喉咙根部有小疙瘩可能是慢性咽炎、扁桃体炎或疱疹性咽峡炎等原因导致，患者应根据不同原因对症治疗。
1、慢性咽炎：导致咽喉部位黏膜及黏膜下结缔组织增生，可以在医生指导下服用薄荷喉片、银黄含片等药物进行治疗。
2、扁桃体炎：炎症刺激下影响到咽喉部位，口腔黏膜可以遵医嘱服用六神丸、罗红霉素胶囊等药物缓解症状。
3、疱疹性咽峡炎：一般是由于病毒感染引起患者会出现咽峡部位不适症状，可以在医生指导下服用利巴韦林片、蒲地蓝消炎口服液等进行治疗。
除以上常见原因以外，还有可能是鼻窦炎等原因引起，患者应及时就医治疗，以免耽误病情。
