质性病变引起的性交疼痛，应治疗原发病，原发病治愈后性交疼痛自然可以痊愈。
生殖器先天缺乏或发育不良，多采用手术治疗。先天性无阴道或阴道短小可行阴道成型术，手术方式应根据患者的情况如有无发育正常的内生殖器、伴或不伴宫颈闭锁等，有针对性地选择手术方式。
泌尿生殖系感染应针对病原或病种进行抗感染治疗。