附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、规范化服务达标医院、首都平安示范医院。同时也是北京大学医学部博士、硕士学位研究生培养点，北京市住院医师规范化培训基地。
附属儿童医院编制床位400张，设有25个临床科室、9个医技科室。住院部设有14个病房。手术室设有百、千级手术室8间。医院承担着北京市和外省市患儿的医疗救治工作，年门急诊量和出院患者逐年增加，2013年门急诊量达192.3万人次，年住院病人22514人次，年病房手术例数5859例。2002年、2005年医院建设了新门诊楼和病房楼，就诊环境和医疗设施得到极大改善。
呼吸内科是北京市儿童呼吸道疾病诊断治疗中心，是北京市重点扶植的学科，国家临床重点专科。科室拥有呼吸专业门诊、哮喘门诊及多个检查室包括纤维支气管镜室、呼吸睡眠监测室、肺功能室、反复呼吸道感染（RRI）及免疫治疗门诊。该科室承担多项国家级、省部级及国际合作类重点科研项目。呼吸内科在儿童呼吸系统疾病的诊断治疗中取得了多项突破，儿童哮喘防治综合治疗方案被列入卫生部“十年百项”科技成果推广项目；儿童肺炎中病毒及支原体的分离鉴定技术处于国内领先水平。
消化内科多年来围绕小儿腹泻开展了大量基础研究、临床实践，填补了我国小儿腹泻病治疗方面的一些空白。其多项研究成果先后获得国家新药发明二等奖，市科技进步二等奖，北京市科技进步一等奖等奖。该科室在儿童、婴幼儿电子胃镜、电子肠镜，无痛内镜、超细内镜的诊断和内镜下治疗等方面积累了丰富的临床诊治经验。已开展的胃电图，为了解儿童胃肠动力提供基础。率先在国内儿科开展了食道测压、食道Ph值监测、食道阻抗检测等方法，为儿科消化道疾病的诊断和治疗创造了重要的条件。
神经内科经过数十年的努力，已经具备一定规模，包括有合理的专业人员队伍、专业病房、专业门诊及神经功能检测中心。建立了神经系统疾病诊断和治疗的诊疗常规，形成了一整套流程规范，开展了神经生理和神经心理检查等。神经科及相关科室可开展全面深入的医学检验，包括神经生理及神经心理测试、神经影像、脑功能检查、先天遗传疾病、代谢疾病、发育障碍、感染与免疫疾病检验等。近3年获得部市级课题24项，发表SCI文章30余篇。
内分泌科是诊治儿童糖尿病、矮小症、甲状腺疾病、性早熟、垂体疾病、代谢性骨病、肾上腺疾病等的专科，开展各种内分泌功能试验和评估，在儿童糖尿病的强化治疗和动态血糖检测方面颇具特色，参与承担“肥胖儿童内皮细胞功能”、“女性特发性中枢性性早熟联合治疗”等多项课题，为0～18岁小儿提供内分泌系统疾病咨询、教育、诊断和治疗服务。该科室定期开展糖尿病教育学习班；运用新技术和新疗法，诊断、治疗、监测内分泌患儿并进行相关基础研究。
心血管内科设有专业门诊、病房、心脏彩超室，心电图室、运动实验室、心脏电生理检查室，晕厥检查室，拥有现代化的设备，对心肺运动试验评估，心功能，心律失常危险度评估，儿童高血压合并靶器官损害，心肌炎危重症抢救及药物控制心律失常等方面具有丰富的临床经验。为少年儿童高血压易患者的识别与一级预防、心律失常的诊断和治疗奠定了基础。在科研和教学方面，该科室曾牵头多项重大科研公关项目，四次主持并参与制定小儿病毒性心肌炎的诊断标准，多次获得国家和北京市科技进步奖。先后在国内外发表100余篇文章，参编多部著作。
