一、鉴别：
鉴别诊断应注意区分位于松果体区以外部位发生的肿瘤，如脑膜瘤、血管瘤;邻近部位，如脑干、小脑蚓部等的肿瘤;松果体囊肿等。这些疾病与松果体肿瘤的区别主要依据影像学检查，若有性早熟则生殖细胞瘤可能性大。最后确诊有赖于病理学检查。
松果体区肿瘤的诊断必须以病理组织学分类为依据，因为各型肿瘤的治疗方案和预后差别很大，而最大的困难还是很难获得组织学标本，因而强调立体定向松果体区病变活检的重要性 。
垂体激素的测定及其动态功能检查有助于垂体腺瘤，尤其是激素分泌性垂体腺瘤的鉴别。血和脑脊液HCG测定有助于生殖细胞瘤的诊断。应用敏感的放免法测定AFP和β-HCG作为诊断松果体瘤的常规方法。
1.松果体区激素分泌性生殖细胞瘤患者脑脊液内HCG-β、AFP水平增高。
2.脑脊液脱落细胞学检查对诊断生殖细胞瘤、松果体母细胞瘤最有价值，因这两种肿瘤细胞易脱落，出现脑脊液内种植，如脑脊液脱落细胞学检查发现病理细胞，即可明确诊断。脑脊液内种植可刺激脑室脉络丛分泌过多脑脊液，导致交通性脑积水，故肿瘤很小即可合并显著脑积水。
3.羟基吲哚-氧-甲基转移酶(HIOMT)是褪黑素生物合成最后步骤的关键酶。Tsumanuma等对3例松果体母细胞瘤与5例松果体细胞瘤进行原位杂交分析后发现这两类肿瘤细胞保存了表达HIOMT mR-NA的功能。MIOMT水平升高有助于诊断松果体实质瘤的程度。
1）.以往采用的气脑造影术因并发症多、敏感性低而被淘汰，现多根据临床表现选择CT或MRI检查。CT是松果体肿瘤的首选检查，可做增强及冠状面扫描。CT引导活检可于病灶局部获取组织，明确病理诊断。Fedorcsak等在1989～1996年期间进行523次CT引导定向活检术，认为本法完全有效，对颅内肿瘤的组织学诊断、制定合适的治疗方案很有必要。
2）.MRI对松果体母细胞瘤诊断有独到优点，松果体母细胞瘤起源于松果体腺，恶性程度大，具浸润性，生长快，易转移，病人存活期短，因而早期诊断治疗十分重要。MRI显示松果体肿瘤区域的高信号以及清晰可见肿瘤侵入第三脑室的程度。
3）.头部放射线摄片显示大块(>15mm)的絮状松果体钙化或脑水肿征象。
