肝内胆管癌的病因至今尚不十分清楚，已发现与下列因素有关。
1、胆道慢性炎症，感染因素
长期的慢性炎症刺激是胆管癌发生的基础，因为临床上发现与胆管癌有联系的疾病均可导致胆管慢性炎症，胆汁中某些物质(如胆汁酸的代谢产物)长期对胆道黏膜的刺激，导致上皮不典型增生。
2、胆管，胆囊结石
20％～57％的胆管癌患者伴有胆结石，因而认为结石的慢性刺激可能是致癌因素。
3、溃疡性结肠炎
有报道，溃疡性结肠炎患者胆管癌发生率较一般人群高10倍，伴溃疡性结肠炎的胆管癌患者发病年龄较一般者早20～30年，平均为40～45岁，常有长期的结肠炎病史。病人门静脉系统的慢性菌血症可能是诱发胆管癌和PSC的原因，病变多波及全结肠，溃疡性结肠炎致胆道癌可能与慢性门静脉菌血症有关。
4、胆管囊性畸形(先天性胆管扩张症)
先天性胆管囊肿容易癌变已成为共识，先天性胆管囊肿病人胆管癌的发病率高达2.5％～28％，胆管囊性畸形者发生癌变较正常人早20～30年，尽管75％的胆管囊性畸形在婴儿期和儿童期出现症状。但就胆管癌的发生来说，有3/4的患者是成年期出现胆管囊性畸形症状者。关于胆管囊性畸形导致胆管癌变的机制，有人认为胰管汇入胆管的开口异常高时，会使胰液反流入胆管引起胆管上皮恶变，其他可能导致恶变的因素有胆汁淤滞、结石形成和囊腔内慢性炎症等。
5、肝吸虫(中华分支睾吸虫)感染
华支睾吸虫感染也被认为与胆管癌的发生有一定联系，虽然华支睾吸虫多寄生于肝内胆管，但也可寄生在肝外胆管。虫体本身及代谢产物对胆管黏膜上皮长期刺激，引起胆管黏膜增生，产生瘤样改变、癌变。
6、胆道手术史
胆管癌可发生在手术多年之后，可发生在不含结石的胆管，主要是慢性胆道感染导致上皮间变，常是在胆道内引流术后。
7、放射性二氧化钍
与钍有接触史的患者中，胆管癌的发病年龄较无钍接触史者早10年，其平均潜伏期为35年(接触钍后)，且较多发生在肝内胆管树的末梢。
8、硬化性胆管炎
恶变原发性硬化性胆管炎(PSC)病人患胆管癌的机会也高于一般人群，PSC亦与溃疡性结肠炎有关。
9、乙型肝炎病毒感染
国内部分胆管癌病人伴有乙型肝炎病毒感染，二者之间是否有联系尚待进一步阐明。
10、K-ras基因突变
近年来分子生物学研究表明，胆管癌K-ras基因12密码子突变率达77.4％，说明K-ras基因突变在胆管癌的发生中可能起比较重要的作用。
此外，可能与胰液反流，胆汁淤滞，结石形成，胆管良性肿瘤恶变，肝脏干细胞的肿瘤样分化有关，均可造成对胆管黏膜的慢性炎症刺激，进而诱发胆管癌。
肝内胆管癌如合并胆结石及胆道感染，可有发冷、发热等，且有阵发性腹痛及隐痛。晚期因腹膜侵犯或侵犯门静脉，导致门脉高压，可出现腹水。晚期患者可并发肝肾综合征。
肝内胆管癌的临床表现主要为伴有上腹部不适的进行性黄疸、食欲不振、消瘦、瘙痒等。如合并胆结石及胆道感染，可有发冷、发热等，且有阵发性腹痛及隐痛。如位于一侧肝管癌肿，开始常无症状，当影响至对侧肝管开口时，才出现阻塞性黄疸。如胆管中部癌不伴有胆石及感染，多为无痛性进行性阻塞性黄疸。黄疸一般进展较快，不呈波动性，检查可见肝肿大、质硬，胆囊不肿大。如为胆总管下端部，则可扪及肿大的胆囊，如肿瘤破溃出血，可有黑便、大便潜血试验阳性、贫血等表现。
