流行性甲型脑炎的发病机制不详。近年来的研究发现部分病人脑脊液寡克隆区带阳性，并对类固醇激素治疗有效，提出该病可能为一种感染后的中枢神经系统自身免疫病。
由于患者有中枢神经系统感染，故在发病的急性期并发脑水肿甚至脑疝而危及生命，其他并发症还有：
1、坠积性肺炎
本病多见于重型患者，在咳嗽及吞咽反射减弱或消失及昏迷患者，易发生肺炎。呼吸道分泌物不能顺利排出时可引起肺不张，甚至诱发急性呼吸窘迫综合征。
2、其他感染
感染包括金黄色葡萄球菌所致败血症和肠炎，大肠杆菌所致泌尿系统感染等。
3、褥疮
对于昏迷后较长时间卧床的患者，如不注意经常变换体位易在枕骨后及腰骶椎部位发生褥疮。
ConstantinEconomo先后收集和观察了上千例vonEconomo脑炎的病例，并对此进行了仔细的研究，将vonEconomo脑炎的临床表现分为3种临床综合征：
1、嗜睡性眼肌麻痹综合征
本征表现为发热、头昏、嗜睡、昏睡、神志恍惚、昏迷、抽搐、癫痫、肢体或脑神经麻痹，常见有双侧眼肌麻痹引起的眼球运动障碍，其他脑神经受累时还可以出现复视、斜视、眼睑下垂、瞳孔扩大或缩小等。
2、运动功能亢进综合征
本征表现为面部肌肉僵硬、表情淡漠、兴奋躁动、阵挛或舞蹈症、肌张力障碍和手足徐动。
3、肌张力障碍运动失调综合征
本征表现为全身肌肉僵硬、乏力、倦怠、软弱无力、震颤、肌张力障碍、共济失调和行走困难等。
接种甲脑疫苗是预防流行性甲型脑炎最有效的方式目前主要应用的菌苗为死疫苗，全程接种2周后血清中出现中和抗体、补体结合抗体和血凝抑制抗体，1个月左右达高峰其中一定量的中和抗体和血凝抑制抗体能中和进入人体的甲脑病毒，从而阻止甲脑病毒侵犯中枢神经系统，达到预防甲脑的作用对于已经感染的病人应隔离治疗，注意切断呼吸道传播途径
流行性甲型脑炎血液检查可见外周血白细胞的总数轻度增高，中性粒细胞增加，脑脊液细胞数轻度增加，分类以淋巴细胞为主，蛋白质轻度增加，糖、氯化物定量正常，严重者可见脑电图异常。
合理的饮食可帮助疾病得到更好的康复，那么流行性甲型脑炎患者该如何饮食呢？下面就为大家介绍一下。
1、补充卵磷脂：蛋黄、豆制品等含有丰富的卵磷脂，不妨适量进食。
2、多食碱性和富含维生素的食物：豆腐、豌豆、油菜、芹菜、莲藕、牛奶、白菜、卷心菜、萝卜、土豆、葡萄等属碱性食物。新鲜蔬菜、水果，如青椒、金针菜(黄花)、荠菜、草莓、金橘、猕猴桃等，都含有丰富的维生素。
3、多进食一些含有胆碱的食物：鱼、瘦肉、鸡蛋(特别是蛋黄)等都含有丰富的胆碱。
4、补充含镁食品：豆类、荞麦、坚果类、麦芽等含有丰富的镁。
流行性甲型脑炎目前尚无有效的治疗方法，发病初期主要采取对症处理，进行精心护理和身体功能的维护。随着病情的稳定，除维护身体功能外，还要依靠物理疗法、语言障碍纠正疗法以及营养支持疗法来改善身体功能。除此之外，心理疗法和情感疗法也很重要。最新的研究方向是利用细胞技术，即利用细胞修复被损伤的脑细胞或替换死亡的脑细胞，在近期内将会应用于临床治疗。