1 饮食因素：食物纤维能维持肠道菌群正常生态平衡，且细菌代谢纤维的终产物对小肠上皮有营养作用，纤维能维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学。
2 菌丛的变化因素：菌丛组成可因个体不同而存在差异，但对同一个人来说，在相当长的时期内菌丛组成十分稳定。每个菌种的生态学地位由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定。
3 药物的代谢因素：肠道菌丛在许多药物的代谢中起重要作用，包括乳果糖、水杨酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可导致结肠菌丛的改变，其取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度。
4 年龄因素：随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双尾菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫机能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制。老年如能维持年青时的肠道菌群平衡，也许能够提高免疫能力。
5 胃肠道免疫功能障碍因素：胃肠道正常免疫功能来自黏膜固有层的浆细胞，浆细胞能产生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此为胃肠道防止细菌侵入的主要物质。一旦胃肠道黏膜合成单体，或双体IgA，或合成分泌片功能发生障碍，致使胃肠道分泌液中缺乏分型IgA，则可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。无症状的IgA缺乏者，小肠内菌群亦可过度繁殖。新生儿期菌群失调发生率较高，亦可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。
肠道菌群失调可引发下列疾病：
1、急、慢性腹泻：典型的菌群失调腹泻病例，大多发生在抗生素应用之后，此时大部分正常菌群中的生理性专性厌氧菌减少或消失，而其中具有耐药性的"过路菌"，如假单胞菌属、克雷伯菌属、葡萄球菌、白色念珠菌、变形杆菌等过度繁殖。此外，正常肠菌由于在抗生素影响下发生结构上的改变，也可引起腹泻。对这些病例的检测结果表明，需氧或兼性厌氧菌，如肠杆菌、肠球菌等明显减少或消失，并且厌氧的双歧杆菌与乳酸杆菌也明显减少。在腹泻停止后，肠道菌群也恢复正常。临床与动物实验均已证明肠道茵群失调可引起急性腹泻。某些旅游者腹泻的原因之一，可能就是因为气候和环境的改变而发生的肠道菌群失调所致。国内外的研究证明，急性腹泻的一些非特异病原菌，如假单胞菌属、克雷伯菌属、变形杆菌属等亦可引起慢性腹泻。但事实上，引起慢性腹泻的病原菌就是常住菌的比例失调。只有少数"过路菌"是引起慢性腹泻的病因。康白等人的研究也证明了这一点。
2、热带脂肪泻：尽管本病的病因未明，但有足够证据表明，热带脂肪泻的慢性腹泻，体重下降以及碳水化合物、脂肪、叶酸、维生素B12吸收不良是来源于小肠肠道菌群失调。本病患者粪便中需氧菌和兼性厌氧菌明显多于厌氧菌，而健康人则前者是后者的l％o。进一步研究证明在热带脂肪泻患者的回肠内已分离出能产生肠毒素的肺炎杆菌、阴沟肠杆菌和大肠杆菌。这说明本病的临床表现是近端小肠定植了上述细菌所致，而在正常情况下，这些细菌主要定植在大肠。
3、细菌过度生长综合征：细菌过度生长综合征以胃肠道解剖异常和生理功能紊乱为特征，此种改变促使结肠型菌群在小肠上部定植而导致脂肪泻、维生素缺乏症、碳水化合物吸收不良等临床表现。小肠细菌的过度生长综合征患者的小肠细菌分析证明需氧菌和厌氧菌都存在。由此导致吸收不良和游离胆酸增多引起腹泻和营养不良、贫血和维生素缺乏症。
4、内毒素血症：肠道菌群失调肠内革兰阴性杆菌在肠道菌群中的比例增加，进一步导致内毒素水平增高。一般情况下结肠内的内毒素可被细菌灭活或部分经门静脉入肝再经库普弗细胞解毒。如果内毒素水平异常增高，肝脏解毒功能降低，则出现体循环的内毒素血症。
肠道菌群失调症会伴随着怎么样的症状呢？首先以严重腹泻或慢性腹泻为主要临床表现，在应用抗生素治疗过程中，如突然发生腹泻，或原有腹泻加重，即有可能发生本症。腹泻多为淡黄绿色水样便，有时如蛋花样。临床常见的症状类型：肠道菌群失调的症状
1 白色念珠菌性肠炎：是肠道菌群失调症最常见的一种。多见于瘦弱的婴儿，消化不良，营养不良，糖尿病，恶性肿瘤，长期应用抗生素或激素的患者。白色念珠菌感染一般多从上消化道开始，蔓延到小肠甚至肛周，鹅口疮常是白色念珠菌肠炎最早的信号，如小肠黏膜糜烂或溃疡可引起多次的无臭黏液脓性粪便，有时可呈水泻，伴有消化不良，如治疗不及时，可扩散至呼吸道、泌尿道甚至脑组织.
