重叠综合征的病因和发病机制尚不清楚，其可能的发病原因及作用机制如下所述。
一、发病原因
1、西医：病因尚不清楚，但是主要与免疫功能异常、环境因素和遗传背景相关。
2、中医：内因是阴阳气血失衡。
二、发病机制
1、西医：发病机制还清楚，可能是一种结缔组织病向另一种结缔组织病转化的过程。
2、中医：气血运行不畅、气滞血瘀、经络阻隔。热毒之邪（可为病毒、细菌、药物或风寒湿邪热化)侵及多脏。 阴阳气血失调为本，毒热、寒湿、风邪为标。
重叠综合征主要并发心血管疾病、中枢神经系统损害和肾衰，发病严重者可死亡。此外尚可与其他自身免疫病如慢性甲状胆状腺炎、自身免疫性溶血性贫血等重叠。
重叠综合征虽可在所有结缔组织病及其边缘病间重叠组合，实际上所见到的病例以系统性红斑狼疮、多发性肌炎/皮肌炎和系统性硬皮病间的重叠为主。
1、系统性红斑狼疮与系统性硬皮病重叠
病初常表现为系统性红斑狼疮，以后出现皮肤硬化、吞咽困难及肺纤维化等表现。一般面部红斑发生率较单纯系统性红斑狼疮低，雷诺现象发生率高。抗dsDNA效价较低，狼疮细胞阳性率低。抗核抗体（ANA）呈高效价、高阳性率，成分为抗可溶性抗原（ENA）抗体，荧光核型呈斑点型。
2、系统性红斑狼疮与多发性肌炎重叠
除系统性红斑狼疮表现外，还有近端肌无力、肌痛及压痛、萎缩及皮下硬结。血清ANA阳性率高，狼疮细胞检出率低。低补体血症、高γ球蛋白血症。血清肌浆酶如CPK、LDH及醛缩酶等增高，24小时尿肌酸排出量增加。
3、系统性红斑狼疮与类风湿关节炎（RA）重叠
除系统性红斑狼疮症状外，还有关节炎、关节畸形等RA的表现。血清类风湿因子（RF）及RA特异性抗体（抗环状瓜氨酸、抗角蛋白、抗核周因子等）可阳性。
4、系统性红斑狼疮与结节性多动脉炎（PAN）重叠
系统性红斑狼疮与PAN重叠时，除系统性红斑狼疮表现外，有沿血管分布之皮下结节及腹痛，肾损害较单一系统性红斑狼疮时更重，肺部及中枢神经系统受累多见。常见嗜酸性细胞增高，γ球蛋白高，但狼疮细胞阳性率低。
5、系统性硬皮病与多发性肌炎/皮肌炎重叠
病人有近端肌无力、肌痛、关节痛、食管运动减慢及肺纤维化等改变。硬皮病改变常局限于四肢，毛细血管扩张及肢端溃疡少见。血清Ku、PM-Scl-70和U1RNP抗体阳性为其特征。
6、其他
各种形式重叠均可变化，通常结缔组织病与其近缘病重叠最常见者为干燥综合征，其他为贝赫切特综合征、脂膜炎等。
重叠综合征关键是预防各结缔组织病的发生注意健康，做好安全防护，减少和避免不良因素的刺激及意外伤害，可以起到一定的预防作用另外，早发现、早诊断、早治疗也是本病预防和治疗的关键万一发病，应积极治疗，主动干预，防止并发症的出现
重叠综合征的检查包括血清学、尿液、活检及肌电图等，其具体表现依据不同的类型，检查结果有所不同，其具体检查如下所述。
一、系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（PSS）典型重叠综合征（OCTD）
1、系统性红斑狼疮与系统性硬皮病重叠
（1）γ球蛋白增高，免疫球蛋白增高。
（2）狼疮（LE）细胞阳性率低。
（3）抗核抗体（ANA）阳性呈高滴度。
