舌咽神经痛有原发性和继发性两种类型，其病因分别如下：
原发性舌咽神经痛病因多数不明，部分患者发病前有上感病史，一般认为由于舌咽神经与迷走神经的脱髓鞘变化，引起舌咽神经的传入冲动与迷走神经之间发生短路，导致舌咽神经出现痛性抽搐。
继发性舌咽神经痛一般由以下因素导致：
1、颅内舌咽神经受损，可有脑桥小脑角和颅后窝肿瘤、上皮样瘤、局部感染、血管性疾病、颈静脉孔骨质增生、舌咽神经变性。
2、颅外的舌咽神经受损，可有茎突过长、鼻咽部和扁桃体区域肿瘤、慢性扁桃体炎、扁桃体脓肿等。
严重的舌咽神经痛患者可并发不自主咳嗽、喉痉挛、唾液分泌过多等迷走神经亢进的表现；部分患者合并有三叉神经痛。偶见疼痛发作时伴心跳暂停、昏厥、抽搐等。此外，本病术后可能发生以下疾病：
1、术后颅内感染
该手术是无菌手术，严格无菌操作是防止术后感染的最有效措施。术前体内有明确感染性病灶的病人应推迟手术，先清除已有的感染。一旦经腰穿明确脑脊液有细菌性感染，应根据临床判断和细菌学检查选用有效抗菌素，并使用有效剂量治疗。
2、脑脊液漏
脑脊液漏均为关闭切口不当所致。原因是该手术入路硬脑膜不易缝合严密，和乳突气房开放的病例，骨蜡不易将气房彻底封闭牢固。切口脑脊液漏通常是皮下缝合不严，加缝1-2针就可以停止。如果有脑脊液经乳突气房-耳咽管漏出，导致严重低颅压和头痛，则需要重新拆开切口，修补硬脑膜破口，封闭乳突气房。
3、术后颅内血肿
术后硬脑膜下或小脑内血肿是严重并发症，虽然发生率在0.5％以下，但常可致命。术中处理岩静脉不当是发生血肿的主要原因。岩静脉是小脑和脑干外侧的重要引流静脉，大多数病人的岩静脉切断后可以通过其他引流静脉代偿，然而个别岩静脉特别粗大的病人，切断后可能导致小脑的淤血性梗死和小脑内血肿。岩静脉断端未能妥善处理，在拔除气管插管、咳嗽、憋气等动作使静脉窦压升高时破裂出血，是造成硬脑膜下血肿的常见原因。病人有凝血机制障碍也可以导致术后颅内血肿，术前检查一定要排除此类病人。
处理好下岩静脉是防止颅内血肿的最重要措施。如果下岩静脉足够长，游离后不妨碍舌咽迷走神经的显露，则不要轻易将其切断。手术后第一个24小时要严密监测病人的意识状态、血压、脉搏等体征，如果停止麻醉后应清醒而未清醒或麻醉清醒后再次出现意识障碍，生命体征不稳，均应立即行后颅凹CT扫描，及时发现颅内血肿。证实有后颅凹血肿的病人应立即再次手术清除血肿并彻底止血，不能存有侥幸心理。
4、脑干和颅神经损伤
颅神经损伤主要与手术经验不足、操作失误有关。脑干损伤多是供应脑干的血管损伤所致，因此在游离神经根周围的血管时动作要轻柔，不得牵拉损伤进入脑干的细小分支。
舌咽神经痛临床表现基本可概括为以下几点：
1、好发年龄：35-50岁。
2、发病部位：扁桃体区、咽部、舌根部、颈部、耳道深部、下颌后区处。
3、疼痛性质：阵发性剧痛，如刀割样、电击样，痛性抽搐。
4、疼痛时间：早晨、上午频发，睡眠时可有发作，此点可与三叉神经痛鉴别。
5、有异物感、梗塞感：发病时咽部、喉部有异物感和梗塞感，而导致频频咳嗽。
6、疼痛激发因素：触诊可使疼痛发生，也称“扳机点”。常见于扁桃体区、外耳道、舌根处。每当吞咽、咀嚼、打哈欠、咳嗽均可诱发疼痛。
