藏毛窦和藏毛囊肿发病原因，真正病因不详，但学术界一般有如下两种学说。
一、先天性
由于髓管残留或骶尾缝发育畸形导致皮肤的包涵物，但与婴儿的中线位肛后浅凹部位很少找到藏毛疾病的前驱病变，而在成年人确多见。
二、后天性
认为窦和囊肿是由于损伤，手术，异物刺激和慢性感染引起的肉芽肿疾病，近来证实由外倍进入的毛发是主要病因，臀间裂有负吸引作用，可使脱落的毛发向皮下穿透，裂内毛发过多过长，毛顶部有滤过和浸软毛肤作用，毛发穿入皮肤，形成短道，以后加深成窦，毛根脱落到窦内也可使毛干穿透，在发病过程中可见运动改变。但只有一半病例可发现毛发，此病多见于多毛平，皮脂过度活动，臀间裂过深和臀部常受伤的病人，汽车司机骶尾部皮肤常受长期颠波，损伤，可使皮脂腺组织和碎屑存积于囊内，引起炎症，美国陆军发生这种病较多，称为吉普病，常见的病菌有厌氧菌，葡萄球菌，链球菌和大肠杆菌。
藏毛窦和藏毛囊肿是在骶尾部臀间裂的软组织内一种慢性窦道或囊肿，内藏毛发是其特征。也可表现为骶尾部急性脓肿,穿破后形成慢性窦道，或暂时愈合，终又穿破,如此可反复发作。囊肿内伴肉芽组织，纤维增生,常含一簇毛。
藏毛窦和藏毛囊肿的主要诊断标志是骶尾部急性脓肿或有分泌的慢性窦道，局部有急性炎症表现，检查时在中线位见到藏毛腔，藏毛窦由症状和体征容易诊断。
藏毛囊肿如无继发感染常无症状，只是骶尾部突起，有的感觉骶尾部疼痛和肿胀，通常主要和首发症状是在骶尾部发生急性脓肿，局部有红，肿，热，痛等急性炎症特点，多自动突破流出脓汁或经外科手术引流后炎症消退，少数引流口可以完全闭合，但多数表现为反复发作或经常流水而形成窦道或瘘管。
藏毛窦静止期在骶尾部中线皮肤处可见不规则小孔，直径约1mm～1cm，周围皮肤红肿变硬，常有瘢痕，有的可见毛发，探针探查可探入3～4mm，有的可探入10cm，挤压时可排出稀淡臭液体，急性发作期有急性炎症表现，有触痛和红肿，排出较多脓性分泌物，有时发生脓肿和蜂窝组织炎。
藏毛窦和藏毛囊肿，护理最关键的还是清洁若不及时清洁，新陈代谢所产生的角化物会堵住头发毛囊，造成其无法正常运作，从而周围皮肤就会发炎
主要是注意皮肤清洁，增强机体抵抗力，防止外伤，积极治疗瘙痒性皮肤病及全身慢性疾病治疗或控制毛囊炎，局部以杀菌、消炎、干燥为原则，轻度患者可外用消炎药、硫磺药水等，较严重患者可口服药物治疗
检查时在中线位见到藏毛腔，藏毛窦和藏毛囊肿由症状和体征容易诊断。
1、细菌培养，多数需氧菌为革兰阴性细菌。
2、组织病理，囊壁通常位于真皮网状层下部，囊壁由3～4层厚的角质形成细胞构成，其角质形成细胞迅速角化形成致密的均质性角蛋白，而无颗粒层。毛发囊肿的特点为角质形成细胞间明显缺乏细胞间桥和周围部栅状核。囊内容物由均质化嗜酸性物质构成。偶可见角质物中有胆固醇裂隙。约1/4毛发囊肿可见钙化。囊壁破裂时可致异物反应，以后囊壁部分或完全崩解。
藏毛窦和藏毛囊肿除了中西医治疗外，饮食方面还需要注意：
1、多食蔬菜、水果，增加维生素，保持大便畅通。治疗或控制毛囊炎，局部以杀菌、消炎、干燥为原则，轻度患者可外用消炎药、硫磺药水等，较严重患者可口服药物治疗。
2、辣食物有促进血液循环，助长体内湿热的作用，疖、痈患者体质多湿多热，辛辣食物入口后会使火上浇油，使炎症扩散，当忌辣椒、辣油、咖喱、川椒、韭菜、蒜苗、芥末等辛辣食物。
藏毛窦和藏毛囊肿患者症状轻者，首先选择非手术疗法。
骶尾部窝不需要治疗，因仅在骶尾关节，骶骨下部和尾骨尖部有一凹陷，无任何症状，临床上无重要性。
骶尾部藏毛窦和骶尾部肿如发生感染，应行抗炎治疗，保持局部清洁，如再现脓肿，应切开引流。但骶尾部皮肤和皮下组织较厚较硬，早期无明显表现，炎症常向周围组织蔓延引起蜂窝炎。深部组织坏死，应早期切开引流。
硬化疗法是向窦道内注入腐蚀药物，破坏窦内和囊内上皮，使囊腔和窦道闭合。有人应用酚溶液注射疗法，但应用者不多，因为应用的是纯酚溶液，疼痛剧烈，后改用80％浓度，并在全麻下进行，窦内注入胶状物，以保护周围皮肤。用80％酚溶液1～5ml缓慢注入到窦内，约需15min，缓慢注射可防止并发症发生，如皮肤烧伤、脂肪坏死或严重疼痛。此法可每4～6周重复1次。