亚急性甲状腺炎病因多认为是由于病毒感染引起的变态反应，如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒、腺病毒感染等，也可发生于非病毒感染（如Q热或疟疾等）。近年来研究发现遗传因素也可能参与发病，在患亚急性甲状腺炎的双胞胎患者中发现患者的HLA-B35自身抗原和感染病毒的相关抗原T细胞可发生交叉反应，从而引起机体的自身免疫反应，导致甲状腺细胞的损害。
亚急性甲状腺炎可以合并甲亢：
1、临床上甲亢患者主要表现为：心慌、心动过速、怕热、多汗、食欲亢进、消瘦、体重下降、疲乏无力及情绪易激动、性情急躁、失眠、思想不集中、眼球突出、手舌颤抖、甲状腺肿或肿大、女性可有月经失调甚至闭经，男性可有阳痿或乳房发育等。甲状腺肿大呈对称性，也有的患者是非对称性肿大，甲状腺肿或肿大会随着吞咽上下移动，也有一部分甲亢患者有甲状腺结节。
2、甲亢时引起的眼部改变，一类是良性突眼，患者眼球突出，眼睛凝视或呈现惊恐眼神；另一种是恶性突眼，可以由良性突眼转变而成，恶性突眼患者常有怕光、流泪、复视、视力减退、眼部肿痛、刺痛、有异物感等，由于眼球高度突出，使眼睛不能闭合，结膜、角膜外露而引起充血、水肿、角膜溃烂等，甚至失明。也有的甲亢患者没有眼部症状或症状不明显。上述均是典型甲亢的临床表现，但是并非每位甲亢患所有的临床症状都有，不同类型的甲亢，临床表现也不同。
3、甲状腺激素分泌过多的病理生理作用是多方面的，但其作用原理尚未完全阐明。以往认为过量的甲状腺激素作用于线粒体，对氧化磷酸化过程具有拆偶联的作用。以致氧化过程所产生的自由能，不能以ATP的形式贮存而消耗殆尽，故氧化率增加而能源供应不足，从而引起临床症状。
SAT常在病毒感染后1-3周发病，有研究发现该病有季节发病趋势（夏秋季节，与肠道病毒发病高峰一致），不同地理区域有发病聚集倾向。起病形式及病情程度不一：
1、上呼吸道感染前驱症状：肌肉疼痛、疲劳、倦怠、咽痛等，体温不同程度升高，起病3-4d达高峰。可伴有颈部淋巴结肿大。
2、甲状腺区特征性疼痛：逐渐或突然发生，程度不等。转颈、吞咽动作可加重，常放射至同侧耳、咽喉、下颌角、颏、枕、胸背部等处。少数患者声音嘶哑、吞咽困难。
3、甲状腺肿大：弥漫或不对称轻、中度增大，多数伴结节，质地较硬，触痛明显，无震颤及杂音。甲状腺肿痛常先累及一叶后扩展到另一叶。
如何有效的预防亚急性甲状腺炎：
1、规律运动亚急性甲状腺炎病因多考虑与病毒感染相关，故需规律运动，增强体质，预防感染
2、生活节制注意休息、劳逸结合，生活有序，保持乐观、积极、向上的生活态度对预防疾病有很大的帮助做到茶饭有规律，生存起居有常、不过度劳累、心境开朗，养成良好的生活习惯对预防亚急性甲状腺炎有益
3、合理膳食可多摄入一些高纤维素以及新鲜的蔬菜和水果，营养均衡，包括蛋白质、糖、脂肪、维生素、微量元素和膳食纤维等必需的营养素，荤素搭配，食物品种多元化，充分发挥食物间营养物质的互补作用，对预防此病也很有帮助
1、白细胞计数及中性粒细胞正常或偏高，红细胞沉降率增速，血清蛋白结合碘或血清T3、T4、FT3与FT4浓度升高，甲状腺摄碘率降低，甲状腺扫描可见甲状腺肿大，但图象显影不均匀或残缺，亦有完全不显影的。蛋白电泳呈现为白蛋白减少，球蛋白增加，主要是r和α1球蛋白增高。
2、实验室检查见白细胞轻度或中度升高，血沉明显增快，由于甲状腺滤泡细胞被破坏滤泡内贮藏的甲状腺素三碘甲腺原氨酸及甲状腺球蛋白排入血中含量均增加；甲状腺滤泡细胞被破坏功能丧失吸碘率降低；血中抗甲状腺抗体增加很少；促甲状腺激素降低。
3、血常规检查白细胞总数一般正常或稍高。血沉增速。纸上蛋白电泳显示患者球蛋白水平升高，尤其是α2球蛋白升高。甲状腺功能检查常有131Ⅰ吸碘率下降。血浆蛋白结合碘升高。总T3、T4水平升高或正常，TSH水平降低，有的患者中后期T3、T4水平偏低或正常。TGA阳性，部分TMA也可阳性。当亚急性甲状腺炎的症状消失，其甲状腺功能与生化检查正常以后，血清TGA仍可呈阳性，本病可以亚临床形式存在较长时期。
1、心理调整：首先要了解亚急性甲状腺炎的病因，临床表现，转归和预后，对自己的疾病有一个基本了解，解除焦虑和紧张情绪，保持乐观的态度，积极配合医生治疗。
2、合理膳食：少食多餐，避免暴饮暴食，营养均衡。
3、有效休息：需保证充足的睡眠，注意休息，避免劳累，减少不良刺激，急性期要卧床休息，减少能量消耗，运动要适度。
4、按时复诊：明确了疾病的分期和转归，需遵医嘱，按时复诊检查、指导用药及对治疗药物副作用的观察。以避免复发和合并甲减、提高治愈率。
1、早期治疗以减轻炎症反应及缓解疼痛为目的。轻症可用乙酰水杨酸（1-3g/d，分次口服）、非甾体消炎药（如吲哚美辛75-150mg/d，分次口服）或环氧酶-2抑制剂。糖皮质激素适用于疼痛剧烈、体温持续显著升高、水杨酸或其他非甾体消炎药治疗无效者，可迅速缓解疼痛，减轻甲状腺毒症症状。初始泼尼松20-40mg/d，维持1-2周，根据症状、体征及ESR的变化缓慢减少剂量，总疗程6-8周以上。过快减量、过早停药可使病情反复，应注意避免。停药或减量过程中出现反复者，仍可使用糖皮质激素，同样可获得较好效果。甲状腺毒症明显者，可以使用β-受体阻滞剂。由于本病并无甲状腺激素合成增多，故不使用抗甲状腺药物治疗。甲状腺激素用于甲减明显、持续时间久者；但由于TSH降低不利于甲状腺细胞恢复，故宜短期、小量使用；永久性甲减需长期替代治疗。
2、手术治疗是不适宜的，除非伴有甲状腺肿瘤者，或极少数疼痛长期不能缓解者，才需切除病变的甲状腺。
3、中医中药对本病有一定的疗效，一般与以上药物同时并用，主要治疗原则为：清热解毒，益气固表，疏肝散结。