7、有间歇期。
8、患者有脱水、消瘦。主要是由于惧怕疼痛，少进食所引起。
9、严重者可有心律不齐、心跳停止、昏厥、抽搐、癫痫发作、喉痉挛、腮腺分泌过多等现象。
预防舌咽神经痛，在日常生活中，注意要改变不良的生活习惯，例如：生活不规律、吸烟、喝酒、偏食、吃刺激性、过度油腻的食物等此外，颈静脉孔区、颅底、鼻咽部、扁桃体等的肿瘤和局部蛛网膜炎或动脉瘤的患者可以继发本病，应引起重视
舌咽神经痛可通过以下实验室检查和影像学检查来确诊：
一、实验室检查
1、血常规、血电解质一般无特异性改变，发病时血象可稍偏高。
2、血糖、免疫项目、脑脊液检查如异常则有鉴别诊断意义。
二、影像学检查
血管造影、CT及MRI等检查：部分病人可发现颅底畸形血管。
以下检查项目如异常，则有鉴别诊断意义。
1、脑电图、眼底检查。
2、颅底摄片。
3、胸透、心电图。
舌神经痛患者宜多吃黑豆、马铃薯、小黄瓜、芹菜等；避免摄取过多的动物性蛋白，少吃肉，也可采用以下食疗方：
1、炒茄子
[用料]茄子、调料适量。
[制作]茄子去蒂，一切为二；以刀在茄子表皮划上斜纹，浸入稀盐水中；沥干水分，放进油锅，以大火快炒；炒至快焦时，加入适量的砂糖及酱油，以中火煮上4～5分钟。然后再将火调小，继续煮，待菜汁只剩原来的1/3时，加入调料即可熄火；将煮好的茄子盛入碗中，撒一些白芝麻，即可食用。有一定的止痛作用。
2、豆芽沙拉
[用料]豆芽、洋葱、青椒、火腿、调料等适量。
[制作]热水加点盐，将豆芽放进去烫一下，立即取出备用；将火腿、青椒切成细丝，并用开水烫一下，取出撒些盐；洋葱切成薄片，浸水，然后取出，沥干水分。把以上各料放在盆中，加醋拌匀，即可食用。
舌咽神经痛治疗方式多样，具体包括如下：
1、药物治疗 凡治疗原发性三叉神经痛的药物均可应用于本病，可使疼痛发作次数减少或减轻，有的可消失。如卡马西平100mg，3次/d，以后每天增加100mg，直至疼痛停止。最大量不应超过1000mg/d，以后逐渐减少，找到最小有效量，维持服用。副作用有眩晕、思虑、恶心，部分有皮疹、白细胞减少等。苯妥英钠100mg，3次/d，最大量每天不超过600mg。七叶莲片3～4片，3次/d，或其他镇静镇痛剂，亦有疗效。
2、局部注射 疗法经药物治疗效果不理想或症状严重者，可进行药物神经注射治疗。药物可应用无水乙醇0.5～1ml、山莨菪碱(654-2)溶液10～40mg，维生素B121000～4000μg/次。注射方法有以下两种：
咽部入路：咽部喷以1％～2％丁卡因，取长针头，用标志定出2cm长针尖，经扁桃体上极外及钩状突下方进针，如注射右侧，则空针应位于左上双尖齿下方，先进针1cm，后再缓慢刺入1cm，刺中后病人即感剧烈耳痛，然后注入2％普鲁卡因1～2ml，10min后检查局部疼痛消失，而又无其他脑神经麻痹时，再注入药物。
乳突尖端入路：患侧朝上侧卧位，常规消毒，于同侧下颌角与乳突连线的中点，以2％普鲁卡因2～5ml垂直注射于皮下1.0～1.5cm深处后，用9号腰穿针垂直或稍向前方刺入，深度4～5cm，穿刺时病人可感同侧口角、舌、下唇、下颌或咽及颞部稍麻木感。用空针抽吸无血液后，注入少量2％普鲁卡因，5～10min后可出现同侧咽壁不同程度瘫痪及感觉障碍。吞咽困难或声嘶，或出现同侧Horner征，或出现同侧抬肩及胸锁乳突肌无力等。再缓慢注入药物。注射山莨菪碱(654-2)及维生素B12时每周治疗2～3次，10次为一疗程。
