生殖器疱疹约85％～90％由2型单纯疱疹病毒（HSV-2）引起，10％～15％由1型单纯疱疹病毒（HSV-1）引起。HSV是一种DNA病毒，核心为线状双链DNA，分子量为160×10Da，其外为一立体对称20面体的蛋白质衣壳，由162个壳粒所组成。衣壳外是脂质被膜。HSV基因组编码病毒特异的核心蛋白及结构蛋白，包括存在于病毒表面的糖蛋白，它们能诱导机体产生中和抗体。两型HSV相关糖蛋白中除HSV-1的gC和HSV-2的gG具有特异性抗原决定簇外，其它结构基本相似，所产生的抗体在型间有交叉反应性。HSV基因组还编码非结构蛋白，如胸苷激酶（TK）、DNK聚合酶等，它们对病毒的复制是很重要的。由于这些病毒酶不同于细胞酶，一些能选择性抑制病毒酶的抗病毒药物如阿昔洛韦，就是据此而研制出来的。
原发性生殖器疱疹都是通过与疱疹病毒感染者通过性交直接接触感染，HSV经过皮肤黏膜轻微的擦伤或裂口侵入上皮细胞，并在其中复制、繁殖，引起细胞的气球变性及坏死，炎性细胞的浸润等炎症反应，并刺激机体的免疫反应。侵入机体的病毒沿外周感觉神经向上进入脊髓背根的感觉或运动神经节，建立潜伏感染，潜伏感染是生殖器疱疹复发的根源。潜伏病毒的激活与病毒的胸苷激酶等和机体的免疫与非免疫因素有关。潜伏的病毒受激活后，沿周围神经轴索下行至皮肤和黏膜，引起复发。
生殖器疱疹在临床上容易合并播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。在艾滋病流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。因为劳累，机体抵抗力急剧降低，诱发生殖器疱疹播散性疱疹、疱疹性脑膜炎引起死亡。
生殖器疱疹与宫颈癌发生关系密切，据研究，宫颈癌患者中hsv-2的抗体阳性率明显高于正常人群。可促进慢性疾病癌变。如肺癌手术后发现疱疹复发，反推过去为疱疹促使之形成。如果有其他疾病缠身如慢性活动性溃疡、结肠炎直肠炎、慢性乙肝丙肝，可能在生殖器疱疹的影响下并发肿瘤，如直肠癌、肝癌。
生殖器疱疹也可能是导致女性习惯性流产以及男性不育的重要因素。此外，生殖器疱疹诱发病毒性前列腺炎，临床经常看到；还可以合并难治性疱疹性尿道炎、难治性女性阴道炎与盆腔炎。
生殖器疱疹HSV感染后潜伏期平均约4～5日，外阴患部先有灼热感，旋即发生成群丘疹，可为一簇或多簇，继之形成水疱，数日后演变为脓疱，破溃后形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛，最后结痂自愈，病程约2～3周。皮损多发于男性的包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处，偶见于尿道口；女性则多见于大小阴唇、阴蒂、阴阜、子宫颈等处，亦见于尿道口。原发性生殖器疱疹往往伴有全身不适、低热、头痛等全身症状，局部淋巴结肿大。本病常复发，复发性生殖器疱疹较原发者轻，损害小，往往无全身症状。男性同性恋可出现肛门直肠HSV-2感染，其发病率仅次于淋球菌所致的肛门直肠炎，临床表现为肛门直肠疼痛、便秘、分泌物增加和里急后重，肛周可有疱疹性溃疡，乙状结肠镜检常见直肠下段粘膜充血、出血和溃疡。
原发性生殖器疱疹
原发性生殖器疱疹潜伏期2~10日，平均为6日。发病部位男性为包皮、龟头、冠状沟、阴茎，偶可见于尿道、前列腺和精囊，同性恋者可发生于肛门、直肠；女性则为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈，也可发生于肛门、直肠及尿道。原发性感染的症状往往比较严重，水疱出现前接种部位常先有灼热、瘙痒或感觉异常，女性白带增多，随之局部出现淡红色斑或丘疹，在此基础上迅速出现芝麻至绿豆大群集性紧张水疱，疱液开始较清，逐渐可变成混浊甚至脓性。疱壁较薄，易破溃形成溃疡面较大，自觉疼痛，触动后更明显。
复发性生殖器疱疹
