角膜炎和结膜炎的本质区别主要体现在病变部位、病因、临床表现及治疗方法等方面。角膜炎是角膜组织的炎症反应，结膜炎则是结膜组织的炎症。
1、病变部位
角膜是眼球前部的透明组织，直接参与光线折射和视觉形成。结膜是覆盖在眼睑内表面和巩膜表面的透明黏膜，主要起润滑和保护作用。两者的解剖位置不同决定了炎症影响的差异。
2、病因差异
细菌性结膜炎最常见的是金黄色葡萄球菌感染，病毒性结膜炎多由腺病毒引起，过敏性结膜炎与花粉、尘螨等过敏原相关。角膜炎常见于铜绿假单胞菌感染（多见于隐形眼镜佩戴者）、单纯疱疹病毒（复发性感染）或真菌感染（植物性外伤后），也可由角膜异物或化学伤导致。
3、临床表现
结膜炎以异物感、黏液性或脓性分泌物为特征，结膜充血呈鲜红色，穹窿部明显，视力通常不受影响。角膜炎典型表现为睫状充血（角膜缘深部血管扩张）、角膜浸润灶形成，伴剧烈眼痛、畏光流泪及视力下降，荧光素染色可见上皮缺损。
4、治疗方法
细菌性结膜炎使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液；病毒性用更昔洛韦凝胶；过敏性用盐酸奥洛他定滴眼液。角膜炎需根据病原体选择药物，如氧氟沙星眼膏治疗细菌性，阿昔洛韦滴眼液治疗病毒性，伏立康唑滴眼液治疗真菌性，严重病例需角膜移植术。
角膜炎的潜在危害显著大于结膜炎，未及时治疗可能导致角膜穿孔、眼内炎等严重并发症。当出现眼痛、视力下降症状时，需立即就诊眼科进行角膜裂隙灯检查、共聚焦显微镜检查等明确诊断，避免误用糖皮质激素类药物加重病情。