3、射频电凝术 有报告指出穿刺颈静脉孔用射频电凝舌咽神经，可治疗舌咽神经痛。具体方法是：患者仰卧于放射摄片台上，术中在血压及心电监护下施行，当出现血压下降和心率下降时，表明发生了必须予以避免的迷走神经受累。电极作用面积7mm，穿刺的进针点在口角外侧35mm，下方0.5mm。术者将定标放在患者口腔控制电极穿刺方向，当遇到骨组织时，摄侧位片和沿电极方向的斜位片。根据摄片中颈静脉孔的位置，在电视下纠正穿刺方向，使电极尖到达颈静脉孔神经部。先用0.1～0.3V低电压刺激，若出现半侧咽、扁桃体和外耳道感觉异常，且无副神经反应和血压与心电图改变，表明穿刺部位正确。于是缓缓持续增温，若无迷走神经反应出现，升温至65～70℃，电凝60s即可造成孤立的舌咽毁损灶。若在升温过程中出现迷走神经反应，应立即停止电凝，并给阿托品0.5～1ml，数分钟内可恢复，复发后可重复电凝。
4、手术治疗 舌咽神经痛严重，而保守治疗无效者应考虑手术治疗，具体包括舌咽神经根切断术和神经血管减压术。
舌咽神经根切断术：局麻或全麻下耳后切口，乙状窦下缘入路开颅。打开硬脑膜，放出脑脊液减压，抬起小脑，暴露出颈静脉孔，辨认汇集在该孔的舌咽、迷走及副神经。舌咽神经位于最前方，单根较粗，与迷走神经之间有明显的狭窄间隙。迷走神经由数根细小纤维束所组成。局麻时分离迷走神经时可引起呕吐，用神经钩将舌咽神经钩起，这时将引起剧烈疼痛，如疼痛部位与临床相符，可用钩刀或微型剪刀将神经切断。如疼痛部位涉及外耳深部，为迷走神经耳支影响所致，应同时切断迷走神经前方1～2根根丝。切断舌咽神经时少数可有血压上升，切断迷走神经时有时可心脏发生期外收缩、血压下降、心脏停搏等副作用，手术时应密切观察。神经切断后疼痛不再发作，同侧舌后1/3味觉丧失，软腭、扁桃体区及舌根部麻木，咽部干燥不适，轻软腭下垂及短暂性吞咽困难。自神经血管减压术应用临床后，不仅解除了疼痛，又保留了神经的完整，优点较多。但有的病人术中未发现压迫的血管，手术仍有一定的复发率，故神经切断术仍然是本病治疗的有效方法之一。
神经血管减压术：麻醉、切口、骨窗形成和硬脑膜切开均与面肌痉挛微血管减压术相同。显露颈静脉孔和舌咽、迷走、副神经，将小脑半球向内上方牵开，刺破蛛网膜，放出脑脊液，待脑压降低后，将小脑半球向后内和上方牵开，找出颈静脉孔和舌咽、迷走、副神经。舌咽和迷走两神经自脑干发出后，向前、向内走行至颈静脉孔、副神经根与小脑脑桥角处向前行走。舌咽神经仅一根，且较迷走神经粗大，单独自蛛网膜包裹，独自穿过一个硬脑膜孔，很容易与迷走神经的根区别。显露压迫神经的血管襻。多在舌咽、迷走神经出脑干处，可见椎动脉或小脑后下动脉压迫神经。在显微镜下细心游离压迫神经的动脉，并在神经与血管间填入适当大小的涤纶片或特氟隆棉。对与舌咽神经粘连的增厚蛛网膜和小脑亦应进行松解。然后使病人试咽口水或饮少许液体，如疼痛消失，手术即告成功。