2 葡萄球菌性肠炎：多见于长期应用抗生素(四环素类、氨苄青霉素等)、肾上腺皮质激素和进行肠道手术的老年患者或慢性病患者。葡萄球菌感染可排黄绿色稀便，每日3～20余次，伴有腹胀，腹痛一般不著，吐泻严重者可伴有脱水，电解质紊乱、血尿素氮升高、血压下降.
3 产气荚膜杆菌性急性坏死性肠炎：产气荚膜杆菌所产生的β霉素可引起急性坏死性肿瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮质激素等情况下最易发生感染。
4 绿脓杆菌肠道感染：绿脓杆菌为条件致病菌，常为继发感染，在婴幼儿、老年、某些恶性肿瘤、消耗性疾病、以及使用抗生素、皮质激素等情况下最易发生感染。绿脓杆菌感染能产生蓝绿色荧光素使粪便带绿色，但并不经常引起腹泻，个别病例粪便中有粉一般腹痛轻，少数伴恶心、呕吐、多有水、电解质紊乱，重症可发生休克。有些旅游者可能因气候和环境的改变而发生肠道菌丛失调俗称水土不服。
5 变形杆菌肠道感染：变表杆菌在一定条件下可为条件致病菌，如普通杆菌、奇异杆菌、摩根氏变形杆菌均可引起食物中毒，无恒变形杆菌可引起婴幼儿夏季腹泻。
6 肺炎杆菌肠道感染：当机体抵抗力降低或其他原因，正常寄生在肠道的肺炎杆菌可引起感染，特别是小儿的严重腹泻。
肠道菌群失调的预防合理应用抗生素对年老体弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素时，严格掌握适应症，最好能作药物敏感试验，选择最敏感的抗生素对老、细及病后体弱者，在用抗生素的同时并配合使用乳酸菌素或双岐杆菌活菌制剂及维生素B族或维生素C等，以防肠道菌群失调在大手术前，应注意配合全身支持疗法，如提高营养、输血、肌注丙种球蛋白、服用维生素等把好食品采购关应选择新鲜食物，病死的家禽、家畜、不新鲜的水产品不要购买即使对于盐腌过的食品，也不能掉以轻心；烹调时，炊具要注意消毒，生熟食品用的炊具要分开下厨者也要注意个人卫生，要勤剪指甲勤换衣服
同时，餐具应该严格消毒；凉拌菜宜少吃，吃时应洗净，并用冷开水冲洗瓜果宜洗净去皮再吃；夏季不宜举行家宴，饭菜应现做现吃，如有剩余，第二天应煮透再吃但即使煮透，有些细菌的毒素仍不能被破坏，如葡萄球菌肠毒素在煮沸后30分钟仍保存其致病性；保持室内清洁苍蝇、蟑螂等可传播肠道传染玻因此，消灭苍蝇与蟑螂也是预防夏季肠道传染病的重要措施之一；充足的睡眠和丰富的营养有助于增强体力，也有助于预防夏季肠道传染玻此外，夏季也要积极锻炼多饮水，良好的体能状态可以增强人体免疫力
肠道菌群失调的化验检查如下
1.医技检查 菌群分析：为主要检查方法，有定性分析和定量分析2种。定性分析：与一般微生物学检查相同，如葡萄球菌炎粪便涂片革兰染色可发现成堆的阳性葡萄球及中性多形核细胞，粪便培养可有大量葡萄球菌生长。白色念珠菌性肠炎可采取其病理材料直接涂片，经氢氧化钾溶液处理并革兰染色，镜检可见成簇的卵圆形白色念珠菌。革兰氏染色阳性，细胞内着色不均匀、细菌培养可形成奶油色表面光滑细菌样落，带有酵母气味。但除三度比例失调(即菌群交替症)能检出外，其他比例失高则难以分析。因此，除定性检查外，尚需进一步做定量检查，以判断数值是否正常。肠道菌群失调诊断1.12 ；定量检查：首先需将粪质均质化，并按一定比例稀释，培养后还须计算各类细胞菌落计数以求出细菌总数值，手续麻烦，一般实验室很少采用。正常菌群分析所用的培养基，要求具有高度的选择性，如S培养基对肠道致病菌，伊红美蓝培养基对肠道需氧的革兰阴性杆菌，7.5％氯化钠琼脂对葡萄球菌，少鲍氏琼脂对真菌等。培养方法除需氧培养外，必要时尚需厌氧培养，需氧培养与一般细菌培养相同，厌氧培养则采用生物厌氧法或厌氧缸法。
