在大致不变的情况下，真菌不会侵犯正常角膜，但当有眼外伤、长期局部使用抗生素、角膜炎症及干眼症等情况时，非致病的真菌就可能变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染。真菌性角膜炎起病缓慢、病程长，病程可持续达2至3个月，常在发病数天内出现角膜溃疡。因致病菌种不同，角膜溃疡形态不一。尽管致病的真菌株有些是人类的寄生物,但绝大多数是存在于泥土中的,所以本病多见于农业性角膜外伤(树枝、稻草、麦杆等擦伤)或剔除泥土、砂石等角膜异物后。常见的致病菌为曲霉菌，其次是镰刀菌、白色念珠菌、头芽孢菌及链丝菌等。此外尚有单孢子菌属、奴卡菌、毛霉菌以及头孢菌等。长期局部使用皮质类固醇和广谱抗生素,可促进真菌的生长。真菌在角膜内生长时产生蛋白分解酶,能进一步加重对角膜的毁坏,并使真菌在角膜组织内扩展,最终导致失明。
疾病的产生大部分都会伴随着一系列的并发症，真菌性角膜炎也是如此。一般进行手术后会出现并发症。细菌性角膜溃疡。前房出血。感染复发等。它可以造成角膜的斑痕，可以造成永久性视力的损害，可以引起角膜的溃疡，造成角膜的穿孔，可以引起前方积脓，虹膜睫状体炎，也可以引起眼内炎等等一系列严重的并发症。特别是这种疾病，不容易治疗，就是比较顽固，有效的药物又比较少，所以它是比较难治的角膜炎。 一般它的病程比较长，如果造成的角膜溃疡，它就会侵犯到角膜的基质，那么轻都会留下永久性的瘢痕，就会造成视力的损害，那么严重就会导致眼内发炎，今后导致摘除眼球，否则就会像颅内扩散，可能危及生命。看似小小的真菌性角膜炎发展严重甚至会危及生命，这可能是很多人都觉得惊讶的事，但却确实有发生的可能。所以，我们就更应该对真菌性角膜炎引起重视了。
真菌性角膜炎的出现会伴随着一些症状的发生，这就需要我们去进一步了解与认识才能在第一时间阻止它。第一，角膜炎大多数病例在发病前3～4天出现非特征性改变，此时所见主要为角膜原发病，4～6天后浸润进一步扩大出现典型体征。综合文献目前公认的较有代表性体征为：角膜炎起病缓慢、病程长，常在伤后数天内出现角膜溃疡，病程可持续达2～3个月。刺激症状较轻。第二.角膜溃疡因致病菌种不同，其形态不一致。早期溃疡为浅在性，表层有点状结节样浸润，呈灰白色或乳白色混浊；形状不规则，表面粗糙不平，有干性感，与健康角膜界限清楚。坏死组织无粘性，易取掉。深在型溃疡，除自觉症状较重外，表现形似“匐行性角膜溃疡”，溃疡面平而粗糙，呈“舌苔”或“牙膏”状，高起于角膜表面。基质有菌丝繁殖，浸润较为致密。因菌丝伸入溃疡四周而形成伪足，或在溃疡外围呈现出所谓“卫星”病灶。有时在溃疡边界处可出现浅沟。在溃疡向深部发展时，坏死组织脱落，角膜穿孔，或出现“露水”现象，可推测前房已消失。有时在坏死的角膜中，夹杂有虹膜组织，表示溃疡已穿孔。第三，前房积脓，特别是在早期，常为本病的特征之一。早期积脓呈白色，发展至严重阶段时，则呈淡黄色，质地粘稠不易移动，很难分清溃疡、脓肿或积脓，脓液内常含真菌。角膜后沉降物常为棕灰色粉沫状、颗粒状或淡黄色浆糊状。
