嗜酸细胞性胃炎的病因不甚明确，一般认为是对外源性或内源性过敏原的变态反应所致。近半数患者个人或家族有哮喘、过敏性鼻炎、湿疹或荨麻疹病史；部分患者的症状可由某些食物如牛奶、蛋类、羊肉、海虾或某些药物诸如磺胺、痢特灵和消炎痛等诱发；某些病人摄食某些特异性食物后，血中IgE水平增高，并伴有相应的症状，因而认为本病与特殊食物过敏有关。
嗜酸细胞性胃肠炎以组织中嗜酸性粒细胞浸润为特征，认为本病受某些物质刺激引起全身或局部过敏反应，是继发于某种原因不明抗原和过敏反应的一种综合征。一般认为是通过嗜酸性粒细胞脱颗粒，释放各种酶类，造成组织损伤导致发病。根据本病用激素治疗有效，部分病人血液IgE增高，有过敏史或家族史，提出Ⅰ型变态反应假说。认为由于某种因素破坏了胃肠道黏膜的完整性，食物等抗原进入组织，使肥大细胞致敏并脱颗粒，释放组胺嗜酸细胞趋化因子等，引起嗜酸性粒细胞浸润及脱颗粒，造成组织损伤，所释放的嗜酸性粒细胞过氧化酶又进一步刺激肥大细胞释放组胺，形成恶性循环。除外Ⅰ型过敏反应外，免疫功能异常在嗜酸细胞性胃肠炎的发病中占重要位置，但尚未发现一致的免疫功能异常。有提出嗜酸细胞性胃肠炎是消化道的特异性炎症，这种嗜酸性炎症是某些不明抗原引起的过敏反应，可作为克罗恩病、溃疡性结肠炎、阿米巴痢疾、乳蛋白结肠炎反应的一部分。
青少年期嗜酸细胞性胃肠炎可导致生长发育迟缓，并可有闭经。以肌层受累为主时可见肠梗阻或幽门梗阻，偶尔嗜酸性粒细胞浸润食管肌层，引起贲门失弛缓症。
嗜酸细胞性胃肠炎可发生于任何年龄，以20～50岁发病最多，无性别差异，病变可侵犯自食管至结肠的全消化道黏膜。嗜酸细胞性胃肠炎的临床症状和体征依赖于胃肠壁受浸润的深度和食管胃小肠和结肠病变的有无，临床可分为3型。
1、黏膜型(Ⅰ型) 病变主要侵犯胃肠黏膜组织，常见症状有恶心、呕吐、腹痛、腹泻、体重下降和腰背痛，特殊过敏食物的摄入可使症状加重，体检可发现皮肤湿疹、荨麻疹、足踝部水肿等，部分患者还可因胃肠道出血表现为贫血，病变广泛时出现小肠吸收不良、蛋白丢失性肠病、贫血等全身性表现，青少年出现发育不良，生长迟缓，女性可有继发性闭经。
2、肌层型(Ⅱ型) 以肌层病变为主，由于本型胃和小肠壁增厚、僵硬，临床主要表现为完全性或不完全性幽门和小肠梗阻，恶心、呕吐，腹痛，抗酸药或抗胆碱药难以缓解。
3、浆膜型(Ⅲ型) 浆膜下层病变为主，相对少见，占整个嗜酸细胞性胃肠炎的10％左右，可出现腹水，腹水中含大量的嗜酸性细胞，本型可单独存在，亦可与其他两型并存。
嗜酸细胞性胃肠炎是一种自限性变态反应性疾病，无有效预防措施，早发现、早治疗是本病防治的关键虽可反复发作，但长期随访未见恶变，多数预后良好
嗜酸细胞性胃肠炎可通过实验室检查和影像学检查确诊，具体如下：
一、实验室检查
1、血液检查 80％的病人有外周血嗜酸性粒细胞增多，黏膜和黏膜下层病变和肌层病变为主的病人(1～2)×109/L，浆细胞病变为主时，可达8×109/L，还可有缺铁性贫血，血清白蛋白降低，血IgE增高，血沉增快。
