小儿短指-球状晶体异位综合征常并发继发性青光眼，先天性瞳孔膜残存，视力明显减退甚至失明等。
继发性青光眼：继发性青光眼是一些眼部疾病和某些全身病在眼部出现的合并症，这类青光眼种类繁多，临床表现又各有其特点，治疗原则亦不尽相同，预后也有很大差异.起病甚急，有典型的雾视、虹视、头痛、甚至恶心呕吐等青光眼症状，症状消失后，视力、视野大多无损害。检查时，可见轻度混合充血，角膜水肿，有少许较粗大的灰白色角膜后沉降物，前房不浅，房角开放，房水有轻度混浊，瞳孔稍大
先天性瞳孔膜残存：先天性瞳孔残膜又称永存瞳孔，为胎儿期瞳孔膜的残留。瞳孔残膜为胚胎时期晶状体表面的血管膜吸收不全的残迹。胎生时晶状体被血管膜包围，到胎生7个月时该膜完全被吸收而消失。但有时在出生后晶状体前囊上残存一部分，颜色和虹膜相同，有丝状及膜状两种。一般一端始于虹膜小环，另一端附着在对侧的虹膜小环外，或附着于晶状体前囊。通常不影响视力和瞳孔活动，不需要术后治疗。但对于影响视力的厚瞳孔残膜，可行手术或激光容易治疗。
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