免疫性甲状腺炎的治疗工作要对症的进行，静止淋巴细胞性甲状腺炎患者，在早期时可以保守治疗，可使用一些抗甲状腺的药物，因为此时外科和放射治疗是不适合的。
1.静止淋巴细胞性甲状腺炎
暂时性疾病，病程仅数月；甲状腺功能亢进期应予以保守治疗，通常只需β-阻滞剂。抗甲状腺药物，外科和放射治疗是禁忌证。短暂期甲状腺功能减退可能需用甲状腺激素替代治疗。虽然某些可以是永久性甲状腺功能减退，但大多数甲状腺功能恢复正常，因此在6～12个月以后，要重新评估甲状腺功能。
2.亚急性甲状腺炎
较严重和迁延病例主张用皮质类固醇，24～48小时内全部症状消失。当甲状腺放射性碘吸取恢复正常，治疗终止。
3.急性甲状腺炎
局部早期宜用冷敷，晚期宜用热敷，全身给予抗菌素。有脓肿时应早期行切开引流，以免脓肿破入气管、食管、纵膈内。治疗包括用抗生素及局部切开引流。最好作穿刺液及血液培养，并作药物敏感试验，然后选择敏感的抗生素，这样消灭细菌更有效。甲状腺的炎症经过几天后有脓肿形成，因此必须作甲状腺脓肿的切开引流，以便有效清除脓液，局部的炎症才能尽早控制。因颈部疼痛明显，故可以用一些去痛类药物。
4.桥本甲状腺炎
对轻度甲状腺肿大而无症状者可不予治疗，应随访观察。甲状腺明显肿大或有甲状腺功能减低时，即使仅有血清TSH增高，应给予甲状腺制剂治疗。甲状腺肿大迅速，或伴有疼痛，或有压迫症状者，可短期应用糖皮质激素治疗。桥本甲亢应采用小剂量抗甲状腺药物等治疗，一般不用131碘和手术治疗，以免导致严重甲减。
