先天性小儿胆总管囊肿的发病原因有先天性胆管发育缺陷、病毒感染、胆道发育不良等因素导致。
1、先天性胆管发育缺陷：先天性胆管发育缺陷主要是先天性胆管发育异常导致的，会伴有整个或部分胆道发育不佳，从而会导致先天小儿胆总管囊肿。需要通过手术治疗。
2、病毒感染：在胚胎时期，如果母亲受到了病毒感染，比如乙型肝炎、病毒巨细胞病毒，会导致胆管腔阻塞或关闭变薄弱，产生胆总管囊肿。如果囊肿比较小没有明显的症状，不需要特殊的处理。
3、神经分布异常：在胚胎时间如果胎儿胆总管神经分布异常，会导致先天性小儿胆总管囊肿。如果囊肿比较小，可以定期到医院进行复查。
除了以上原因，还可能与先天性胰胆管交界部发育畸形，形成河流异常的因素有关，具体原因需要到医院就诊检查，然后进行针对性治疗。
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