始基囊肿发生于成釉器发育的早期阶段，牙釉质和牙本质形成之前，在炎症或损伤刺激后，成油器的星网状层发生变性，并有液体渗出，蓄积其中而形成囊肿。
囊肿的组织病理发生和原因尚未确定，大多认为发生自牙源上皮发育异常的早期阶段——牙板及其剩余，因此不少学者将其归类于始基囊肿，但角化囊肿可以含牙，其内容为白色或黄色的油脂样角化物质；生物学行为具有侵袭性，较易复发；组织学上衬里上皮增殖较为活跃。这些特点有别于始基囊肿，因此，二者宜分开讨论。
角化囊肿可转变为或同时伴有成釉细胞瘤存在，且其还有显著的复发性和癌变能力。
囊肿的一些患者，当囊肿的病源牙根端突入囊中，牙齿根尖骨质会被吸收倾斜或脱落。角化囊肿易继发感染，皮层吸收而致边缘不清楚，从而造成慢性感染骨质增厚致密，较大的囊肿可影响鼻腔、上颌窦腔、眶内及翼后窝等结构。
严重的患者骨质逐渐向周围膨胀，可形成面部畸形。对于囊肿患者进行手术后，术中稍不小心可引起其它术后并发症，且发病率较高，其中包括术后感染、复发及瘘的形成等。就颌骨囊肿疾病是一定要有足够的认识的。
囊肿多见于青少年。初期无自觉症状。若继续生长，骨质逐渐向周围膨胀，则形成面部畸形，根据不同部位可出现相应的局部症状。
囊肿生长缓慢，临床表现和其他囊肿有相似之处，但也有不同之处。由于颌骨的颊侧骨板一般较舌侧为薄，所以一般囊肿大多向颊侧膨胀；但角化囊肿可有1/3病例向舌侧膨胀，并穿破舌侧骨壁。角化囊肿常沿颌骨长轴扩展，颌骨膨胀不如其他颌骨囊汇总及成釉细胞瘤明显。一般囊肿囊液为黄色或草绿色液体，角化囊肿则为皮脂样角化物质。其他牙源性颌骨囊肿一般以单发性多见；角化囊肿多发性比例较高。多发性角化囊肿如同时伴发皮肤基底细胞痣（或基底细胞癌），分叉肋、眶距增宽、颅骨异常、小脑镰钙化、脊柱畸形等，则称为“痣样基底细胞癌综合征”或“多发性基底细胞痣综合征”；如仅为多发性角化囊肿并无基底细胞痣（癌）等症状时，则称为角化囊肿综合征。基底细胞痣（癌）或角化囊肿综合征常有阳性家族史，被认为系常染色体显性遗传病。角化囊肿较其他颌骨囊肿更易于继发感染。
1、早期预防
由于恒牙的形成、生长和发育是在胚胎期和儿童期完成的，因此，在儿童期要做好牙病预防，少食精制的甜食，每日刷牙2-3次一旦发现牙病要及时治疗
2、早期检查
在换牙期间，家长要仔细观察孩子口腔内有无畸形牙，到期该换的牙齿是否按期萌出，邻近未萌出牙的牙齿有无倾斜、移位等如发现疑点，要及时带孩子到医院就诊拍一张口腔全景x线片，了解所有牙齿的位置情况如发现恒牙在颌骨内有倒生、水平阻生、移位或恒牙被邻牙根阻挡不能正常萌出，应视情况及时拔除不能萌出的恒牙，并定期摄片观察对于有面部肿胀史、经常抗炎治疗不能消除肿胀者，一定要摄片检查，以确定颌骨内有无囊肿形成
对于本病的预防，早诊断早治疗是本病的防治关键另外还需要注意，本病的患者中，大多数与死髓牙有关，因此应尽早处理由外伤、龋齿或畸形牙引起的牙髓病变，对预防或减少根尖囊肿的发生有重要意义
可根据病史及临床表现。X线检查对诊断有很大帮助。囊肿在X线片上显示为一清晰圆形或卵形的透明阴影，边缘整齐，周围常呈现一明显白色骨质反映线，但角化囊肿中有时边缘不可不整齐。
一般囊肿在X线片上显示为一清晰圆形或卵圆形的透明阴影，边缘整齐，周围常呈现一明晰白色骨质反应线，但角化囊肿有时边缘不整齐。
始基囊肿饮食注意事项
1、初起及发热期间，忌酒类及辛辣动火食物如牛肉、羊肉、狗肉、黄鳝、辣椒、胡椒、姜、葱、韭、蒜之类，以免加重病情。
2、恢复期有阴虚症状者，忌食香燥食物.如油炸、炒烩、熏烤食品和芳香调料等，以免耗伤津液；不宜多吃糖，因血糖过高时，可促使金黄色葡萄球菌和其他化脓菌生长繁殖加快，从而易引起疮疖多发。
3、在伤口未完全愈合时，忌食发物，如猪头、公鸡肉等。此外，要注意皮肤与衣被的清洁。预防再次感染。
一旦确诊后，应及时进行手术治疗，以免引起邻近牙的继续移位和造成咬合紊乱。一般从口内进行手术，如伴有感染须先用抗生素或其他抗菌药物控制炎症后再作手术治疗。术前应作X线摄片，以明确囊肿的范围及邻近组织关系。
囊肿仍以手术摘除为主，对下颌角、升支处或较大的囊肿，应采用口外切口。以充分暴露术野，尽量在直视下彻底刮除囊肿，对疑有不彻底处，可去除部分骨质，并辅以苯酚（石炭酸）、硝酸银等腐蚀剂涂抹骨腔创面，或加液氮、电烧灼等局部处理以消除子囊，防止复发。对病变范围大，穿破颌骨并波及软组织，或囊肿已造成病理性骨折；以及多次行囊肿刮除术后复发者，应视其范围大小连同病变组织作颌骨节段切除或一侧下颌骨截除术，同时植骨修复缺损。
对上颌骨囊肿范围较广，累及上颌窦，而上颌窦本身有炎症者；或手术时与上颌窦穿通者，均应同时行上颌窦根治术，将囊壁与上颌窦黏膜同时刮除。严密缝合口内切口，骨腔内填塞碘仿纱条，并从下鼻道开窗引出，3～5天后逐步抽除碘纱条。
较大囊肿刮除后的骨腔可待其自行愈合，也可考虑用羟基磷灰石颗粒填塞，或采用自体碎骨（多取自髂骨），或联合应用碎骨+羟基磷灰石颗粒+胶原蛋白充填骨腔，以消除死腔及促进骨愈合。
对病变范围较大，已引起颌骨畸形但未穿破骨质的囊肿或青少年、儿童患者，可先采用口内开窗引流减压术待囊肿缩小、变浅后再行根治性刮除术。开窗时应同时切除部分囊壁送病理检查以证实。将开窗处黏膜内卷入囊腔，与囊壁组织相互缝合，建立囊腔与口腔的通道，并在此填入碘仿纱条，以保证日后引流通畅，碘仿可在术后3～5天逐渐抽出。但此法疗程较长，且应注意勿使引流口阻塞，需定期到医院复诊，对于外地病人不方便。