小儿巨脑畸形综合征病因未明。可能为胎儿在子宫内所受病理因素影响，或下丘脑-垂体轴功能受损害所致。有人认为本病征有家族性，属显性遗传性疾病。男性发病率高于女性(4∶1或3∶1)，故通常被考虑为X性连锁遗传。
小儿巨脑畸形综合征除了其临床表现外，还可引起其他疾病。本病可并发精神发育迟滞、动作笨拙或共济失调，应引起临床医生和家长的高度重视。
小儿巨脑畸形综合征临床上以新生儿期即有身体发育显著增长，并有长头巨脑、精神发育迟缓、特异面容和四肢形态异常等特征。患儿出生时，体重与身长大于正常儿。生后4～5年内生长迅速，然后生长渐接近正常和稳定，然而测量值仍在同年龄平均值两个标准差以上。本病征表现特殊，呈巨颅、长头、眼距过远、先天愚型样斜眼裂、特殊面容、下颌突出、腭弓高耸、精神发育迟滞。患儿有动作笨拙或共济失调，有时可有肥胖、抽搐等症状。
小儿巨脑畸形综合征病因未明，预防应从孕前贯穿至产前婚前体检在预防出生缺陷中起到积极的作用孕妇尽可能避免危害因素，包括远离烟雾、酒精、药物、辐射、农药、噪音、挥发性有害气体、有毒有害重金属等在妊娠期产前保健的过程中需要进行系统的出生缺陷筛查，包括定期的超声检查、血清学筛查等，必要时还要进行染色体检查一旦出现异常结果，需采取切实可行的诊治措施
小儿巨脑畸形综合征患者染色体检查正常。空腹血清生长激素浓度。正常。做气脑造影，有不同程度脑室扩张，主要为侧脑室及第三脑室及脑实质萎缩。脑电图有异常。
小儿巨脑畸形综合征饮食方面应注意规律饮食，按时吃饭，不要暴饮暴食。饮食宜清淡，少食辛辣、煎炒、油炸、烈酒等不消化和刺激性食物。多食水果、蔬菜和纤维性食物，多饮水。
小儿巨脑畸形综合征无有效治疗，主要治疗措施为对症治疗和加强一般护理。对某些因先天性代谢性病引起巨脑症，早期诊断和治疗十分关键。例如苯丙酮尿症和呆小症若在婴儿期早期发现，早期给予饮食治疗或甲状腺素治疗，可使神经发育正常。颅狭症和先天性脑积水在早期进行手术治疗也可获得成功。对于其他一些疾病引起巨脑症无特殊治疗，需要加强训练和教育。