对于小肠内的检查，选择胶囊小肠镜的效果会更好一些，这种检查仪器面积很小，但有着精确的配件，能更准确的找到病造让医生更准确的进行治疗。这种检查方式也并不会很痛苦，在检查之前可以先进行麻醉，患者在不知不觉中就能完成检查，是如今十分理想的选择。
胶囊胃镜长约27毫米，直径约12毫米，体重不足。但这小小的身躯里，配备了300多个光学、通讯等高精密元器件，像一个药物胶囊“小精灵”，也像一台“有眼有脚”的胶囊机器人。
随着一杯水吞咽下去，“小精灵”进入患者胃部，医生就可以通过软件实时精确操控的体外磁场，控制胶囊在胃里的运动，改变胶囊的姿态，按照需要的角度对胃进行全方位无死角的拍摄，同时也可以继续前行到达小肠，进行深入检查。在检查的过程中，“小精灵”拍摄的图像会被无线传输到便捷的记录器中，数据导出以后，还能进行回放，让医生的诊断更加准确。
检查结束后，“小精灵”便会随着正常排泄排出体外，一次性使用不回收。当然胶囊胃镜也有其自身缺点，比如它只能观察，无法进行活检等干预措施。
目前，除了可代替常规胃镜的磁控胶囊胃镜，还有专门的食管胶囊内镜、小肠胶囊内镜、结肠胶囊内镜。相比于胃镜，常规小肠镜检查对患者也有较高的要求。由于小肠长达数米，病人需在麻醉下做检查，一次检查可能长达几个小时，存在一定的技术难度及医疗风险。小肠胶囊内镜无痛无创，大大提高了患者的就医体验。