肾脏内科在诊治各种泌尿系统常见疾病方面积累了丰富的经验。尤其在孤立性血尿、无症状蛋白尿、Alport综合征、溶血尿毒综合征、ANCA相关性血管炎、肺出血肾炎综合征、急进性肾炎、肾小管酸中毒、Batter综合征、Dent病及急、慢性肾功能衰竭等多种少见疑难疾病的诊断治疗方面颇具特色。近年来开展的肾脏替代治疗，使急、慢性肾功能衰竭的病人得到了积极救治，为下一步治疗争取了宝贵的机会。科室在发展过程中，注重临床与科研结合，已完成多项研究课题。
血液内科在儿童血液病、肿瘤的诊断治疗方面达到了国内先进水平。在儿童特发性血小板减少性紫癜、儿童再生障碍性贫血、儿童白血病、淋巴瘤、其他实体瘤、噬血细胞综合征、先天性骨髓衰竭性疾病、郎格罕细胞组织细胞增生症等疾病诊断和治疗方面处于全国领先水平。该科室在核心期刊上发表学术论文50余篇。
风湿免疫科在儿童风湿病的临床诊治和基础科研上与国际接轨，对儿童系统性红斑狼疮、各种幼年型关节炎、幼年皮肌炎等有深入研究，擅长疑难和危重儿童风湿病诊治。在国内较早联合开展了生物制剂、自体外周血干细胞移植治疗难治性儿童风湿病，同时采用综合治疗方法，如药物冲击、生物制剂、中西医结合、自体造血干细胞移植、物理和运动医疗等方案促进患儿康复。该科室多年坚持进行随访，保障了患儿长期稳定的疗效。
新生儿内科对早产儿、出生缺陷、化脓性脑膜炎、败血症、重症高胆红素血症、不明原因胆汁淤积症等危重疑难疾病的诊断治疗达到国际水平。围绕临床重点问题积极开展新技术研究和应用，率先在国内开展了巨细胞病毒pp65抗原检测、快速CMV病毒分离，经外周动-静脉双通路同步换血术和NCPAP治疗新生儿NRDS等新技术，发表论文150余篇，多次获得获北京市科技成果奖。
重症医学科（包括ICU、急诊室）于上世纪80年代初开始使用呼吸机救治危重患儿，处于国内领先水平。1986年成立ICU，专业设置包括NICU、PICU、急诊室、血气实验室。近30年来在儿科危重症领域进行了深入的基础和临床研究，先后承担30余项各类科研项目，发表论文500余篇，多项卫生部、国家、市、局级科技进步奖等科研成果获奖。近年来该科室除常规重症监护治疗外，还开展了高频通气等一系列新的重症监护治疗技术，使危重患儿救治水平不断提高。
感染科的前身是传染科，近30年来开展了小儿腹泻病相关的大量基础 临床研究，先后获得国家新药发明二等奖，市科技进步二等奖，北京市科技进步一等奖，建国40周年百项**科技贡献奖。先后发表医学论文200余篇，参加编写小儿感染性疾病相关著作20余部。该科室除接诊儿童法定传染病的疑似和确诊病人外，还承担有突发公共卫生事件的医疗救治工作。尤其对儿童手足口病和感染性腹泻病进行病原学诊断，提高诊断的准确性，杜绝滥用抗生素。并对手足口病及腹泻病患儿采用非侵入性治疗手段（干扰素雾化、腹部中药微波理疗），取得很好的疗效。