肝内胆管癌病因尚不清楚，与胆石症的关系也不如胆囊癌密切，因此，胆管癌的一级预防缺乏有效的方法，主要是对肝胆管结石的防治以及定期的系统的健康检查
肝内胆管癌的实验室检查可见血总胆红素、直接胆红素、碱性磷酸酶和γ-谷胺酰转移酶可显著升高。转氨酶一般轻度异常，这种胆红素、转氨酶升高不平衡现象有助于与病毒性肝炎相鉴别。凝血酶原时间延长，部分患者CA199、CEA可升高。此外还可进行影像学检查，影像学检查可以有助于明确胆管癌的诊断，了解有无转移灶及评估肿瘤可否切除，具体如下。
1、超声显像检查
B超检查简便、快捷、准确、花费少，可发现肝内外胆管扩张，显示胆道的梗阻部位以及梗阻的性质。超声检查是梗阻性黄疸的首选检查。
2、经皮肝穿刺胆道造影（PTC）
PTC可清晰地显示肝内外胆管树的形态、分布和阻塞部位。该检查是侵袭性的操作，术后出血和胆漏是较常见和严重的并发症。
3、内镜逆行胆胰管造影（ERCP）
ERCP不宜作为胆管癌的常规检查，甚至是相对禁忌的。对高位胆管癌，经皮肝穿刺胆道造影可以显示胆管癌的部位，也可以置放内支撑导管减黄。ERCP对下段胆管癌有诊断意义，有助于与十二指肠乳头肿瘤、胰头癌相鉴别。
4、CT检查
CT能较准确显示胆管扩张和梗阻部位、范围，对确定病变的性质准确性较高，三维螺旋CT胆道成像（SCTC）有代替PTC、ERCP检查的趋势。
5、磁共振胆胰管成像（MRCP）
MRCP检查是一种无创伤性的胆道显像技术。可以详尽地显示肝内胆管树的全貌、肿瘤阻塞部位和范围、有无肝实质的侵犯或肝转移，它是目前肝门部胆管癌理想的影像学检查手段。
6、核素显影扫描
使用99m锝EHIDA静脉注射，然后用γ相机连续摄影，可获得胆道的动态图像，对病人无损害，方法简单。
7、选择性肝动脉造影和门静脉造影
主要目的是了解门静脉及肝动脉与肿瘤的关系及受侵犯情况，帮助术前对肿瘤的可切除性做出评估。数字减影造影（DSA）可以显示肝门部入肝血流与肿瘤的关系，对胆管癌的扩大根治术有意义。
肝内胆管癌除了常规的治疗外，患者注意清淡饮食，多喝水。患者还要注意进食大量的蔬菜以及富含维生素的水果等。忌辛辣刺激性食物。
肝内胆管癌的治疗原则是早期病例以手术切除为主，术后配合放疗及化疗，以巩固和提高手术治疗效果。对于不能切除的晚期病例，应施行胆道引流手术，控制胆道感染，改善肝脏功能，减少合并症，延长生命，改善生活质量。
外科手术切除是胆管癌惟一的根治性治疗，辅助性放射治疗只能提高患者的生存率，对于不可切除和局部转移的胆管癌经有效的胆道引流后，放疗可以改善患者的症状与延长寿命。但是，胆管癌一直被认为属于放射线不敏感的肿瘤。一般报道放射治疗的中位生存期为9～12个月。
胆管癌对化学治疗并不敏感，胆管癌较其他胃肠道肿瘤例如结肠癌化疗敏感性差。但化疗可能缓解胆管癌所引起的症状，改善患者生活质量，还可能延长存活期。