福建中医药大学附属厦门第三医院是岛外一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的大型三级乙等综合性医院、国家级爱婴医院、“省级文明医院”、福建医科大学、福建中医药大学临床教学医院、福建省临床住院医师规范化培训基地、于金明院士平台协助医院。
医院编制床位1000张，占地面积140亩，建筑面积9.3万平方米，内设13个党政后勤管理机构，38个业务科室，职工1466人，其中高级职称169人，中级职称383人，博士、硕士研究生89人。2015年门、急诊量91.4万人次，年收住院病人4.5万人次，年手术量1.2万人次。医院拥有德国西门子1.5T超导核磁共振机、64排螺旋CT 、西门子数字血管造影机（DSA）、1000毫安数字胃肠机、数字DR拍片机、体外循环机、直线加速器等高精尖设备，以及百级净化手术室和国内一流抢救技术水平的ICU重症监护室。
近几年，医院发挥区域优势，立足本地，医疗服务技术辐射厦门岛内外、长泰、龙海、安溪、南安、晋江等周边地区，加强内涵管理，狠抓医疗质量、医疗安全，规范服务行为，开展人文关怀，引进学科带头人，加大科技投入与技术协作。妇产科、神经外科、骨科、普外科、神经内科、呼吸内科等优势学科快速发展，开展无痛胃镜、无痛分娩，创建无痛医院，减轻患者病痛。医院紧跟医学前沿技术，在高新技术治疗方面达到较高水平，微创治疗已常规开展，如：宫颈癌、食道癌、肺癌、结直肠癌、胃癌、骨关节及颅脑微创腔镜手术达前沿水平；是岛外唯一能开展断肢/指再植、脑出血介入治疗、心肌梗死介入治疗的综合性医院，同时又是岛外唯一有高压氧舱治疗紧急中毒能力和有放射治疗设备用于肿瘤放射治疗的综合性医院，岛外唯一能独立进行心脏复杂手术的综合性医院，厦门市胸痛治疗中心协助单位。心血管内科每年急诊介入手术100余例，神经外科应用显微技术实施脑、脊髓肿瘤切除已是常规手术，不仅如此，在自发性蛛网膜下腔出血的急诊脑血管造影检查及脑动脉瘤的急诊手术和血管内微创介入治疗均处于医学前沿水平，年均为重度颅脑损伤患者做手术300余台，同时以最佳的治愈效果赢得了患者的充分肯定，取得了良好的社会效益。同时，医院重视开展新技术、新业务，形成了崇尚科学、注重科学的优良传统，全院共有96项科研成果获省、市、区科技成果奖；发表论文近千篇。
崛起中的福建中医药大学附属厦门第三医院正以全新的面貌，坚持“一切以病人为中心”的服务宗旨，传承“医学人文”理念，通过强化医院内涵建设、深化医院改革、加大基础建设投入、加快人才培养、重视学科建设，改善就医环境，促进医院整体服务水平与社会公信力得到不断提升。特别是医院的医疗、教学、科研水平同步发展，各个学科紧跟医学前沿，让老百姓在家门口就能享受高水平优质的医疗服务，为厦门市的医疗卫生事业建设作出积极贡献。
