血吸虫的尾蚴、童虫、成虫及虫卵对人体均可引起一定的损害，但以虫卵对人的危害最著，主要引起大肠和肝脏的病变。虫卵沉着在人的肠壁组织中，其周围出现细胞浸润，形成虫卵肉芽肿，这是发生慢性因血吸虫肝、肠病变的根本原因。肉芽肿形成和发展的病理过程与虫卵发育程度有密切的关系。当虫卵尚未形成毛蚴时，其周围的组织无反应，或仅有轻微的反应；卵内毛蚴形成发育时，组织遂开始出现炎症反应；卵内毛蚴成熟后，自毛蚴分泌的酶、蛋白质及糖等分泌物（虫卵可溶性抗原）引起组织坏死和急性炎症反应，卵集存处常有血管内膜炎并形成嗜酸性脓肿；感染严重时亦可形成嗜中性粒细胞脓中。日本血吸虫卵肉芽肿内常含有成族的虫卵，故引起的损害较其他血吸虫严重。
少数患者可有腹水形成，这是由于急性虫卵结节所产生的炎症渗液以及虫卵引起肝脏内广泛病变，使肝内血流不畅，淋巴增多而漏入腹腔所致。其他可有肝、脾肿大等。晚期血吸虫病，由于反复感染，病情逐渐加重，出现肝硬化。门静脉压增高引起腹水，脾脏显著肿大。
在接触疫水后数小时到2～3天内，尾蚴侵入处出现蚤咬样红色点状皮疹，为尾蚴皮炎，有瘙痒，数天后自退。尾蚴行经肺部时可引起咳嗽、咳血。血吸虫病的临床表现十分复杂而多样化，视虫卵沉着部位、感染轻重和机体反应而异。按其病程和主要临床表现可分为急性、慢性与晚期血吸虫病。
一、急性血吸虫病
急性血吸虫病为季节性传染病，多见于夏秋季节，以男性青壮年为多。大部发生在过去无免疫性而新近有大量尾蚴感染者，主要是常与疫水接触之故。患者感染史较明显，且多数有尾蚴皮炎史。患者全身主要症状有发热及过敏反应，皆由虫卵毒素和组织破坏后的代谢产物所引起。因虫卵在肠道大量沉积造成急性结肠炎，患者中出现腹痛、腹泻的占半数以上。腹泻每日2～3次，粪便稀薄，可带血和粘液。
二、慢性血吸虫病
由于感染程度不同，慢性血血吸虫病有无症状和症状之分。
1、无症状患者：轻度流行区以无症状患者占大多数，其健康情况和劳动力可不受影响，仅于集体普查或因其他疾病就医时偶然发现。城市中所见的血吸虫病多数也属此类，患者大多既无症状亦无阳性体征，少数患者可有轻度肝或脾脏肿大。
2、有症状患者：乙状结肠与直肠为血吸虫病病变的主要部位，故腹泻与痢疾样大便颇为常见。其轻重则因感染而异，通常以轻者为多。患者偶有腹泻，每日2～3次，间或便中带血。重者可有腹绞痛、里急后重感、痢疾样大便等。乙状结肠因虫卵沉着及纤维化而增厚，并有压痛。粪便中容易找到血吸虫卵。
另外，患者大多显示不同程度的贫血、消瘦、营养不良和劳动力减退。患者肝脾切见肿大，在早期肝大于脾。肝脏表面光滑，稍硬。感染较轻者可停于这一阶段而不再进展，重症而病程长者可发展为肝硬化。肝脏渐见缩小，但仍可扪及，特别是左叶。肝脏质硬，表面凹凸不平，有大小不等的结节。而后脾脏渐呈充血肿大。
三、晚期血吸虫病
由于反复感染，患者病情逐渐加重，出现肝硬化。门静脉压增高引起腹水和脾脏显著肿大。部分患者常发热、腹痛、腹泻和下痢、食欲不振、体重减轻等，并常贫血、营养不良性水肿。儿童若感染严重，能影响发育，可形成侏儒症。部分患者经常发热，但一般不超过38℃，可能与虫卵病的毒素对肝组织的破坏有关。此外，性机能往往减退，男性有性欲减退和阳瘘，女性则有闭经和不孕。患者面容苍老而消瘦，外观较实际年龄大，常有面部褐色素沉着。晚期时肝脏缩小，表面不平，质坚硬，脾脏渐呈充血性肿大。
