原发性肝内硬化综合征可能是由于自身免疫异常而致隔胆管及小叶间胆管非化脓性破坏性炎症，伴胆小管增生；破坏、瘢痕形成；肝小叶结构破坏、再生结节形成；呈现明显胆汁淤滞的肝硬化组织学改变。同时也可以因为长期酗酒、以及肝炎病毒感染等导致肝内胆管的非特异性炎症、纤维化形成。
原发性肝内硬化综合征会引起肝性脑病、上消化道大出血、肝肾综合征，易并发各种感染，如支气管炎、肺炎、结核性腹膜炎，原发性腹膜炎，胆道感染及革兰阴性杆菌败血症等。
1、上消化道大出血
肝硬化上消化道出血，大多数由于食管、胃底静脉曲张破裂，但应考虑是否并发消化性溃疡、急性出血糜烂性胃炎、贲门撕裂综合征等胃黏膜病变。曲张的静脉破裂出血多因较粗糙较硬的或有棱角的食物创伤，食管受胃酸反流的侵蚀、剧烈呕吐等引起。出现呕血和黑便。若出血量不多，仅有黑便。如果大量出血可引起休克。肝脏缺血缺氧的情况下常使肝功能恶化。出血又使血浆蛋白丢失，可导致腹水形成。血液在肠道经细菌分解产氨被肠黏膜吸收后，可诱发肝性脑病甚至导致死亡。出血后原来肿大的脾脏可以缩小甚至触不到。
2、感染
由于机体免疫功能减退、脾功能亢进以及门体静脉之间侧支循环的建立，增加了病原微生物侵入体循环的机会，故易并发各种感染，如支气管炎、肺炎、结核性腹膜炎，原发性腹膜炎，胆道感染及革兰阴性杆菌败血症等。原发性腹膜炎是指肝硬化病人腹腔内无脏器穿孔的腹膜急性炎症，发生率占3％～10％。多发生于有大量腹水的病人，多为大肠埃希杆菌引起。其原因为肝硬化时吞噬细胞的噬菌作用减弱，肠道内细菌异常繁殖，通过肠壁进入腹腔。又因肝内外血管结构的改变，细菌还可通过侧支循环引起菌血症或带菌淋巴液自肝包膜下或肝门淋巴丛漏入腹腔而引起感染。临床表现发热、腹痛、腹胀，腹壁压痛及反跳痛，腹水增多，血白细胞增高，腹水混浊，呈渗出液或介于渗出液与漏出液之间。腹水培养可有细菌生长。少数病人无腹痛发热，而表现为低血压或休克，顽固性腹水及进行性肝功衰竭。
3、肝肾综合征
肝硬化合并顽固性腹水时未能恰当治疗或疗效欠佳，易出现肝肾综合征。其特征为少尿或无尿、低血钠与低尿钠，肾脏无器质性改变，故亦称功能性肾衰竭，其发病原理尚不完全清楚。
原发性胆汁性肝硬化是一种自身免疫性肝脏疾病，为一种原因尚不清楚的慢性肝内胆汁淤积，临床上起病隐匿，多见于女性患者，临床表现为疲乏无力，全身瘙痒、黄疸、色素沉着和（或）黄色瘤，也可以腹痛、恶心、呕吐、水肿、腹水及食管静脉曲张破裂出血为首发表现。肝活组织检查有特征性病理改变，在除外肝外梗阻性黄疸和继发性胆汁性肝硬化时可诊断为此病。
原发性肝内硬化综合征的预防很关键，应做到定期体检，一般每年都要体检，做一次肝功、B超，可以做到早期发现早期治疗原发性肝内硬化综合征具体的预防措施还有有以下方面：
1、血氨偏高或肝功能极差者，应限制蛋白质摄入，以免发生肝昏迷出现腹水者应进低盐或无盐饮食
2、饮食方面应提供足够的营养，食物要多样化，供给含氨基酸的高价蛋白质、多种维生素、低脂肪、少渣饮食，要防止粗糙多纤维食物损伤食道静脉，引起大出血
3、注意出血、紫癜、发热、精神神经症状的改变，并及时和医生取得联系
4、每日测量腹围和测定尿量，腹部肥胖是自己鉴别脂肪肝的一种方法
化验检查时血清胆红素升高，以直接胆红素升高为主，碱性磷酶、胆固醇、IgM均升高，抗线粒体抗体、平滑肌抗体和抗核抗体阳性、白蛋白减低、γ-球蛋白升高。如果诊断有困难且高度怀疑本病时，可以进行肝穿刺病理学活检，有特征性病理改变，在除外肝外梗阻性黄疸和继发性胆汁性肝硬化时可诊断为本病。
原发性肝内硬化综合征患者宜吃含有叶酸丰富、性味平和、容易消化的食物，限量给予含优质蛋白质的食物，忌吃含有酒精、油炸性的不宜消化的食物。原发性肝内硬化综合征患者的具体饮食宜忌有以下方面：
1、以米面为主食
满足每天糖量400g左右，旨在保护和促进肝细胞的再生。但由于肝硬化病人肝功能受损，过分用糖保肝，容易导致体胖、高血脂、动脉硬化和糖尿病，所以除主食外增加用糖量或吃甜食时要慎重。
2、蛋白质食物要少而精
每天膳食中有60g高效蛋白质即可满足需要。可交替食用鱼、瘦肉、鸡蛋、乳类、豆制品等较理想的优质蛋白质。出于肝硬化时肝脏处理蛋白质的功能降低，所以晚期肝硬化病人饮食中的蛋白质含量要根据病情来调控。当有肝性脑病倾向时，每天不宜超过20g。
3、多吃鲜菜鲜果
新鲜蔬菜和水果含丰富维生素及矿物质、微量元素，是最好的食品，每天食用量约700—900g。
4、限制油脂摄入
限制油脂摄入，每天不超过20g，油脂在体内要靠肝脏分泌胆汁来分解和利用。如肝功能减弱的肝细胞来不及分解处理摄人体内的油脂。就会引起肝脏脂肪浸润。特别是动物脂肪更能加重肝脏负担。
5、限制水和盐
对有服水或浮肿病人，一定要控制钠盐及水的摄人量。但若长期限盐或食用无盐酱油，又易导致低血钠高血钾症。所以积极的办法是设法增进病人的食欲和消化能力，经常用少盐的糖醋小菜佐餐，同时保证蛋白质的吸收利用，以提高血浆中的胶体渗透压，从根本上消除水肿。
原发性肝内硬化综合征的西医治疗方法是用肾上腺皮质激素或硫唑嘌呤行免疫抑制治疗。皮肤瘙痒可用抗组织胺类药物或胆酪胺，也可试用氢氧化铝治疗，其他可行对症处理及防治并发症如上消化道出血、肝性脑病及腹水等。治疗原则是保肝、维持内环境的紊乱、避免严重的肝功异常导致感性脑病危及生命，故注意监测血氨的水平很重要。