（4）抗DNA抗体阳性率低且为低滴度。
（5）与单纯SLE不同，荧光抗体类型为斑点型。
2、混合性结缔组织病（MCTD）
（1）抗RNP抗体阳性呈高滴度（>1：1024）。
（2）抗狼疮细胞抗体（抗Sm抗体）阴性。
（3）ANA阳性，呈斑点型。
（4）免疫病理学示皮肤表皮棘细胞核荧光染色体阳性。
二、SLE和多发性肌炎（PM）[糖尿病（DM）]的OCTD
1、尿肌酸及血清酶活性[谷草转氨酶（GOT）、谷丙转氨酶（GPT）、乳酸脱氢酶（LDH）、 肌酸激酶（CK），醛固酮（ALD）]明显增高。
2、ANA阳性及LE细胞阳性离高。
3、肌电图异常。
三、SLE和类风湿关节炎（RA）的OCTD具有以下特征
1、LE细胞多数阳性。
2、ANA阳性，多为斑点型。
3、血清类风湿因子（RF）大部分阳性。
四、SLE和结节性多动脉炎（PN）的OCTD
1、除有OCTD的一般免疫学异常外，血白细胞减少不明显，常伴有嗜酸性粒细胞增加。
2、部分尚有乙肝表面抗原（HBsAg）阳性。
五、SLE和血栓性血小板减少性紫癜（TTP）的OCTD
1、除有SLE一般免疫学改变外，可有正细胞正色素性贫血，血小板明显减少。
2、抗人球蛋白试验阳性。
重叠综合征患者饮食宜清淡且富于营养，同时注意膳食平衡。多吃新鲜蔬菜和水果。新鲜的蔬菜和水果含有大量人体所需的营养成分。多吃提高机体免疫力的食物以提高机体抗病能力。骨折后可以吃些猪蹄汤、牛腱子等。尽量不吃刺激性的食物如酒、姜、辣椒等，以免病情反复发作。减少运动。
重叠综合征在中医上要进行标本兼治，其具体治疗方法如下所述。
一、以益气阴、调气血、活血化瘀通络治其本，清热解毒疏风祛湿，抗敏治其标。
1、雷公藤类制剂有活血、清热、消肿作用，对水肿性炎症性皮损、关节炎、关节痛有较好的改善作用。但该药用之不当或应用时间较长或患者已有肝肾损害，会招致患者发生药源性疾病而死亡，应引起警惕。近年来国内报道该药中毒的病例与日俱增，故应用时宜十分谨慎。
2、丹参有活血、养血、通络作用，对肢端循环障碍、皮肤软、调经等有较好改善功能。
3、活血化瘀复方中的赤芍、川芎等对皮肤硬化、关节损害有一定的治疗作用。如川芎的抑制纤维蛋白形成，丹皮的抗炎、止血，益母草的抗血栓形成，桃仁的抗变态反应，赤芍的调节神经。这些药物的作用均可能对混合性结缔组织病（MCTD）起不同的疗效。血瘀仅为MCTD表现之一，因此单一活血化瘀不能治愈MCTD，应结合病因、病机、病理生理进行中西医结合治疗，才有可能治愈。
二、合并干燥合征的中医治疗
病系阴虚体质，燥盛不已，蕴酿成毒，煎灼津液更益其燥，缓慢积累而成。病由咎之于"虚、痹、瘀"。肝肾两脏为其根蒂，治疗以滋阴润燥为基本治则，可用增液汤之类。滋阴润燥还可与其他治法配合应用。如润燥养血活血、用生血润肤饮等；润燥清营解毒用三紫汤（紫草、紫竹根、紫丹参)、犀角地黄汤加减；润燥养目用杞菊地黄类。但解毒清燥宜始终贯串，可试用土茯苓、生甘草、绿豆、磁石、紫草等。
其他生津养阴法也可合用或选用，尤其是健脾生津、酸甘化阴、醒胃生津、活血生津等法。药物如乌梅、生地、葛根、木瓜、生甘草、威灵仙、山楂、玄参等，清热生津之药如生石膏、黄芩之类。