病原是卡氏肺囊虫，发滋养体与包囊，主要存于肺内，过去认为属于原虫，最近有学者根据其超微结构和对肺囊虫核糖体RNA种系发育分析认为：肺囊虫属真菌类，PCP的主要感染途径为空气传播和体内潜伏状态卡氏肺囊虫的激活，宿主对验证的反应和免疫应答包括肺泡巨噬细胞吞噬卡氏肺囊虫，支气管周围和血管区域淋巴细胞浸润，Ⅱ型肺泡细胞增值，局部及全身抗体增加等。
1951年Vanek首次报告，在早产婴间质性浆细胞肺炎病例中查见此种卡氏肺囊虫，由于最近数十年来广泛应用免疫抑制剂以及对恶性肿瘤病人进行化疗，本病较过去为多见，尤以近10年获得性免疫缺陷病(艾滋病AIDS)出现后，PCP更受到广泛关注，根据美国CDC资料1981～1990年共报告AIDS患儿1200例，其最常见和最严重的机会性感染是PCP，发病率为39％，而在成人AIDS病人可高达80％，卡氏肺囊虫病主要见于五种病人：
1、早产婴儿和新生儿；
2、先天免疫缺损或继发性免疫低下的患儿；
3、恶性肿瘤如白血病，淋巴瘤病人；
4、器官移植接受免疫抑制剂治疗的患儿；
5、AIDS患儿早在五十年代，在北京曾发现少数PCP病例，八十年代中北京儿童医院曾报告16例PCP发生于白血病患儿缓解期，根据动物模型及病人观察证明PCP发生与T-淋巴细胞免疫功能低下关系至为密切，目前国外认为凡CD4(辅助性T细胞)计数≤200/mm3时发生PCP危险甚大，但此标准对小儿尤1岁内者不适用。
卡氏肺囊虫肺炎的并发症日益增多，如肺囊性病变、自发性气胸、上叶实变等，其表现变化很快且多种多样，如未经适当的治疗可迅速发展为急性呼吸窘迫综合征。预后不良。国外报告病死率10％～50％，平均40％左右。但最近认为经地及时积极治疗者，治愈率可高达70％。
肉眼可见肺广泛受侵较重，质地及颜色如肝脏，肺泡内及细支气管内充满泡沫样物质是坏死虫体和免疫球蛋白的混合物，肺泡间隔有浆细胞及淋巴细胞浸润，以致肺泡间隔增厚，达正常的5～20倍，占据整个肺容积的3/4，包囊开始位于肺泡间隔的巨噬细胞浆内，其后含有包囊的肺泡细胞脱落，进入肺泡腔；或包囊内的子孢子增殖与成熟，包囊壁破裂后子孢子排出成为游离的滋养体进入肺泡腔，肺泡渗出物中有浆细胞，淋巴细胞及组织细胞。
一、症状及体征可分为两个类型
1、婴儿型：主要发生在1～6个月小婴儿，属间质性浆细胞肺炎，起病缓慢，主要症状为吃奶不好，烦躁不安，咳嗽，呼吸增速及紫绀，而发热不显著，听诊时罗音不多，1～2周内呼吸困难逐渐加重，肺部体征少与呼吸窘迫症状的严重不成比例，为本病特点之一，病程4～6周，如不治疗约25％～50％患儿死亡。
2、儿童型：主要发生于各种原因致免疫功能低下的小儿，起病急骤，与婴儿型不同处为几乎所有病人均有发热，此外，常见症状为呼吸加速，咳嗽，紫绀，三凹，鼻扇及腹泻，病程发展很快，不治疗时多死亡。
二、X线检查
可见双侧弥漫性颗粒状阴影，自肺门向周围伸展，呈毛玻璃样，伴支气管充气象，以后变成致密索条状，间杂有不规则片块状影，后期有持久的肺气肿，在肺周围部分更为明显，可伴纵隔气肿及气胸。
注意免疫抑制者与患者的隔离，防止交叉感染对高危人群应密切注意观察对有发生卡氏孢子虫危险的病人，应用药物预防，可有效地防止潜在感染转变为临床疾病和治疗后复发一般用TMP5mg/kg，SMZ25mg/kg，每天或每周3次口服喷他脒雾化吸入可作为二线预防用药
白细胞计数正常或稍高，约半数病例淋巴细胞减少，嗜酸粒细胞轻度增高，血气分析示显著的低氧血症和肺泡动脉氧压差加大，肺功能测试可见进行性减退。
依靠自气管吸取物或肺活检组织切片染色见肺泡内泡沫状嗜伊红物质的团块富含原虫，利用乌洛托品硝酸银染色，可查见直径6～8μm的黑褐色圆形或椭圆形的囊体，位于细胞外，近年有人采用高张盐水雾化吸入提高病原体检出率，又支气管肺泡灌洗术和支气管肺活检时囊虫发现率可达90％，囊虫染色法有Toluidineblue，环六亚甲胺银，Grdm-wright，Grimss和免疫荧光抗体染色等，近年来有人采用ELISA法检测肺囊虫IgG抗体以及乳胶微粒凝集试验查囊虫抗原，或分子生物学技术如PcR作快速早期诊断。
1、卡氏肺囊虫肺炎吃哪些食物对身体好：
补充维生素类，加强营养支持。
2、卡氏肺囊虫肺炎最好不要吃哪些食物：
最好不要吃辛辣食物，戒烟酒。
1、以前常用戊烷脒，肌注10～14天。亦可气雾吸入，早期应用此药，至少60％患儿可以治愈，但约半数患儿可出现较重的不良副作用如局部发生无菌性脓肿、皮疹、低血压、恶心、呕吐、眩晕、低血糖、低血钙、巨幼红细胞性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少及肝肾功能损害等。
2、目前，首选药物为甲氧苄胺嘧啶（TMP）20mg/（kg·d）加磺胺甲基异？唑（SMZ）100mg/（kg·d），分2次服，连服2周，其疗效与戊烷脒相仿，但不良副作用远较少见，表现为皮肤过敏与胃肠道反应。亦有主张SMZCo100mg/（kg·d）2周，后减为半量再用二周，后再减为1/4量连用2月，有效率达75％，此药可作为化学预防剂，在应用免疫抑制剂的高危患儿中预防此病，其剂量为TMP5mg/（kg·d）和SMZ25mg/（kg·d），皆分2次口服或每周连服3天，停4天，连用6个月。
3、支持疗法包括肌注丙种球蛋白或胎盘球蛋白，可以增强免疫力。必要时吸氧。如在应用肾上腺皮质激素的过程中发生此病，则需减量或停药。为预防此病在高危患儿中交叉感染，最近主张执行呼吸道隔离，直至治疗结束。