一、发病原因
1、卡氏肺囊虫为真核微生物，主要有两种形态，即包囊与滋养体，包囊前期为两者之间的中间形，其形态学特征欠清。包囊呈圆形或椭圆形，直径4～6nm，囊壁厚100～160nm，银染色时呈棕黑色、甲苯胺蓝染成紫蓝色。成熟后，囊内胞质被吸收，内含8个囊内小体，直径1～1.5nm，多形性，膜薄，单核。包囊破裂后，囊内小体释出，发育为滋养体，滋养体不着色，以二分裂法繁殖。在严重感染者肺内常有大量滋养体。而包囊较少。包囊是重要的确诊依据。
2、由于其滋养体具有类似原虫的伪足结构，在真菌培养基中不能生长，而且对抗原虫药物敏感，因而一般认为属原虫、孢子虫纲。然其超微结构与真菌类似，其16s核糖体RNA以及线粒体DNA的分子学分析显示其种系发生学上与酵母子囊菌紧密相关，线粒体DNA核苷酸序列与真菌者的同种性(60％)超过与原虫的同源性(仅20％)，故目前认为应归属于真菌。虽传统的抗真菌药物如两性霉素与吡咯类对其无效，但目前国外已有抗真菌新药证实在体外感染模型中能抑制其包囊壁β-葡聚糖的合成，同时对其滋养体亦有活性。因此，关于卡氏肺囊虫在生物分类学上的地位仍有争议，但多数权威文献、教科书已将之归为真菌。
二、发病机制
1、健康人感染后多呈隐性感染，在以下情况下可引起显性感染。①早产儿或营养不良的婴幼儿，多在出生后10～24周内发病；②先天性免疫缺陷，包括体液免疫、细胞免疫或两者兼有；③获得性免疫缺陷，多见于艾滋病、白血病、淋巴瘤和其他恶性肿瘤、结缔组织疾病或器官移植而大量长期应用肾上腺皮质激素、细胞毒药物或放射治疗，均可造成机体的免疫功能抑制，为诱发PCP的重要原因。
2、肺囊虫为致病力低、生长繁殖缓慢的寄生虫，在人体肺泡I型上皮细胞表面黏附寄生，以肺泡内渗液为营养，呈潜在性感染。当宿主免疫功能降低时，处于潜伏状态的原虫开始大量繁殖，对上皮细胞造成直接损害，阻碍气体交换。肺体积增大、呈肝样变。典型组织学病变为肺泡间隙细胞浸润，在婴幼儿以浆细胞浸润为主，儿童或成人则以淋巴细胞浸润为主，亦可见巨噬细胞和嗜酸性粒细胞，如无继发细菌感染，则很少有中性粒细胞浸润。肺泡间隙上皮细胞增生、增厚、部分脱落，可有透明膜形成、间隙纤维化和水肿等。肺泡腔扩大，其内充满泡沫样蜂窝状嘈伊红物质，内含虫体及其崩解物和脱落的上皮细胞等。
3、病理生理变化有低氧血症、肺泡-动脉分压差(PaO2)增加、呼吸性碱中毒；弥散力减损，提示肺泡毛细血管阻滞(alveolar-capillaryblock)；肺顺应性改变，肺活量降低。以上变化可能与肺表面活性物质系统的异常有关。支气管-肺泡灌洗液(broncho-alveolarlavagefluid，BALF)分析显示表面活性物质磷脂组分降低而蛋白质增高。体外试验可见原虫抑制表面活性物质磷脂组分的分泌。
并发症有巨细胞病毒感染，结核病，真菌感染或弓形虫病等。
1、巨细胞包涵体病又称巨细胞病毒感染，是由人巨细胞病毒感染所导致的一种先天性或后天性全身感染性疾病。由于在被感染的很多器官组织内可以发现细胞核内和胞浆内的人巨细胞病毒包涵体而被称为巨细胞包涵体病。近年来，随着分子生物学技术的发展，巨细胞病毒活动性感染的诊断不再依赖于病理发现组织细胞的病毒包涵体，因此，巨细胞包涵体病多被称为巨细胞病毒感染。