血吸虫肠病具有传染性，所以应积极预防预防方法主要是以下几种：
1、消灭传染源
加强粪便管理，避免新鲜粪便污染水源建造无害化粪池，或粪尿混合加盖贮存，使尿素分解为氨，可以杀死虫卵粪便中加生石灰或碳酸氢胺也可杀死虫卵
2、消灭中间宿主钉螺
灭螺应根据钉螺的生态特点和地理条件，因地制宜，改变钉镙滋生环境，结合物理和化学药物灭螺物理灭螺方法有铲草、火烧、土埋等；化学灭螺药物有氯硝柳胺、五氯酚钠、烟酰苯胺等
3、个体防护
个人应尽量避免与疫水接触如必须在疫水中作业时则须采取防护措施皮肤可涂抹防护药物，如氯硝柳胺或邻苯二甲酸二丁酯油膏、乳剂，或穿防水胶鞋、塑料防护裤等
血吸虫肠病在诊断时，除了感染病史及临床症状外，还要依靠化学检查结果。主要的检查方法有以下几种。
1、粪便检查：从粪便中检出虫卵或孵出毛蚴可明确诊断。轻度感染者、晚期患者及治疗未愈合者，粪中卵数很少，检出率低，故粪检阴性不能排除血吸虫病。
2、肠粘膜活体组织检查：按常规将乙状结肠镜或直肠镜由肛门插入，先肉眼观察肠粘膜的改变。急性期以充血水肿为主，慢性期则粘膜苍白、肥厚，形成瘢痕。各期均可见典型的小结、小斑。然后夹取疑含虫卵结节的粘膜病变组织，压于两载玻片之间镜检。对未经治疗的患者，检出的虫卵不论死活，均有确诊价值；对有治疗史的患者的，则只有查见活卵或近期变性卵才有诊断意义。
3、免疫学检查：主要的免疫学检查有环卵沉淀反应试验、尾蚴膜反应、虫卵抗原间接血凝试验、血吸虫循环抗原(CAg)等。
血吸虫肠病患者的饮食以清淡、易消化为主，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意营养充足。此外，患者还需注意忌辛辣、油腻、生冷的食物。
治疗血吸虫病的药物有吡喹酮、呋喃丙胺、硝硫氰胺等药物，但目前吡喹酮为首选药物。
1、吡喹酮
吡喹酮为一种新的广谱抗蠕虫药，对人体3种主要血吸虫和丝虫均有杀虫效果。治疗剂量成人为每次10mg/kd，1日3次，间隔4小时，疗程2日。儿童总剂量为日70mg/kg，分3次服用，疗程1日。吡喹酮副作用轻而短暂，于服药后1小时左右出现，主要有头昏、头痛、乏力、轻度腹痛等，不需处理，于停药后数小时内消失。吡喹酮治疗日本血吸虫病有显著疗效。
2、呋喃丙胺
该药对血吸虫童虫和成虫均有一定杀灭作用。目前采用缓解肠溶片剂型，每天剂量60mg/kg（成人每天不超过3g），疗效10天，总剂量为600mg/kg。其该药的副作用为胃肠道反应，主要是食欲减退、恶心、呕吐、腹痛和腹泻，偶有便血。肌痉挛为呋喃丙胺的特殊副作用。
3、硝硫氰胺
硝硫氰胺系广谱驱虫药。目前主要采用微粉胶囊型，颗粒直径3～6μm，总剂量6～7mg/kg，等分3份，每晚服用1次，疗效3日。远期粪检阴转率可达80％左右。急性血吸虫病用总剂量10mg/kg，6日疗程。一般于开始服药后8～24日体温恢复正常，症状得到改善。本药的副作用以神经系统症状为多见，如头昏、头痛、眩晕、乏力、嗜睡或失眠、步态不稳、眼球震颤、多法和肌肉颤动等。对于肝功能代偿不良的晚期血吸虫病患者、急性肝炎恢复期未满1年和慢性肝炎、精神病史、孕妇、哺乳期妇女以及有心、肾等慢性疾病而体质虚弱者禁用。