深圳市妇幼保健院成立于1979年，目前已发展成为集医疗、保健、教学、科研、预防为一体，以诊治妇产儿科常见病、多发病和疑难病症为重点的国内知名三级甲等妇幼保健院，是南方医科大学非直属附属医院以及多所高等院校的教学医院和实习基地。
医院一院两址，分别为红荔院区和福强院区，占地面积3.5万平方米，建筑面积15万平方米，编制床位1300张。年门急诊量183万余人次，住院病人5.3万余人次，分娩量2万余例。截至2021年7月，共有职工2146人，其中正高146人，副高310人，博士74人，硕士464人，博士生导师5人，硕士生导师36人。目前拥有地方级领军人才4人，孔雀计划C类人才3人，临床型实用人才2人，后备级人才3人。
医院设有产科、妇科、新生儿科、儿科（含儿外科）、生殖医学中心、生殖免疫综合科、中医科、针灸推拿科、乳腺科、口腔病防治中心、急诊科、麻醉科、医学遗传中心、检验科、病理科、放射科、超声科、药剂科、产前诊断中心、妇女保健科、儿童保健科、新生儿疾病筛查中心、儿童听力诊断中心、宫内疾病诊疗中心、聚焦超声无创治疗中心、儿童神经康复中心、宫颈癌早诊早治中心、乳腺癌防治中心等30多个医疗、医技、保健科室。第三代试管婴儿技术（胚胎植入前遗传学筛查技术，PGT）顺利通过国家现场评审，获得正式运行资质。
目前全市已建立以深圳市妇幼保健院为龙头，各区妇幼保健院为支撑，由市、区妇幼保健院、综合医院、社康中心组成的两级三层妇幼保健网络，保障全市各项妇幼指标持续向好，全市孕产妇死亡率、围产儿死亡率远低于全国平均水平，全市妇女儿童健康水平稳居全国前列。
连续三年（2018-2020）在各级综合绩效考核及评价中获得优异成绩。其中，2020年度广东省三级妇幼保健机构绩效考核中，排名全省第一；2020年度深圳市卫生健康委员会委属单位综合绩效考核中，排名第三；2019年度深圳市卫生健康委员会委属专科医院综合绩效考核中，排名第一；2018年度深圳市公立医院（妇幼保健院）综合评价考核中，排名第一。
医院技术力量雄厚，科研水平显著提高，国家重点研发计划、国家自然科学基金重点项目等重大科研项目立项获得历史性突破。2016-2020年，获得各级科研立项231项，课题总经费达7400余万，设立院内科研基金项目、博士基金、护理专项基金，获广东省科技进步奖3项，深圳市科学进步奖4项。2019年获国家卫健委医政医管局“科技兴院典型”奖。
专科影响力不断提升，拥有国家临床重点专科-新生儿科、国家孕产期保健特色专科，成为全国首批产前超声培训基地、全国新生儿围产期医学专科医师培训基地。2018年中国医院各学科综合指数排行榜“妇产科学术期刊专项排名”第16名；2019年中国医院影响力排行榜，妇产科、妇科、产科、儿科均入围百强，分别为第13、6、15、51名；2019年荣登艾力彼首届全国“妇产医院50强”，位列第28名；2019年度科技量值（STEM）排名，妇产科进百强；“2020中国医院影响力排行榜”，妇产科、妇科、产科、儿科分别排名全国第8、第5、第16、第42，华南地区第1、第1、第3、第4；2020年荣登艾力彼全国“妇产医院50强”第28位，“儿童医院50强”第29位，并首次进入“智慧医院HIC300强”。
“医疗卫生三名工程”项目稳步推进。2016至2018年引进的8个团队依托科室在全市2019年度临床医技类团队中均位列前20名；儿童心理与康复科、妇科、儿科、新生儿科、生殖医学中心等5个依托科室聘请顾问型及研究型PI，以各种形式指导科研、课题及论文；新生儿科、生殖医学中心、中医科、妇科等4个依托科室完成临床基础实验室建设。2018年获得临床试验（医疗器械类）基地备案许可；2020年药物临床试验机构备案通过广东省药学会第三方评估。
院党委重视党建工作，坚持把方向、管大局、作决策、促改革、保落实的领导作用；充分发挥群团组织作用，开办卫生系统**“职工子女假期托管班”和**“青年综合素质培训班”，定期举办文艺汇演、歌手大赛及“青年论坛”等活动；院工会成立多个兴趣小组，努力打造职工和患者喜闻乐见的文化品牌，为医院建设和发展铸魂立魄。
