肠炎最常见的病因为细菌和病毒感染，少数肠炎病因不明。细菌性肠炎的致病菌以痢疾杆菌最常见，其次为空肠弯曲菌和沙门氏菌。在病毒性胃肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因。寄生虫引起的肠炎以溶组织内阿米巴较为常见。真菌性肠炎以白色念珠菌引起的最多。此外，休息无规律和精神过度紧张也是引起此病的一个原因。
肠炎的并发症有：
1、肠息肉、结肠癌：直肠炎超过五年，肠道溃疡面在炎症的长期刺激下容易异常增生，引发肠息肉，较大的肠息肉也可发生癌变；
2、肠狭窄：多发生在病变广泛、病程持续较长的病例，其部位多发生在直肠，临床上一般无症状，严重时可引起肠阻塞，在本病出现肠狭窄时，要警惕肿瘤，鉴别良性恶性。
3、肛窦炎：直肠炎不及时治疗，可并发肛窦炎等肛肠病，并有继发肛周脓肿的危险。4、肛管炎：这是本病的一个并发症，经常与直肠炎并称为肛管直肠炎，肛管炎久拖不治亦有癌变危险。5、便血：便血是本病的主要临床表现之一，便血的多少也是衡量病情轻重的指标。长期慢性出血可引起缺铁性贫血。
急性肠炎患者患者起病急，主要症状包括恶心、呕吐、腹泻等。急性胃肠炎时，由于细菌、毒素或胃肠粘膜的炎症，刺激了消化道的感受器，冲动传入延髓的呕吐中枢，引起呕吐中枢兴奋，通过传出神经分别到达胃、膈肌、呼吸肌、腹肌及咽、腭、会厌等处，引起一系列协调运动，而组成了呕吐动作。同时由于肠粘膜的炎症刺激，使肠内容物增多，直接或反射地引起肠蠕动增强，吸收功能减低，而出现腹泻。
慢性肠炎病因可为细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，亦可为过敏、变态反应等原因所致。临床表现为长期慢性、或反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等症，重者可有粘液便或水样便。
肠炎因病原不同而异，一般应根据流行学史和临床表现初步加以判断。肠炎的确诊需依赖实验室检查，常用检查包括：
1、实验室检查
包括细菌培养、血小板计数、白细胞计数、大便培养、血培养、细菌分型、厌氧菌培养、红细胞计数等。
2、内窥镜检查
临床上多数病变在直肠和乙状结肠，采用乙状结肠镜检查。乙状结肠镜检查很有价值，对于慢性或疑为全结肠患者，宜行纤维结肠镜检查。一般不作清洁灌肠，急性期重型者应列为禁忌，以防穿孔。内窥镜检查有确诊价值，通过直视下反复观察结肠的肉眼变化及组织学改变，既能了解炎症的性质和动态变化，又可早期发现癌前病变，能在镜下准确地采集病变组织和分泌物以利排除特异性肠道感染性疾病。
3、数字化肠胃影像仪
数字化胃肠影像检查对于各种常见的胃 肠疾病例如慢性胃炎、胃溃疡、胃窦炎、胃肠息肉、胃癌等等，确诊率高达99.5％，为临床治疗提供了客观的诊断依据，有效防止误诊、漏诊等情况。
4、放射学钡剂检查
临床静止期可作钡灌肠检查，以判断近端结肠病变，需排除克隆病者宜再作全消化道钡餐检查，气钡双重对比法更易发现粘膜浅表病变。常规钡灌肠X线检查可见：①轻度溃疡性结肠炎病人，X线检查阴性，中度和重度患者则有典型表现。②结肠壁边缘呈小锯齿状突出的钡影及铁轨样皱襞相。③充盈缺损，假息肉形成，少数病例因结肠壁纤维化及息肉增生，可致肠腔变窄。④结肠袋消失或变浅，结肠缩短僵直，甚至如水管样。⑤雪花征：由于微小溃疡及糜烂而附着钡剂，钡斑点，气钡双重造影显示如雪花。⑥排钡异常。⑦直肠后间隙增大达2cm以上，表示直肠与直肠后组织有严重炎症。⑧应注意结肠癌的有无。
对急性肠炎患者，除注意休息和针对病因积极治疗外，在饮食方面应采取易消化、少刺激、温热适度、营养丰富、少食多餐和适时补充水分的原则。
