沙眼衣原体新生儿肺炎主要见于2～12周新生儿及婴儿，大多数无发热，起始症状通常是鼻炎、伴鼻腔黏液性分泌物和鼻塞。随后发展为断续的咳嗽，呼吸急促，可闻及肺部啰音，可伴有心肌炎和胸腔积液。半数患儿可伴有急性包涵体性结膜炎。成人免疫抑制患者可见咽炎、支气管炎和肺炎等呼吸道感染，可有干咳、发热、肌痛、寒战、咯血和胸痛。肺部X线显示为间质浸润，亦可见支气管肺炎或网状、结节样阴影。
沙眼衣原体肺部感染的临床症状及X线表现均无特异性，故确诊有赖于实验室诊断。
1.最可靠的方法
是进行沙眼衣原体的培养，取鼻咽部或咽后壁拭子、气管和支气管吸出物、肺泡灌洗液等标本培养，新生儿沙眼衣原体肺炎可同时取眼结膜刮屑物培养和(或)涂片直接荧光法(DFA)检测沙眼衣原体。分离物可用沙眼衣原体种特异性单克隆抗体进行鉴定。
2.应用PCR试验对
上述标本进行检测对诊断有很大帮助，但需要注意质量控制，防止出现假阳性结果。
3.微量免疫荧光试验(MIF)
是目前国际上标准的且是最常用的沙眼衣原体血清学诊断方法，尤其适用于新生儿和婴儿沙眼衣原体肺炎的诊断，因为可检测出患儿血清中存在高水平的非母体IgM抗体(不通过胎盘屏障)。血清学诊断标准为：MIF试验IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，在排除类风湿因子(RF)所致的假阳性后可诊断为近期感染，双份血清抗体滴度4倍或以上升高也诊断为近期感染。
