肺真菌病的感染途径有三种，分别为：
1、内源性。如放线菌及念珠菌存在于正常人口腔及上呼吸道内，如口腔卫生差，机体抵抗力低，能侵入肺部引起感染。
2、外源性。吸入带有真菌孢子的粉尘而感染，如卡氏菌病、曲霉菌病和隐球菌病。
3、继发性。在体内其他部位的真菌病经血行或淋巴系统播散至肺部，膈下的病变也可直接蔓延至肺部，如放线菌病。
真菌广泛存在于大自然中，孢子随尘土飞扬，易吸入呼吸道，呼吸道正常时也有真菌存在，所以取痰或分泌物做涂片或培养，查到的真菌未必是致病菌。病人在同时或先后常夹杂细菌病毒等感染，临床表现复杂，易误诊或漏诊，实际工作中常是根据具有“机会感染”因素：长期大量使用广谱抗生素、免疫抑制剂、抗癌药等，在其他诊断不能完全说明病人的情况时才想到真菌感染。真菌侵入肺后产生炎症改变，基本病理变化是凝固性坏死，细胞浸润和化脓，慢性感染，有肺纤维化或肉芽肿形成。
肺真菌病可并发自发性气胸及脓胸等，曲霉菌支气管肺炎反复发作后晚期可致肺纤维化、支气管扩张及肺气肿等并发症。少数免疫功能低下者，可播散到淋巴结、皮肤、肝、脾、肾、骨关节及脑脊膜等各种器官而引起相应的损害和并发症。
肺真菌病的症状与真菌的类型有关，下面举例说明：
一、肺放线菌病
主要由以色列放线菌引起的慢性化脓性肉芽肿病变。以色列放线菌为厌氧的丝状菌，菌丝集结成1～2mm大小呈黄白色的所谓“硫磺”颗粒，此为肺真菌病的特点，颗粒出现在脓液痰或瘘管壁的组织中，为诊断肺真菌病的可靠根据。
长期以来放线菌归入真菌病内，因本菌具有细菌特点，用青霉素治疗敏感，也可列入细菌病中。肺真菌病分布遍及世界各地农民中多见以色列放线菌寄生于正常人的口腔黏膜、龋齿周围、扁桃体隐窝及结肠等处而不发病，如口腔卫生不良，或当外伤拔牙，口腔细菌病毒感染时，可继发放线菌感染，并蔓延至面部、颈部，形成瘘管。肺部感染是吸入口腔污染物所致。肺部放线菌病不多见，约占15％；面部颈部病变占50％以上，在颌颈处出现肿块，继而形成脓肿，穿破成为窦道；腹部放线菌病约占25％，常在回盲部形成肿块。放线菌可引起支气管肺炎、肉芽肿和结缔组织增生，形成脓肿及软化病灶，或瘢痕纤维化肿块如侵及胸膜，有胸腔渗液或脓胸侵犯胸壁可形成胸壁脓肿和瘘管。
二、肺曲霉菌病
曲菌广泛分布于自然界、土壤、植物空气中正常人呼吸道、皮肤、外耳道等处也可找到曲菌，一般不致病。致病菌绝大部分为烟熏色曲霉菌，少数为黑色、白色和小巢形曲霉菌肺真菌病多继发于支气管囊肿、支气管扩张、尘肺、结节病和肺脓肿等病发病与职业有关，如家禽饲养、酿酒等工作。临床上曲霉菌感染有3种类型。
1、变态反应型：如曲霉菌支气管肺炎等，过敏体质者吸入大量孢子后，数小时内出现哮喘、低热、咳嗽有痰等。胸部X线检查显示游走性浸润。脱离接触后症状在3～10天后自行消退。用激素治疗肺部病变迅速消失，再接触可再发生。反复发作后晚期可致肺纤维化支气管扩张、肺气肿等。
2、败血症型：表现为坏死性支气管肺炎、出血性梗死、脓肿形成及血行播散等，多见于长期应用广谱抗生素激素、免疫抑制剂和器官移植的病人，如肿瘤或白血病的晚期患者，预后严重。
3、寄生型：即曲菌球，为继发性病变，存在于陈旧性结核性空洞支气管扩张的囊腔液体排出后的囊肿及肺切除术后支气管残端的盲端内，近年报道增多，可能与广泛应用广谱抗生素、检查切除标本较细致有关。
菌球系菌丝形成的圆形团块病变局限发展缓慢，可存在数年。症状有咳嗽、咯血、胸痛、低热等但多与原发病不易区别。咯血量可能很大而少量的咯血可能长期持续存在甚至使病人一直卧床不敢活动。咯血原因不明，有人认为有真菌感染的囊腔内壁肉芽有丰富的血管，菌球又是活动的，摩擦易致出血真菌球的X线检查有特征，囊腔内能见到半月形透亮区，随体位而改变，一直保持在摄片时体位的最高处。