保健科是以小儿内科为基础、儿童保健为特色的临床科室。专业门诊齐全，设有多个亚专业：儿童营养、儿童心理卫生、儿童五官保健、儿童生长发育、儿童康复等。有的专业处于国内领先地位。科室配备有心理测查、智力测查室。引进先进的无创、无辐射性超声设备检测儿童骨强度；采用视力筛选仪进行视力筛查；近年来还开展了儿童骨龄评价、营养与进食行为评估等工作。2010年承接了首发基金课题“0-6岁小儿神经心理发育量表的修订”。
中医科采用中西医结合治疗小儿多发病，在治疗反复呼吸道感染，慢性咳嗽，喘息性支气管炎，毛细支气管炎，肺炎，鼻炎等方面积累了丰富的经验。尤其擅长运用中医辨证治疗小儿脾胃病、小儿疑难杂症。该科室开展了多项具有中医特色的治疗项目：脉冲微波加中药穴位外敷治疗喘息性支气管炎，毛细支气管炎，肺炎等；冬病夏治三伏贴，冬病冬防三九贴；耳穴埋药治疗小儿神经性尿频，遗尿，抽动秽语综合征，小儿睡眠障碍；按摩治疗小儿先天性肌性斜颈等。还坚持指导家长对脑瘫患儿进行康复训练。
普通（新生儿）外科临床主攻先天性胆道闭锁，胆总管囊肿，巨结肠，肛门闭锁以及肝母细胞瘤等腔镜进行诊疗的儿童疾病（擅长运用腔镜治疗儿童先天性胆道闭锁，胆总管囊肿，巨结肠，肛门闭锁以及肝母细胞瘤等疾病）。目前在研课题有国家自然科学基金、卫生部卫生行业专项等；发表学术论文300余篇，SCI收入论文27篇, 完成著作10部，获北京市科技进步二等奖三项，及中华医学会科研成果奖、河北省科技进步奖等多项奖项；研究成果为国内和国际小儿外科最权威教科书引用, 吸引国外同行前来学习，并被国外同行邀请讲学和进行手术演示。其新技术推广到国内26个省份百余所小儿外科中心，培训医生千余人。
泌尿外科拥有先进的专业设备，如小儿腹腔镜、膀胱镜、输尿管镜等。对于泌尿生殖系先天畸形的矫治及各种泌尿生殖系疑难重症治疗有着丰富的经验。近年来科室以微创技术作为重要的发展方向，将腹腔镜技术应用于肾盂输尿管成形术、输尿管膀胱再植术、重肾重输尿管切除术、小儿肾上腺肿瘤切除术、肾囊肿去顶术 半肾及全肾切除术及两性畸形、高位隐睾的治疗，其疗效均达到国内领先水平。该科室多次参与国家十一五科技支撑计划项目及国家自然基金项目。
胸外科在小儿普外、肿瘤、胸科等疾病的诊治方面有着丰富的临床经验。擅长小儿胸腹部肿瘤和胸科疾病的诊治，以及普外疑难重症疾病的处理。并将微创技术应用于临床，熟练掌握经胸、腹腔镜治疗膈疝、脓胸、良恶性肿瘤等疾病，使肿瘤诊断治疗水平达到了国内领先水平。该科室在专业期刊发表论文30余篇，并参与了专业书籍的撰写。
骨科擅长小儿骨骼和神经肌肉系统的各种先天畸形的治疗，发育性及病理性髋脱位的手术治疗，先天性脊柱侧后凸畸形的手术治疗，早期手术治疗各类先天性多指（趾）、并指（趾）畸形，肌性斜颈的微创手术治疗等。在SPR手术及外周神经部分松解手术治疗痉挛性脑瘫方面效果显著。并在各种骨肿瘤的诊断、手术治疗及化疗，急、慢性骨髓炎及化脓性关节炎的治疗，创伤骨折的闭合复位，骨折畸形后的矫形治疗及微创弹力髓内针技术的应用方面颇具特色。
麻醉科包括门诊手术室、病房手术室和麻醉后恢复室（PACU），为医院所有接受手术和诊疗操作的患儿提供麻醉、镇静和镇痛服务，并承担各科室危重患儿的急救复苏任务。擅长微创外科、新生儿外科、肝胆外科、泌尿外科、骨科、心胸外科、耳鼻喉科和眼科等手术的围麻醉期管理。近年来，麻醉科积极倡导并开展了胃肠镜、纤维支气管镜、磁共振检查、骨髓穿刺、鞘内注射等诊疗操作的无痛和舒适化医疗服务。科室在儿科麻醉深度监测与调控、气道管理和术后镇痛等方面的研究居于全国前列。
