等孢球虫病由等孢球虫感染寄生引起，具体致病原因如下：
1、贝氏等孢球虫寄生在人十二指肠末端和近端空肠上皮细胞内。患者粪便中含有卵囊，为本虫感染阶段。卵囊呈长椭圆形，大小约为（20～33）μm×（10～19）μm。一端稍窄，呈瓶颈状。囊壁内外两层光滑透明。内层薄膜状，外层较坚硬而通透性相对较低。新鲜排出的卵囊通常含有一个成孢子细胞，但有时亦可有两个。当粪便排出后，成孢子细胞一分为二并分泌囊壁，形成大小约（7～9）μm×（12～14）μm的孢子囊。每个孢子囊经两次分裂，最终形成4个子孢子和一团颗粒状残留体。子孢子细长如新月状。因此，每个成熟的卵囊含有两个孢子囊，每个孢子囊又含有4个子孢子。
2、等孢球虫的生活史，包括裂体生殖、配子生殖和孢子生殖，前两者在宿主体内进行。人误食被成熟卵囊污染的食物或饮水后，卵囊在小肠内受消化液作用破裂，子孢子逸出并进入小肠黏膜上皮细胞内发育为滋养体。滋养体经数次裂体生殖后产生大量裂殖子。裂殖体破裂释放出裂殖子并侵入邻近的上皮细胞内继续其裂体生殖过程。大约1周后，部分裂殖子在上皮细胞内或肠腔中发育为雌、雄配子母细胞与雌、雄配子，经交配后形成合子并分泌囊壁发育为卵囊，在体内或随粪便排出并继续发育。
本病发病机制尚未阐明，虫体侵入肠黏膜上皮并反复分裂，可导致肠黏膜损伤及糜烂，吸收功能减退。虫体代谢产物也可能具有毒性作用。活组织检查可见小肠黏膜上皮细胞破坏、黏膜绒毛萎缩，部分患者则表现为绒毛伸长并顶端变粗或局灶性纤毛低平。固有层有较多的胶原沉积，并可见大量嗜酸性粒细胞、单核细胞及淋巴细胞浸润。黏膜上皮还可发现大量不同发育阶段的虫体。慢性患者肠黏膜绒毛常变短、隐窝加深；固有层除可见嗜酸性粒细胞外，还可见中性粒细胞浸润。
等孢球虫病并发症较为少见，但个别情况下可导致慢性腹泻、水电解质紊乱、持续性或脂肪性腹泻、体重减轻等，甚至可引起死亡。由于肠道粘膜损害，导致腹泻呕吐等等，均可导致水电解质紊乱发生，如果病情治疗不及时，或重症患者可导致脂肪性腹泻、营养不良、并发全身多器官衰竭等等，最终导致死亡。
等孢球虫感染可持续数周乃至数年，大多症状轻微，腹泻为其主要症状，大便以黏液便多见，嗜酸性粒细胞常大量存在，但中性粒细胞则罕见，腹泻一天数次，但也有报告每天达二十余次持续3～4天，周期性发作达数月之久，此外，患者常有腹部绞痛、发热、恶心、呕吐、食欲减退、体重下降等，少数患者有小肠吸收不良，特别是脂肪吸收不良，大便中含有粗大的脂肪颗粒，国外“志愿者”实验感染或实验室工作人员意外感染者中，症状以腹部不适、低热、腹泻多见，腹泻始于感染后1周，持续5～10天即可自愈，但大便中卵囊排出可继续10～20天，本病存在无症状带虫者，但由于大便中卵囊常被遗漏，准确的无症状带虫者数量无法确定。
等孢球虫病的预防措施包括以下方面：
1、不喝冷水，不吃生食和不洁瓜果
2、饭前便后要洗手、勤剪指甲
3、彻底煮熟食物，尤其是烧烤或进食火锅时
4、教育小儿改掉吃手指、咬指甲的习惯
5、最好给儿童穿死档内裤睡觉，以防止他们抓挠肛门
6、定期清洗玩具，或用005％的碘液擦洗玩具
7、加强水源管理，避免水源污染
8、不随地大小便，加强粪便无害化处理，不用新鲜粪便施肥
9、农村应推行粪便无害化处理，在田里工作时须穿上鞋子
10、加强家畜管理，城市不养鸡、鸭、鹅
11、托幼机构、学校应定期检查粪便，及早发现寄生虫病儿，以利彻底驱虫
等孢球虫病的化验检查：
1、取新鲜大便并经硫酸锌漂浮浓集后镜检可以提高卵囊检出率。等孢子球虫卵囊透明度较高，在直接涂片中很容易遗漏，此时可将显微镜光圈缩小直至涂片中其他原虫或细菌轮廓清晰。
2、粪便检查方法简单，结果直观，一般在驱虫治疗排便中检出。肠道寄生虫病的诊断多依靠在粪便中找到虫卵、原虫滋养体和包囊，找到这些直接证据就可以明确诊断为相应的寄生虫病和寄生虫感染。
一、等孢球虫病参考食疗方
1、原料：真豆油60克，藕粉适量。
2、制作：取豆油60克，同适量新藕粉一同调成稀糊状即可。
3、用法：以上为1日量，分3次炖温后服食。
二、等孢球虫病宜食用食物
1、可吃一些富有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、鱼、新鲜蔬菜和水果等。
2、驱虫后还应适当多吃一些动物肝脏和瘦肉等。
三、等孢球虫病禁忌食物
1、忌油炸、香炒之物。这是由于这些食物入胃后，引起寄生虫躁动不安、可导致腹痛。故油氽花生、油氽豆板、炸猪排、烤羊肉、炒花生、炒葵花子、小核桃等奇香之物不宜食之。如食后腹痛，可稍食米醋以安虫。
2、忌油腻之物食入过分油腻之物会阻滞中焦脾胃，使其运化失职，积湿成热，为寄生虫在体内生存创造有利条件，故不宜过食油腻之品，如肥肉、蹄膀汤、过油的鸡鸭汤、羊肉等。再则，传统的驱虫药服用时必须忌食油腻。
3、忌不洁之物虫症的成因是由于食入不洁之物，如蛔虫卵污染的蔬菜、瓜果，或姜片虫的蚴虫污染了的水菱、荸荠、莲藕，或有囊尾蚴而未煮熟的猪、牛肉等。
等孢球虫病目前尚无特效治疗。首选的治疗药物为磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑），成人患者2片/次，4次/d，连服10天后改为2片/次，2次/d，再服用3周。也有人主张磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑）2片/次，2次/d，连服5天即可。亦可用呋喃唑酮，100mg/次，4次/d，10天为一个疗程；儿童6mg/（kg·d），分4次服，疗程同成人。乙胺嘧啶加磺胺嘧啶、伯氨喹加氯喹等均有一定疗效；但甲硝唑、四环素等似乎无效。