2、粪便检查 嗜酸细胞性胃肠炎粪便检查的意义是排除外肠道寄生虫感染，有的可见到夏科-雷登(Charcot-Leyden)结晶，便常规检查潜血呈阳性，有些病人有轻中度脂肪泻，Cr标记白蛋白增加，α-抗胰蛋白酶清除率增加，D-木糖吸收试验异常。
二、影像学检查
1、X线检查 嗜酸细胞性胃肠炎缺乏特异性，X线钡餐可见黏膜水肿，皱襞增宽，呈结节样充盈缺损，胃肠壁增厚，腔狭窄及梗阻。
2、CT检查 可发现胃肠壁增厚，肠系膜淋巴结肿大或腹水。
3、内镜及活检 适用于黏膜和黏膜下层病变为主的嗜酸细胞性胃肠炎，镜下可见黏膜皱襞粗大、充血、水肿、溃疡或结节，活检从病理上证实有大量嗜酸粒细胞浸润，对确诊有价值，但活检组织对于肌层和浆膜层受累为主的病人价值不大，有时需经手术病理证实。
4、腹腔穿刺 腹水病人必须行诊断性腹腔穿刺，腹水为渗出性，内含大量嗜酸性粒细胞，必须做腹水涂片染色，以区别嗜酸性粒细胞和中性粒细胞。
5、腹腔镜检查 腹腔镜下缺乏特异性表现，轻者仅有腹膜充血，重者可类似于腹膜转移癌，腹腔镜检查的意义在于进行腹腔黏膜组织活检，得到病理诊断。
6、手术探察 对于怀疑嗜酸细胞性胃肠炎一般不行剖腹探查术来证实，但当有肠梗阻或幽门梗阻或怀疑肿瘤时才进行手术。
嗜酸细胞性胃肠炎可采用以下食疗方辅助治疗：将30克山楂切成片状后炒焦，与生姜3片、红糖15克一起放入水中煎煮，然后取汁。每天分2次口服此汁，可收到收敛止泻、健脾和胃、散寒止呕的功效。
嗜酸细胞性胃肠炎的中医治疗主要为辩证治疗：
1、脾胃虚弱：禀赋不足，素体脾虚，饮食稍有不慎即吐泻，大便溏薄，呕吐清水，且时作时休，面色不华，乏力倦怠，舌淡，脉弱。
治法：健脾理气，和胃止泻。
方药：人参3克、白术12克、山药10克、茯苓12克、白扁豆12克、陈皮10克、砂仁3克、薏苡仁12克、甘草6克。
2、食滞胃肠：恶心厌食，得食愈甚，吐后反快；腹痛，泻下秽臭，气迫不爽，泻后痛减，苔厚腻，脉滑实。
治法：消食化滞，和胃降逆。
方药：焦山楂10克、神曲10克、制半夏10克、茯苓12克、陈皮10克、莱菔于10克、大腹皮10克。
3、寒湿阻滞：呕吐清水，恶心，腹泻如水，腹痛肠鸣并伴有畏寒发热，颈项或全身关节酸痛，苔薄白或白腻，脉灞。
治法：散寒除湿，和中止泻。
方药：藿香10克、大腹皮10克、白芷10克、紫苏10克、茯苓12克、清半夏10克、白术10克、陈皮10克、厚朴10克、生姜5克、甘草6克。
4、肠胃湿热：病起急骤，恶心频发，呕吐吞酸，腹痛阵作，泻下急迫，便行不爽，粪色黄褐而臭，口渴欲饮，心烦，尿短赤少，舌苔黄腻，脉淆数或滑数。
治法：清热化湿，理气止泻。
方药：葛根10克、黄芩10克、黄连6克、木香10克、茯苓12克、车前子10克、白扁豆10克、薏苡仁15克、荷叶10克、生甘草6克。