皮肤科主要开展儿童常见皮肤病的治疗。开设有血管瘤诊治；特应性皮炎；皮肤病理；皮肤外科及激光美容；先天、遗传、代谢性和危重病诊疗；中西医结合治疗皮肤病；皮肤感染；小儿妇科等专业。在儿童血管瘤与血管畸形的鉴别诊断、治疗方案的选择及长期管理方面保持了与国际同步的先进水平。针对先天性、遗传性、代谢性和危重皮肤病的诊断和治疗，对重症药疹的抢救、EB患儿的长期管理及少见综合征的基因学研究等进行了多年的努力和探索。对各型鱼鳞病、着色性干皮病、神经纤维瘤病、先天性大疱表皮松懈症、早老症以及皮肤弹性过度等先天性疾病有丰富的诊疗经验。还开展了多种皮肤科手术。
眼科经过多年临床探索,积累了丰富的临床经验，形成了一套全面、系统、规范的小儿眼病筛查、诊疗和预防策略。擅长于小儿各种常见疾病的诊断和治疗。拥有国际一流的医疗设备，可行眼部B超、CT、视觉电生理、新生儿及早产儿眼底筛查、眼前节及眼底照相、角膜地形图、光学生物测量、电脑验光、同视机、裂隙灯、非接触眼压、直接及间接眼底检查等项目。尤其在小儿泪道疾病、斜视和弱视诊治、屈光不正矫正及早产儿视网膜病变的筛查、小儿眼睑及眼表疾病的诊治等方面取得显著效果。
耳鼻喉科门诊设有听力室、内窥镜室及换药室等。上下气道相关疾病的诊治是科室的特色之一。科室除开展儿童耳鼻喉科常见疾病诊治外，还开展了儿童耳鼻喉科的常规手术，且在小儿睡眠打鼾和呼吸暂停低通气综合征的诊断和治疗中颇具特色。开展的鼻内窥镜下低温等离子射频消融术切除小儿腺样体、扁桃体达到了出血少、低复发的效果。近几年完成市级及所级课题等多项科研项目，在核心期刊发表文章20余篇。
口腔科是集口腔各种疾病治疗和预防为一体的临床科室。治疗项目主要包括儿童牙体牙髓病、儿童口腔粘膜病、口腔正畸、口腔门急诊手术以及即将开展的儿童口腔不良习惯矫正和采用激光技术治疗口腔疾病等。口腔科内设牙片室，拥有先进的数字化X光机。该科室医疗环境舒适优雅，医护人员执行严格的无菌概念，保证每一患儿的治疗安全。
医疗设备处负责所院医疗、科研设备、医用耗材的采购、维修、保养、管理、效益分析、计量检测、不良事件监测、科研设备免税等工作。下设医疗设备管理组、医用耗材管理组、计量维修组。
信息中心的主要工作是健全所院信息系统建设，完成从门诊到住院的各个临床部门的信息普及化，实现从点到面的全覆盖，从信息技术层面优化医疗就诊流程，提升所院信息系统工作效率，对临床及后勤等部门提供**的信息及技术支持。该中心2011年度荣获北京市卫生行业信息安全工作先进单位。
药剂科集药品采购、供应、经济管理、药学服务为一体，是一个多功能、性质特殊、任务繁杂的科室。下设门诊药房、急诊药房、病房药房、临床药学、药品库房5个组，实现了网络化管理。定期进行药物不良反应监测、新药普及和抗菌药物合理使用情况分析；编辑出版面向医师、护士及药师的《药讯》。专职临床药师与医生一起审查患儿药物治疗方案，有经验丰富的药师进行专业用药咨询，为医生、患儿提供准确及时的药物信息。2011年医院有9个专业通过了国家GCP（药物临床试验质量管理规范）认证，获得药物临床试验资格。