三、肺诺卡菌感染
诺卡菌病是星形诺卡菌引起的肺部慢性感染诺卡菌是革兰染色阳性，需氧性丝状细菌、菌丝可缠绕成团，形成类似放线菌的颗粒。
这类细菌广泛分布于自然界及家畜中呈寄生性偶也存在于健康人体。痰或经纤支镜刷片检查如发现此类细菌，须判明其是否为寄生性，如在胸腔心包腔内或切除标本中有此细菌存在，应诊断为诺卡菌感染。
诺卡菌原发于肺，病理改变是化脓性感染、脓肿肉芽肿等。恶性肿瘤、器官移植长期应用肾上腺皮质激素、免疫抑制剂、抗癌药物致身体的免疫功能失调抵抗力低下时，诺卡菌可成为条件致病菌，产生肺弥漫性炎症浸润，肺叶实变，组织坏死，出现许多小脓肿，并可侵犯胸膜产生脓胸。肺诺卡菌病的临床表现与肺结核放线菌病类似易侵犯胸壁，形成脓肿窦道及瘘管，脓液和渗出物中有硫磺颗粒。有咳嗽、咯血、发热、盗汗不适、消瘦等表现。X线检查胸部有肺炎性浸润，出现片状或结节状阴影可形成空洞须与肺炎、脓肿结核及肺癌等病鉴别。
临床所见肺真菌病尤其多数继发于广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂的长期应用，亦可因体内留置导管而诱发因此，合理应用抗生素、糖皮质激素，防止医院内感染等综合性预防措施尤为重要，应避免长期应用抗生素、激素或免疫抑制剂等
肺真菌病一般需要做肺部X线检查及血常规检查，其X线检查结果一般有以下几种：
1、肺炎型。病灶发展快，呈现大片致密阴影。
2、支气管肺炎型。治支气管分布的小片阴影或肺纹理明显增加，慢性病例有纤维化及肺气肿。
3、肺脓肿型。由肺炎型演变或合并感染成脓肿，内可有透亮区或液平面。
4、炎症肿块型。炎症肿块有纤维包膜包围，密度均匀，病程慢。
5、混合型。曲菌球由曲菌丝和纤维黏液混合构成，寄生在肺内囊性病变中，如结核，囊性支扩等，菌球与囊腔间有气体存在，呈现一弯形空隙，有时还能随体位而转动，立位，平卧及侧卧位片上均可见到上方存在的空气影，这类患者常有咯血，是惟一X线改变有明显特点的真菌病。
6、胸膜炎型。胸膜肥厚或有胸腔积液。
肺真菌病患者除多服一些维生素及有滋阴润燥作用的食物外，还可服用一些具有保湿、清肺热功用的中药，如人参、西洋参、山药、百合、白木耳、川贝等。
肺真菌病的治疗包括抗生素药物的应用、去除诱发因素、提高全身抵抗力等，需要手术的不多。
1、肺放线菌病
青霉素治疗肺放线菌病有效，早期确诊治疗适当的可以痊愈。因病变区有纤维瘢痕组织，血供差，需长期治疗（疗程1～3个月，甚至更长至病灶痊愈），大量药物（青霉素每天600万～2000万U）。此外可合用磺胺类药及碘化钾，链霉素、氯霉素也有效。放线菌感染已造成组织破坏，形成脓肿的需手术治疗，包括胸壁脓肿引流，脓胸引流，窦道及肋骨切除等，手术前后均需给大量青霉素治疗。
2、肺曲霉球病
肺曲霉球病须用两性霉菌B与氟胞嘧啶联合治疗。曲菌球是否手术要全面考虑原发病变的情况，如已有咯血，必须切除。术间要注意胸腔曲霉菌污染及经支气管播散问题。近年来常用支气管动脉栓塞术控制曲霉菌球的大咯血，疗效较好，但与其他病种大咯血的栓塞治疗比较，曲霉菌球的大咯血复发率较高。血止后如患者全身及肺部情况允许手术的，仍以肺切除为佳。
3、肺诺卡菌病
肺诺卡菌病治疗上磺胺嘧啶为首选药物，视病情轻重给4～9g/d，使药物血浓度达到0.1～0.15mg/L。给药量需足够，疗程6～12个月，1个月后如病情好转可适当减少药量。复方磺胺甲基异唑、四环素、多西环素（强力霉素）、红霉素及庆大霉素等也有效。磺胺类与氨苄西林（氨苄青霉素）有协同作用。局限性病变及有脓肿形成而药物治疗效果不佳的，可行肺切除及引流。