复发性生殖器疱疹常发生于原发性生殖器疱疹后1~3个月内。由HSV-2感染引起者复发率较高，发作的频率也较高。第1次感染后1年内约60％的患者复发，第1年的发作次数为4~6次，有些多达10次以上。复发性生殖器疱疹的症状比原发性生殖器疱疹轻。复发性生殖器疱疹可合并骶骨神经根病，表现为臀部或股部疼痛或感觉异常、尿潴留、阴茎不能勃起等。其它合并症还有直肠炎、前列腺炎、尿道炎综合征等。妇女发生宫颈癌的危险性比一般妇女大5-10倍。
生殖器疱疹是HSV病毒感染引起的性传播疾病第一次Ⅱ型疱疹病毒感染后一年内将近60％患者复发，第一年可复发4~6次以后次数减少
生殖器疱疹目前尚无特异性预防方法，动物实验表明，接种HSV死疫苗或减毒活疫苗均有免疫效果，因此病毒与某些癌症的关系密切，故不作常规预防使用
Ⅱ型疱疹病毒会潜伏在脊神经节处，病毒目前还没有特效药因此当身体抵抗力下降时病毒就会在神经节处大量复制繁殖，然后沿神经束到达原先皮损部位再次发病以下措施可以预防生殖器疱疹：
1、避免不洁性交及不正当的性关系，活动性生殖器疱疹患者禁止与任何人发生性关系；
2、治疗期间禁行房事，必要时配偶亦要进行检查；
3、对局部损害的护理，应注意保持清洁和干燥，防止继发感染；
4、治愈后或有复发者，要注意预防感冒、受凉、劳累等诱发因素，以减少复发
5、阴茎套可能减少疾病的传播，尤其是在无症状排毒期，但出现生殖器损害时，使用阴茎套也不能避免传播
目前诊断生殖器疱疹主要靠病史、症状和体征。在一些有条件的大医院可做病毒分离，用免疫荧光检查病毒包涵体，电镜检查病毒颗粒，酶联免疫吸附试验或放射免疫测定检测病毒抗原。生殖器疱疹的实验室检查如下：
1.细胞学检查：从疱底或溃疡面刮取少量组织作涂片，Wright-Giemsa染色或Papanicolaou染色，可检出HSV感染具特征性的多核巨细胞内的嗜酸性包涵体，但不能区别HSV感染或水痘-带状疱疹病毒感染，敏感性仅为病毒分离的60％。
2.抗体检测法：常用蛋白印迹法，也可用gD2作抗原检测HSV-2抗体，具有敏感性高且能区分HSV-l和HSV-2的优点。
3.抗原检测法：如PCR检测皮损HSV的DNA，敏感性和特异性高，能大大提高生殖器溃疡患者中HSV确诊的能力，但费用昂贵，且受操作技术和实验室条件及设备的影响，容易出现假阳性，故用于临床诊断其准确性受影响。
对于生殖器疱疹患者，必要的忌口是防止复发的必要条件。常吃辛辣发物、抽烟、饮酒都对生殖器疱疹的康复不利，特别是饮酒可促使本病复发，加重本病的症状，所以，患病后一定不要饮酒。
多吃富含维生素、蛋白质的食物有助于疾病的康复，如新鲜的蔬菜、水果及牛奶、鸡蛋等。
杜绝不良性生活，性伴侣也要同时治疗，避免交叉感染。
生殖器疱疹的治疗，目前还有很多问题没有解决，治疗还不能彻底清除病毒，阻止疾病的复发。目前治疗分一般性治疗、抗病毒治疗，具体如下。
一、一般治疗
1、保持局部清洁、干燥及疱壁完整。可每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。
2、并发细菌感染者，可外用抗生素药膏。
3、局部疼痛明显者，可用5％盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
4、精神安慰，说明复发的原因和如何治疗及处理。
5、女性复发性生殖器疱疹须作妇科检查以排除子宫颈癌。
二、抗病毒药治疗
1、无环鸟苷：被认为是目前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每公斤体重5mg，每8小时1次，共5～7天。一般患者可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。
2、三氮唑核苷：是一鸟嘌呤核苷的类似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能减轻疼痛和缩短病程。
3、免疫刺激剂：口服左旋咪唑有一定的疗效，但有报告效果不太肯定，体外发现干扰素对HSV有抑制作用，临床治疗作用尚在研究中。