2.结肠镜检查：肠黏膜呈弥漫性充血、水肿、血管分支模糊不清或消失。有散在的糜烂溃疡及出血，有时可见黄色假膜附着。
肠道菌群失调属于慢性疾病，非一日所成，也非一日可治愈，除了配合治疗，还要注意日常保健：饮食均衡；补充益生元；坚持体育锻炼；保持良好心情。慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素时，严格掌握适应症，最好能作药物敏感试验，选择最敏感的抗生素。对老、细及病后体弱者，在用抗生素的同时并配合使用立健及维生素B族或维生素C等。饮食宜清淡；饮食中适当增加瘦肉、鱼、蛋、蕈类等，只要不过多，不太油腻，增加荤食时慢慢增加，用不着担心消化不良等；食物应以易消化，质软少渣，无刺激性为宜。应该注意的：应少吃纤维素多的蔬菜如韭菜、芹菜、竹笋等，叶菜类也应适当控制，必要时可采用咀嚼后喝汁液吐渣的方法。忌吃产气食物。如大豆、豆制品、炒蚕豆、白薯等;忌生冷瓜果。忌食牛奶及海鲜。腹泻患者食用牛奶、炼乳、虾、海鱼等后易发生结肠过敏，导致腹泻加重。另外蜂蜜及其制品有润肠通便作用，所以也不能食用。
中药治疗：中医认为：“泄泻之本，无不由于脾胃”。急性泄泻病多偏实，责在脾胃;慢性泄泻病多为虚，每及脾肾。前者当清热化湿，后者应高补脾肾。中药中的清热解毒药对体液免疫有影响，如蒲公英、白花蛇舌草等能促进抗体生成，鱼腥草能提高备解素浓度，而备解素、C3、Mg++组成的备解系统对痢疾杆菌、沙门氏菌、绿脓杆菌等革兰氏阴性杆菌有一定杀灭作用，是机体产生抗体前的一种重要的非特异性的免疫防御功能。在应用中医辩证论治治疗肠道菌群失调时，均应考虑以上药物的作用，于清热化湿、补气健脾、和胃渗湿、温肾健脾等法中，适当配伍应用则效果比较理想。
(一)辨证施治：
1.感受寒湿
证候：发病较急， 腹痛 肠鸣 ，大便清稀甚至如水样，口不渴，或兼有 恶寒 发热， 头痛 鼻塞，肢体酸楚，舌苔白，脉濡。
治法：解表散寒，芳香化浊。
方药：霍香正气散《和剂局方》加减。霍香10克，紫苏10克，白芷10克，川朴6克，大腹皮10克，半夏6克，陈皮10克，茯苓10克，白术10克，甘草6克。若表邪重者可加荆芥、防风; 胸闷 纳呆，苔白腻，宜加苍术、泽泻。
2.湿热下迫
证候： 腹痛 即泻，泻下急迫，粪便黄褐而臭，肛门灼热，心烦 口干 ，小便短赤，或兼发热恶风，舌红苔黄腻，脉滑数。
治法：清热利湿。
方药：葛根芩连场《 伤寒 论》加减。葛根15克，黄连9克，黄芩9克，甘草6克。可加银花、木通、车前子助其清热利湿，使表里双解，湿热分消，泄泻得止。湿邪重者可加藿香、佩兰、厚朴;热邪偏重者，可选添连翘、栀子、马齿苋。
3.脾胃虚弱
证候：大便溏泻，反复发作，时轻时重，脘闷， 纳差 ，食后即欲大便，面色萎黄，精神倦怠，舌淡，苔薄白，脉缓弱。
治则：益气健脾。
方药：参苓白术散《和剂局方》加减。党参12克，白术12克，茯苓12克，山药12克，扁豆15克，莲肉10克，陈皮10克，砂仁6克，苡仁10 克，桔梗6克，甘草6克。若 脾虚 运化呆钝，食积气滞者可用香砂六君子汤加神曲、山楂、厚朴;若久泻气虚下陷者可用补中益气汤，以益气升提，止泻。
4. 脾胃虚寒
证候：腹痛隐隐，喜温喜按，泻下清稀，甚或完谷不化，手足欠温， 口干 不渴，舌谈，苔白，脉细缓。
治则：温中健脾。