检验科下设临床检验室、生化室、免疫室、微生物室和急诊化验室。 所开展的检验项目涵盖临检血液、临检体液、生物化学、免疫学、微生物等专业，可完成常规检验项目170多个。实验室LIS流程实现了检验信息**、准确、快捷的全程化管理。检验科在卫生部和北京市临检中心的年度室间质评中连续十多年成绩**，获得北京市级“**实验室”称号。2010年，通过国际CNSA实验室ISO 15189认可证书（认可号：MT0072）。目前该科室在研课题3项，完成专业学术论文30余篇。
放射科拥有CR、数字造影、螺旋CT、核磁共振成像等大型先进设备，年检查量7万余人次，并以每年约10%速度递增。擅长儿童呼吸系统疾病、骨骼肌肉系统疾病、中枢神经系统疾病以及儿童肿瘤疾病方面的诊断。气灌肠疗法成为儿科急症肠套叠诊断和治疗的特色项目。螺旋CT三位重建技术、尤其是核磁成像的直接三维成像技术以其非侵袭性、安全、适应症广、多平面投影等特点，提高了病变的显示率及诊断的准确率，受到临床和患者欢迎。目前放射科启用PACS系统，实现了全院影像资源共享。现承担省部级科研课题2项，与其他科室合作承担各级科研课题5项。近几年来，该科室发表核心期刊论文30余篇，编译专著2部，编写专著4部。
超声科主要进行超声急诊、腹部、胸部、小器官、血管及经前囟颅脑超声检查。拥有多项国内先进或领先的超声诊断技术：肠旋转不良及肠扭转的诊断；睾丸扭转的早期诊断；各种类型的肾积水、多囊肾、膀胱输尿管反流筛查及复查评价；胆道闭锁及胆汁淤积的诊断及鉴别诊断；腹、盆腔及腹膜后的囊、实性占位的诊断与鉴别诊断；髋关节发育不良及脱位的诊断和分型；经前囟检查的脑积水、缺血缺氧性脑病、脑出血、化脓性脑膜炎并发症等；门静脉高压的分型及血流评价；大动脉炎及肾动脉狭窄的筛查等。
病理科是从事儿科临床病理诊断的医学实验室。主要从事儿童疾病的临床病理诊断，儿童肿瘤及围产儿先天畸形等科研工作，同时协助完成科研课题的病理研究工作。近年来，新开展了儿童肿瘤DNA倍体分析、肿瘤药物敏感实验的免疫组化染色分析、肿瘤组织预后相关基因诊断等，为临床进一步的治疗及判断预后提供帮助。该科室参加了国家科技部“973”重大课题——“山西健苗工程”，并承担了“山西省吕梁地区围产儿先天畸形的临床病理研究”分题的研究。2010年荣获中国宋庆龄基金会儿科医学奖，2011年荣获北京市科技进步三等奖。
输血科开展的主要业务有：24小时提供全院临床手术、治疗及抢救用血。供应临床血液成分。输血科自2001年以来，积极推行成分输血，现在医院成分输血率为100%。同时参与全院临床科室的疑难病例讨论及输血病例的临床会诊，指导和监督临床科学合理用血。开展的血型血清学实验包括输血相容性检测；HIV及HCV的检测等。
临床营养科负责各临床科室患儿的膳食营养和肠内营养的应用治疗工作。为住院患儿提供所有基本饮食和数十种治疗饮食，对慢性肾脏疾病、糖尿病、先天代谢性疾病等，开展称重饮食。对需要肠内营养支持、营养相关疾病的患者及时组织会诊、制定方案，进行指导。该科室还与内分泌科合作，对门诊和病房患儿及家长进行营养宣教和饮食咨询指导。