眼角膜外伤及药物的滥用是真菌性角膜炎发病的主要相关因素；避免眼角膜外伤禁止滥用抗生素及皮质类固醇等激素类药物是预防本病的关键.真菌性角膜炎的患者绝大多数为农民，虽然整年均可发生，但主要集中在农业夏收和秋收季节这个病如果做好预防，也是能够避免的，首先要养成良好的卫生习惯，勤洗手，常剪指甲；不要长期佩戴隐形眼镜；更换隐形眼镜时要小心；与急性结膜炎的预防相同，主要是切断传染源与注意眼和手的卫；禁止患者在公共场所洗浴、游泳；治疗以局部用药为主，药物内服及针刺也有一定作用；多吃一些具有寒性与清热泻火作用的食物与水果，如茭白、冬瓜苦瓜、鲜藕、甘蔗、香蕉、西瓜等等除了经常滴眼药水之外
根据角膜植物损伤史，结合角膜病灶的特征，可作出初步诊断。必须与细菌性角膜溃疡进行鉴别。有农业性眼外伤史，典型的临床表现，是诊断的主要依据。再者，疑为真菌感染时，应作角膜病变处刮片。将取下的坏死组织放于玻片上，滴5％氢氧化钾一滴，覆盖破片，立即镜检，寻找真菌菌丝。有条件时应进行真菌培养。实验室检查找到真菌和菌丝可以确诊。常用方法有角膜刮片Gram和10％－20％氢氧化钾湿片刮片及培养均为阴性，而临床又高度怀疑者，可考虑作角膜组织活检。此外，免疫荧光染色、电子显微镜检查和PCR技术也用于真菌角膜炎的诊断。角膜共焦显微镜作为非侵入性检查，可直接发现病灶内的真菌病原体。角膜刮片此法是角膜真菌病早期诊断的重要手段。Polack指出刮片最好在裂隙灯或手术显微镜下操作，这样可做到取材方便及操作精确，避免角膜穿孔。．角膜活检等1987相继报道了4例临床上疑诊为角膜真菌病患者，但角膜刮片及培养均阴性，后经角膜活检确诊。作者还利用动物实验进一步证实角膜活检直接镜检较角膜刮片及培养更优越。 培养因真菌生长缓慢，培养主要为分离菌株，进行药敏试验，培养时若同时采用几种培养基可望提高阳性率。
多吃一些具有寒性与清热泻火作用的食物与水果，如茭白、冬瓜苦瓜、鲜藕、甘蔗、香蕉、西瓜等等维生素C和E：可排除人体内不正常堆积的氧化物，避免组织破坏。如果人体缺乏这些维生素，眼睛会出现早发性白内障。可多摄取深绿色的蔬菜及各种水果，以补充维生素C，另外，可以通过植物种子，如花生、核桃、松果等，获得足够的维生素E。维生素A：夜间视力不良和干眼症与维生素A缺乏是息息相关的。动物肝脏、鱼肝油、鱼子、全奶及全奶制品、蛋类等维生素A含量较高。维生素A原在绿色蔬菜和黄色蔬菜、水果如菠菜、韭菜、豌豆苗、苜蓿、青椒、红薯、胡萝卜、南瓜、杏、芒果中含量较多。锌离子及蛋白质：锌与蛋白质对于视网膜的保健不可或缺。锌可通过食用肝、肾、海产品、乳类、谷类、豆类、硬果类等来补充。瘦猪肉、牛肉、羊肉、鸡鸭、动物内脏、牛奶、鱼类和豆类食物则含有丰富的蛋白质。我们可以多食用胡萝卜、红枣、橘子、西红柿等蔬果，或是由深海鱼类、鱼肝油来补充。还可多摄取深绿色的蔬菜及各种水果，以补充维生素C，另外，可以通过植物种子，如花生、核桃、松果等，获得足够的维生素E。
真菌性角膜炎药物治疗目前尚无十分满意的广谱抗真菌药。一般可使用二性霉素B、氟康唑、伊曲康唑以及那他霉素等药物局部和全身应用。氟康唑对念珠菌、隐球菌、曲霉菌及球孢子菌感染有效；那他霉素对曲霉菌、念珠菌、镰刀菌等均有效。对真菌性角膜炎，目前应用的抗真菌药物对眼部真菌感染总体疗效不佳。散瞳 1～3％阿托品液点眼；手术对长期不愈或有角膜穿孔危险时可行结膜瓣遮盖术或治疗性角膜移植术。由于真菌性角膜炎容易误诊，常因治疗不当而导致失明。因此，眼睛出现不适时应尽快到正规医院就诊。