面对新征程，医院将秉承“保障母婴安康、提高出生人口素质”的办院宗旨，弘扬“团结、耐劳、慎独、向上”的院训精神，大力推进医院学科建设和人才培养，实现我院医疗、教学和科研全方位发展，努力构建国内一流的集约型、服务型、创新型妇幼保健服务体系，向“树立市妇幼优质品牌，打造广深医疗高地，创建粤港澳大湾区妇幼保健医疗中心，推进健康深圳建设”的目标努力奋斗。
医院拥有多个国家及省市级重点学科、重点实验室、质控中心、培训及示范基地：
 三级甲等妇幼保健院
 南方医科大学附属深圳妇幼保健院
 全国首批产前超声培训基地
 全国新生儿围产期医学专科医师培训基地
 全国子宫颈癌早诊早治示范基地
 国家妇科内分泌诊疗能力建设试点单位
 国家吴阶平医学基金会乳腺癌早诊早治项目培训基地
 中国妇幼保健协会“妇科内分泌与常见病培训基地”
 全国综合医院、专科医院、妇幼保健院中医药工作示范单位
 全国妇幼保健中医中西医结合培训基地
 国家级儿童早期发展示范基地
 全国产科麻醉培训基地
 全国聚焦超声临床示范基地
 高强度聚焦超声临床培训基地
 国家子宫颈癌防控技术培训基地
 国家优质护理示范工程——围产期母婴护理服务实训基地
 中华护理学会盆底康复专科京外临床教学基地
 中国妇幼保健协会专科助产士临床培训基地
 中国妇幼保健协会示范孕妇学校
 国家级母婴安全优质服务单位
 全国新生儿皮肤护理培训基地
 全国出生缺陷防治人才培训项目培训基地
 中国女性职业压力应激与围产期抑郁中心
 全国角膜塑形安全监控哨点单位
 中国妇女发展基金会PAC培训基地
 全国盆底健康医学专项技术教学培训基地
 国家级盆底康复培训基地
 生殖健康诊疗服务能力（深圳）地区指导中心
 全国内分泌特色门诊中心
 中国妇幼保健协会母胎医学专委会主委单位
 中华预防医学会生育力保护分会青年委员会主委单位
 第一批国家分娩镇痛试点医院
 中国牙防基金会健康口腔推广基地
 国家耳鼻咽喉出生缺陷防控创新研发基地
 粤港澳大湾区妇幼口腔健康精准防治研究与转化平台
 粤港澳大湾区助产专科实践教育基地
 ALSO模拟培训基地
 三代试管婴儿技术试运行中心
 电子病历系统功能应用水平五级单位
 广东省护士协会教育护士实习基地
 广东省儿科呼吸联盟
 广东省儿童早期发展联盟单位
 广东省新生儿专科护士培训基地
 广东省助产专科护士培训基地
 广东省医用辐射安全放心示范单位
 广东省医学会健康传播自媒体联盟单位
 深圳市儿科专科护士培训基地
 “生源提升工程”深圳片区协助基地
 博士后实践创新基地
 深圳市健康教育基地
 入选全国罕见病诊疗协作网
 中国普拉德-威利综合征临床规范化诊疗协作联盟单位
 母婴友好示范项目医院
 儿童健康管理示范基地
 儿童眼保健示范单位
 中国青少年身心健康促进示范基地
 华南中医妇科联盟成员单位
 岭南中西儿科联盟
 粤港澳大湾区中医妇科联盟单位
 岭南罗氏妇科流派传承工作室工作站
 张玉珍全国名老中医药专家传承工作室工作站
 南方医科大学、广西医科大学、湖南中医药大学、安徽医科大学、华南师范大学、武汉大学、中山大学、广州医科大学、深圳大学、山东大学、山西中医药大学、嘉应学院、华中科技大学同济医学院等多所院校教学基地
 国家临床重点专科：新生儿科
 国家保健特色专科：孕产期保健特色专科
 国家产科质控中心专家委员会成员单位
 全国妇幼健康中医（中西医结合）重点专科
 全国生殖健康转化医学合作中心
 广东省高水平临床重点专科：新生儿科
 广东省保健特色专科：新生儿保健特色专科
 广东省中医重点专科：中医妇科
 广东省临床重点专科：产科、儿科
 广东省重症孕产妇救治中心
 广东省重症新生儿救治中心
 广东省产前诊断专项技术指导中心
 广东省区域性产前诊断中心
 广东省地中海贫血基因诊断中心深圳市分中心
 广东省出生缺陷监测与干预重点实验室
 深圳市医学重点学科：新生儿科、产科、生殖医学科、妇幼卫生与儿童保健
 深圳市中医特色专科
 深圳市科创委重点实验室：深圳市出生缺陷预防控制实验室
 深圳市“惠民工程”重点实验室
 深圳市出生缺陷干预工程技术研究中心
 深圳市孕产妇急危重症救治中心
 深圳市新生儿疾病筛查中心
 深圳市新生儿科质量控制中心
 深圳市产科质量控制中心
 深圳市乳腺科质量控制中心
 深圳市产前超声质量控制中心
 深圳市产前诊断质量控制中心