方药：理中汤《 伤寒 论》加减。党参12克，白术12克，干姜10克，甘草6克。可酌加木香、砂仁、白豆蔻合用能温中健脾，顺气和胃。若中阳亏甚引起肠滑不禁，不能自敛，治宜温阳固涩，用理中汤加附子，并选添河子、罂粟壳、赤石脂;若虚寒久泻而间杂热邪，或食湿滞积化热者，则出现寒热错杂证候，用连理汤化裁。
5. 脾肾阳虚
证候：黎明之前，脐腹隐痛， 肠鸣 即泻，泻后稍安，腹部 畏寒 ，形寒肢冷，腰膝酸软，舌苔白，脉沉细 无力 。
治法：温补牌肾。
方药：四神丸《证治准绳》合附子理中丸《阎氏小儿方药》加减。附子10克，补骨脂12克，吴萸12克，肉蔻12克，五味子15克，党参10克，白术12克，干姜10克，甘草6克。若腹胀加广木香;年老体衰久泻不止者可用四神九合养脏汤加减。
(二)其它疗法
1.单验方：大蒜100克，捣烂后加入生理盐水100毫升，保留灌肠，一日3～4次。二花10克，栀子10克，地榆15克，公英10克，防风10克，黄连10克，白芍10克，甘草10克，水煎适量，80～100毫升待温后保留灌肠，一日2～3次。
2.针灸：运用针灸治疗泄泻，在穴位配取、运针手法以及留针时间上都须严谨。 脾胃虚寒 者：取天枢、大肠俞、中脘、气海(均用灸法)。湿热下迫者：取下脘、合谷、内庭(均用泻法)。 脾虚 湿盛者：取脾俞、水分(均灸)，阴陵泉、公孙(均泻)。 脾肾阳虚 者：取命门、关元、百会(均灸)，肾俞、脾前(均用补法)。 肠道菌群失调症西医治疗方法
药物治疗：
1、饮食调整：发酵性 腹泻 应限制碳水化合物;腐败性 腹泻 应限制蛋白质的摄入。增强肠粘膜的局部防御屏障功能，防止细菌易位，应增加纤维食物。
2、抗菌药物：立即停止原抗生素，应根据菌群分析以及抗菌药物敏感试验，选用合适的抗生素以及抑制过度繁殖的细菌，从而间接扶植肠道繁殖不足的细菌。此外还可采用广谱抗菌药物将肠道细菌大部分消灭，然后再灌入正常肠道菌群的菌液以使其恢复。
3、活菌制剂：目前常用的活菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、分叉乳杆菌、粪链球菌、大肠杆菌、粪杆菌和枯草杆菌等。其中以分叉乳杆菌制剂疗效最好。枯草杆菌制剂疗效也较好，其疗效机制可能是由于该菌是需氧的，能吸收氧氧，降低肠腔氧化还原电位，支持厌氧菌(类杆菌、乳杆菌)生长，从而间接扶植了正常菌菌群。还可以用正常人大便悬液做成复方活菌制剂用来治疗葡萄球菌引起的伪膜性肠炎，收到较好的效果。用乳酸链球菌制成的乳酶生，临床广泛应用效果亦好。适用肠道正常菌群中繁殖不足的耐药株做成制剂，以利定值，亦是调整肠道菌群失调的有效方法。目前最新的生物制品丽珠肠乐 (回春生胶囊)为双岐杆菌活菌制剂(bifidobiogne)，据药一研究表明该制剂具有屏障作用、控制内霉素血症作用、营养作用、抗 肿瘤 作用、免疫增强作用、抗衰老作用等。
4、菌群促进剂：口服菌群促进剂，亦可达到扶植正常菌群的目的。如用乳醣扶植在肠杆菌，用叶酸扶植肠球菌，儿童常用分叉杆菌因子促进分叉乳杆菌生长。应用半乳糖甙一果酸，受细菌分解后形成乳酸或醋酸，使pH值降低，抑制其他细菌，而支持乳杆菌生长。
5、耐药性肠球菌制剂：日本目黑氏等采用增厚传代培养法获得了耐链霉素、红霉素、四环节、氨苄青霉素的肠球菌一类链球菌BIO―4R株。经动物和人体内试验表明，本菌具有耐多种抗菌素性，故能阻止其他菌群异常繁殖，克服菌群失调，改善大便性异常，且比以往单用抗菌素治疗疗效迅捷，并能防止粪链球菌 BIO―4R株的耐药因子向大肠杆菌K―12株转移。