小柴胡汤与桂枝汤在药物组成、功效主治、适用证型等方面存在明显差异。小柴胡汤属于和解剂，适用于少阳病证；桂枝汤属于解表剂，主要用于太阳中风表虚证。两者的区别主要体现在组方思路、作用机理以及临床应用范围上。
1、药物组成不同
小柴胡汤由柴胡、黄芩、人参、半夏、甘草、生姜、大枣组成，其中柴胡与黄芩配伍和解少阳；桂枝汤以桂枝、芍药、甘草、生姜、大枣为基础方，桂枝与芍药配伍调和营卫。前者侧重疏泄肝胆郁热，后者重在调和营卫。
2、功效作用不同
小柴胡汤具有和解少阳、疏肝和胃的功效，可改善寒热往来、胸胁苦满、口苦咽干等症状；桂枝汤则具有解肌发表、调和营卫的作用，适用于发热头痛、汗出恶风、鼻鸣干呕等表虚证。前者主治半表半里证，后者针对表虚不固证。
3、适应症差异
小柴胡汤常用于少阳病引起的往来寒热、食欲不振、心烦喜呕等症，现代多用于治疗胆囊炎、肝炎等消化系统疾病；桂枝汤主要用于外感风寒表虚证，对自汗、体虚感冒、荨麻疹等病症有调节作用。前者侧重肝胆系统病变，后者偏重体表营卫失调。
4、使用注意不同
小柴胡汤需慎用于阴虚火旺或里热炽盛者，可能引起口干舌燥等不良反应；桂枝汤禁忌于表实无汗、温病初起等证型，发热口渴者不宜使用。两者均需根据体质差异调整配伍，小柴胡汤多用于实热证，桂枝汤适用于虚性体质。
建议在中医师辨证指导下使用，不可自行盲目套用方剂。若出现复杂病证需合方使用时，应严格遵循药物配伍原则，避免发生药物相互作用。