2、弓形虫病(toxoplasraosis)，又称弓形体病，它是由一种球虫，即弓形体所引起的一种寄生原虫病。本病在世界各地普遍存在，具有广泛的自然疫源性，很多哺乳动物和鸟类包括各种家畜和家禽多受其感染，人群中的感染也很普遍。弓形虫感染(病)是由弓形虫引起的人兽共患病。通过先天性和获得性两种途径感染。人感染后多呈隐性感染，既没有或很少临床表现，又不易用常规方法检获病原体，在免疫功能低下时，可引起中枢神经系统损害和全身性播散性感染。先天性感染常致胎儿畸形，且病死率高，是优生学关注的严重问题。
1、流行型
又称婴幼儿型，多见于低体重儿，营养不良或先天性免疫缺陷的婴幼儿，隐匿起病，呼吸增快是最早出现的呼吸道症状，稍后有干咳，呼吸困难，鼻翼扇动，发绀等征，未及时救治者病死率达50％。
2、散发型
又称儿童-成人型，多见于免疫功能低下或缺陷者，起病急骤，发热，咳嗽，呼吸困难，发绀等迅速出现，但少有啰音，病程短者可在4～8天内死亡，X线胸部变化常迟于临床表现，如无特效治疗，无论成人或儿童，病死率高达90％～100％，两种类型肺部的X线表现均呈弥漫性，双侧条索或斑点状阴影，肺炎和肺底较少受累，可迅速发展致肺实变，实变病灶中常有广泛或局限的肺气肿后小段肺不张，某些病例可见气胸，胸水，肺部结节阴影等，动脉血氧分压常低于10.7kPa(80mmHg)，C02分压正常或低下，动脉血pH常增高。
患者应予呼吸道隔离改善病人的营养状态，减少非必要的免疫抑制化疗、放疗对易感人群、高危人群，可采取药物预防如复方磺胺甲唑，TMP按每天5mg/kg，SMZ按每天25mg/kg，分两次口服，每周3次，疗程5～18个月也可用喷他脒气雾剂、胺苯砜等预防目前尚无疫苗可用
1、血象
白细胞计数正常或升高，多为(15～20)×109/L，分类正常或核左移，嗜酸性粒细胞可轻度增加。
2、病原检查
痰液检查最方便，安全，可经离心沉淀，涂片后染色镜检，支气管肺泡灌洗液或肺活检标本，查见卡氏肺囊虫滋养体和包囊可以确诊，近年各种染色法(如甲苯胺蓝染色法)及PCR技术等的应用，大大提高了检出率。
卡氏肺囊虫病除了常规的治疗外，饮食方面还要注意以下方面：患者饮食宜饮食清淡为主，合理搭配膳食。少吃辛辣刺激性食物。
一、治疗
1、一般治疗对有低氧血症和呼吸功能不全者，氧气治疗和辅助通气治疗是重要措施。以持续低流量吸氧为好。在病原治疗开始后的72h内，应用肾上腺皮质激素，可改善肺功能，降低病死率。
2、病原治疗如在呼吸衰竭前进行抗孢子虫治疗，可大大降低病死率。
（2）磺胺甲唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲唑)：是首选的抗肺囊虫药。甲氧苄啶(TMP)按每天20mg/kg，磺胺甲唑(SMZ)按每天100mg/kg，分2～4次服。首剂加倍。一般疗程2周，并发艾滋病者疗程3周。如治疗1周无效，可考虑换药(喷他脒)。
（2）喷他脒：主要用于磺胺甲唑/甲氧苄啶(SMZ/TMP)治疗无效或对磺胺药过敏者。每天4mg/kg，肌注，2周为一疗程。可有心、肾、肝损害，骨髓抑制，低血糖等毒副反应。
（3）其他：可选用阿扎伐醌(atovaquone)、氨苯砜(dapsone，DDS)、α-二氟甲基鸟氨酸(DFMO)、乙胺嘧啶加磺胺多辛、伯氨喹加克林霉素等药。
二、预后
未及时救治者病死率达50％，如无特效治疗，无论成人或儿童，病死率高达90％～100％。