菌痢病程超过二个月以上者称为慢性菌痢。多由急性菌痢转变而来，以福氏菌感染者居多。有的病程可长达数月或数年，在此期间肠道病变此起彼伏，原有溃疡尚未愈合，新的溃疡又形成。因此新旧病灶同时存在。由于组织的损伤修复反复进行，慢性溃疡边缘不规则，粘膜常过度增生而形成息肉。肠壁各层有慢性炎症细胞浸润和纤维组织增生，乃至疤痕形成，从而使肠壁不规则增厚、变硬、严重的病例可致肠腔狭窄。
慢性菌痢发生并发症较多，主要是机体营养不良和免疫功能低下所致。最常见的有营养不良及营养不良性水肿，多种维生素与微量元素缺乏，表现为干燥性眼病、营养不良性贫血、佝偻病，严重者可出现脚气病及坏血病。后者在我国已很少见到。肠部溃疡深者可致大量肠出血，腹泻频繁者可致脱肛，用抗生素过久可致肠道菌群紊乱或合并真菌感染。个别严重营养不良患儿肠道溃疡长久不能修复，可发生肠穿孔。
慢性菌痢，有持续轻重不等的腹痛、腹泻、里急后重，排粘液脓血便的痢疾症状，病程超过两个月。菌痢病情迁延不愈超过2个月以上者称作慢性菌痢，多与急性期治疗不及时或不彻底，细菌耐药或机体抵抗力下降有关，也常因饮食不当、受凉、过劳或精神因素等诱发。依据临床表现慢性菌痢的症状分为以下三型：
（1）急性发作型此型约占5％，其主要临床表现同急性典型菌痢，但程度轻，恢复不完全，一般是半年内有痢疾病史或复发史，而除外同群痢菌再感染，或异群痢菌或其它致腹泻细菌的感染。
（2）迁延型发生率约10％，常有腹部不适或隐痛，腹胀、腹泻、粘脓血便等消化道症状时轻时重，迁延不愈，亦可腹泻与便泌交替出现，病程久之可有失眠、多梦、健忘等神经衰弱症状，以及乏力、消瘦、食欲下降、贫血等表现。左下腹压痛，可扪及乙状结肠，呈条索状。
（3）隐慝型此型发生率约2~3％，一年内有菌痢史，临床症状消失2个月以上，但粪培养可检出痢菌，乙状结肠镜检查可见肠粘膜病变。此型在流行病学上具有重要意义。
为了预防痢疾，应做到以下几点：搞好环境卫生，加强厕所及粪便管理，消灭苍蝇滋生地，发动群众消灭苍蝇加强饮食卫生及水源管理，尤其对个体及饮食摊贩做好卫生监督检查工作对集体单位及托幼机构的炊事员、保育员应定期检查大便，做细菌培养加强卫生教育，人人做到饭前便后洗手，不饮生水，不吃变质和腐烂食物，不吃被苍蝇沾过的食物不要暴饮暴食，以免胃肠道抵抗力降低
慢性细菌性痢疾多与急性期治疗不及时或不彻底，细菌耐药或机体抵抗力下降有关，也常因饮食不当、受凉、过劳或精神因素等诱发。需要做的检查有：
（一）血象急性病例白细胞总数及中性粒细胞有中等度升高，慢性病人可有轻度贫血。
（二）粪便检查典型痢疾粪便中无粪质，量少，呈鲜红粘冻状，无臭味，镜检可见大量脓细胞及红细胞，并有巨噬细胞，培养可检出致病菌，如采样不当，标本搁置过久，或患者已接受抗菌治疗，则培养结果常不理想，常用的鉴别培养基为SS琼脂和麦康凯琼脂。
（三）其他检查荧光抗体染色技术为快速检查方法之一，较细胞培养灵敏，国内采用免疫荧光菌球法，方法简便，灵敏性及特异性均高。采样后8小时即可作出诊断，且细菌可继续培养并作药敏试验，乙状结肠镜检查可见急性期肠粘膜弥漫性充血、水肿、大量渗出，有浅表溃疡，有时有假膜形成。慢性期的肠粘膜呈颗粒状，可见溃疡或息肉形成，自病变部位刮取分泌物作培养，可提高检出率。此外，X线钡剂检查在慢性期患者，可见肠道痉挛，动力改变，袋形消失，肠腔狭窄，肠粘膜增厚，或呈节段状。近年来有人以葡萄球菌协同凝集试验作为菌痢的快速诊断手段，具有良好的敏感性和特异性。
为了预防细菌性痢疾传播，除注意环境卫生和个人卫生，养成饭前便后洗手的习惯外，在饮食上还有下列禁忌，传染科疾病专家为您详细介绍：
1、忌肉类浓汁及动物内脏。因其含有大量的含氮浸出物，如嘌呤碱和氨基酸等。含氮浸出物具有刺激胃液分泌作用，汁越浓作用越强，加重了消化道负担。而且细菌性痢疾病人肠道有病变，有恶心呕吐等症，消化吸收更差。
2、忌粗纤维、胀气食物。如芥菜、芹菜、韭菜等纤维粗较多的食物，不易消化，导致局部充血水肿，炎症不易愈合。而牛奶和糖、豆制品也易引起肠道蠕动增加，导致胀气。
3、忌刺激类食物。如煎、炸及腌、熏的大块鱼肉，对肠壁有直接刺激，使肠壁损伤加剧；这些食物又难以消化，胀气发热，停留的时间长，会加重消化道负担。
4、忌污染食物。未经消毒的瓜果蔬菜，这些既带菌又易引起中毒，是致病因素，并使病人抵抗力下降。
5、忌性寒滑肠食物。如荸荠、甲鱼、生梨、花生等物，性寒伤脾胃，易滑肠致泻，故忌用。
慢性菌痢除抗菌治疗外，还应注意改善患者的营养状态。寻找诱因，对症处置。应避免过度劳累，勿使腹部受凉，勿食生冷饮食。体质虚弱者应及时使用免疫增强剂。当出现肠道菌群失衡时，切忌滥用抗菌药物，立即停止耐药抗菌药物使用。改用酶生或乳酸杆菌，以利肠道厌氧菌生长。加用B族维生素、维生素C、叶酸等，或者口服左旋咪唑，或肌注转移因子等免疫调节剂，以加强疗效。对于肠道粘膜病变经久未愈者，同时采用保留灌肠疗法，可用1～5000呋喃西林液150ml，或加氢化可地松100mg，或5～10％大蒜溶液150ml加强地松20mg及0.25％普鲁卡因10ml，保留灌肠，每晚一次，10～14日为一疗程。