肠炎初期是肠道急性充血、水肿、发炎和渗出的阶段，此时肠蠕动活跃或处于痉挛状态，其消化吸收功能都比较弱。患者在发病早期可吃流质食物，如大米粥、藕粉、鸡蛋面糊、细挂面、烩薄面片等。如腹泻严重或出汗较多，还应适当给病人多喝一些汤水，如米汁、菜汤、果汁、淡盐开水等，以补充体内水、维生素和电解质的不足。
肠炎好转期，可给患者吃些容易消化及营养丰富的流质或半流质食物，如大米粥、细面条、蒸蛋羹、咸饼干等。宜采用少食多餐的方法，每日进食4～ 5次。需要注意的是，此时不宜喝牛奶和吃大量的糖，因这些食物进入肠道后容易发酵产生大量气体，引起腹胀腹痛，增加患者痛苦。另外，牛奶中含有较多的脂肪，脂肪有润滑肠道、增强肠蠕动的作用，可加重肠道负担，对病情不利。
肠炎恢复期，由于胃肠道尤其是肠道病理生理的改变，此时肠道对食物非常敏感，因此，要特别注意节制饮食，饮食上宜吃些清淡、软烂、温热的食物，避免过早地进食肥肉、油炸、生冷坚硬的食品以及多纤维食物，如芹菜、韭菜、蒜苔等。恢复期后2～ 3天左右，即可按正常饮食进餐。
肠炎患者的饮食禁忌：
1.慢性肠炎病人应注意饮食卫生，不吃生冷、坚硬及变质食物，不喝酒，不吃辛辣刺激性强的调味品。
2.脂肪太多的食物，除不易消化外，其滑肠作用常会使腹泻症状加重，因此患者不应吃油炸、油煎、生冷及多纤维食物。
3.对大部分慢性肠炎患者来说，水果也是不能吃的。以为大多水果性属寒凉，会损及脾阳，又易滋生湿邪，困阻脾胃的运化功能，影响疗效。
4.排气、肠鸣过强时，应少吃蔗糖及易产气发酵的食物，如土豆、红薯、白萝卜、南瓜、牛奶、黄豆等。
5.牛奶刺激胃肠道，大多数慢性肠炎患者不宜饮用。
西医治疗肠炎的常规方法包括：
（1） 抗感染药：肠毒素性细菌性肠炎一般也不应用抗菌药。侵袭性细菌性肠炎，最好根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。细菌性痢疾一般可选用复方磺胺甲基异唑（复方新诺明）、吡哌酸、庆大霉素、丁胺卡那霉素等。空肠弯曲菌肠炎可用红霉素、庆大霉素、氯霉素等治疗。耶尔森氏小肠结肠炎杆菌肠炎一般应用庆大霉素、卡那霉素、复方磺胺甲基异唑、四环素、氯霉素等。沙门氏菌肠炎轻型病人可不用抗菌药，重型病人可用氯霉素或复方磺胺甲基异唑。侵袭性大肠杆菌性肠炎用新霉素、粘菌素和庆大霉素等治疗，可获良好效果。阿米巴痢疾、雅尔氏鞭毛虫和滴虫引起的肠炎，可用甲硝哒唑（灭滴灵）治疗。血吸虫病可用吡喹酮治疗。白色念珠菌肠炎以制霉菌素口服，疗效较好。
（2） 激素治疗：肾上腺皮质激素、氢可的松和强的松可改进全身状况，使病程缓解，排粪次数减少，复发症状减轻和食欲增加。对于急性暴发性或早期发作严重的病人激素治疗可使症状明显减轻，病情好转；对于长期反复发作的效果并不满意。
（3） 免疫抑制药：硫唑嘌呤可改变病的进程，抑制临床表现，但不能改变基础病，常用于静止期减少复发。
（4） 止泻药：可减少排粪次数，减轻腹痛，常用复方苯乙哌啶、可待因和复方樟脑酊。止泻药物对急性发作的溃疡性结肠炎可能引起中毒性巨结肠，应慎重使用。也可给镇静药物和解痉药物。
（5）保留灌肠：常用于直肠和乙状结肠炎，可减轻症状，促使溃疡愈合。
（6）补充液体及纠正电解质和酸中毒：轻度脱水而且呕吐不重者，可口服补液。脱水或呕吐较重者，可静脉输入生理盐水、等渗碳酸氢钠和氯化钾溶液以及葡萄糖。
（7）减少肠道蠕动和分泌性药物。可小量应用阿托品、颠茄、普鲁本辛以减轻肠道蠕动，可止痛及止泻。也可应用氯丙嗪，有镇静作用，并可抑制肠毒素引起的肠粘膜过度分泌，使大便次数及便量减少。