肾囊肿主要有五个病因：
1.感染因素：身体任何部位的任何感染，都会通过血液进入肾脏，产生有利于囊肿基因发生变化的环境条件，使囊肿的内部因素活性增强，这样便可促进囊肿的生成、长大;另外感染还会影响囊肿，如囊肿发生感染，则除了使临床症状加剧外，还会促使囊肿进一步加快生长速度，并使肾功能损害加重等。常见的感染因素有上呼吸道感染、尿路感染、肠胃道感染、皮肤感染、外伤感染、器械感染等等，即不管是细菌感染还是病毒感染，均可对囊肿产生很大影响。
2.毒素：毒素作用于人体，可使各种细胞组织器官造成损伤，从而发生疾病，甚至危及生命，并且也是产生基因突变、先天发育异常等现象的主要原因之一。常见的毒素诸如农药、某些化学药剂、放射线、污染等等。尤其需要指出，一些药物也具有肾毒性，若使用不当则易造成肾损害，这些药物包括：卡那霉素、庆大霉素、磺胺类、利福平、消炎痛、等西药，以及马钱子等中药。
3.先天的发育不良：由先天发育不良可产生多种疾病，对于囊肿性肾病而言，主要可造成髓质海绵肾、发育不良性多囊肾病等，先天发育异常的基因一般没有异常，因此它与基因遗传或基因突变是有区别的。
4.基因突变：对于多囊肾病来说，大多是通过父母基因遗传的，分为常染色体显性遗传和常染色体隐性遗传，但也有的多囊肾患者既非父母遗传，也不属于先天发育不良性多囊肾病，而是胚胎形成时的基因突变。在胚胎形成过程中，由于各种因素的作用，使基因发生了突变形成了多囊肾病，此种情况虽然很少见，但还是可以发生的，因此，有些多囊肾患者可以没有父母遗传史。
5.高血压会导致囊肿变大：血压升高考虑为囊肿压迫肾实质，激活肾素血管紧张素醛固酮系统，使全身血管收性继而引起顽固性高血压，致使肾小球就处于高贯注、高压力、高滤过状态，使囊内外压力变差大，更利于液体淤积导致囊肿增大。常见的肾囊肿如单纯肾囊肿、肾盂旁囊肿以及多囊肾等。
肾囊肿引发的疾病
自发性感染在单纯性肾囊肿中罕见，而一旦发生就难以同肾痈鉴别。有时囊肿内可出血，突然发生时，可引起剧痛，出血可来自囊肿壁上伴发的癌肿。囊肿位于肾下极并紧贴输尿管时，可加重肾盂积水，而尿液对肾盂的压迫可引起背痛。这种梗阻还可以使肾脏发生感染。
肾囊肿有以下几个症状：
一、尿液中含有大量气泡，并经久不消，称为蛋白尿、一般量不多，一天不会超过2毫升。
二、出现肉眼可见的血尿，呈周期性发作，发作时腰痛加剧，创伤、剧烈运动、感染可使症状加重。
三、腹部出现肿块较为多见，约80％的患者可触及肿大的肾脏.通常情况下，肾脏越大，肾功能越差。
四、腰、腹部不适或疼痛.疼痛多为隐痛、钝痛，固定于一例或双侧，向下部及腰背部放射。
五、单纯性肾囊肿病变可一侧，也可两侧，每个肾脏可有一个或少数几个囊肿，直径通常在4厘米以下，囊壁薄而透明，内含草黄色透明液体。 单纯性肾囊肿多数不出现临床症状，常常因其他目的行泌尿系统影像学检查(如B超、CT等)时无意中发现。亦可以出现血尿、包块、局部疼痛、高血压等临床表现，但一般不会导致肾功能减退。
六、多囊肾主要表现为双侧肾脏出现多个大小不一的囊肿，囊肿的数目和大小均随年龄逐步增加，多数到30岁之后囊肿及肾脏长到比较大时才出现症状。常见的症状有肾脏肿大、局部隐痛不适、血尿、蛋白尿、高血压等，且最终可破坏肾脏结构和功能，导致终末期肾功能衰竭。此外，多囊肾患者易出现尿路感染、肾结石，甚至囊肿癌变等并发症，亦可并发多囊肝及动脉瘤、心脏瓣膜发育异常等，因此必须密切关注病情的变化。
肾囊肿是一种常见的肾脏疾病，其发病率非常高，严重危害着人们的正常生活和工作为了避免受到肾囊肿的危害，我们应加强肾囊肿的预防措施，同时还要合理饮食，防止疾病的发生那么，预防肾囊肿的方法都有些什么?
1、肾囊肿可以分为多种类型，一般情况下，肝肾囊肿大多是先天性的，也有单发的，也可多发的，有时肝、肾囊肿同时存在，一般说肝肾囊肿对人体健康没有多大影响
2、肾囊肿患者应该加强自我防护意识，在日常生活中可以正常的生活和工作，较大的肝、肾囊肿，则应注意避免局部外伤
3、肾囊肿的治疗方法有很多，疗效参差不齐对于不形成压迫的肝、肾囊肿可以不予治疗，亦无有效治疗措施
4、肾囊肿的发病具有一定的危害性，一般情况下，肝、肾囊肿一般发展缓慢，不会癌变，预后良好
5、针对那些过大的肝肾囊肿对脏器其本身或周围的器官可形成压迫症状或有炎症，可用针吸治疗或手术减压治疗，炎症时要用抗菌药物治疗
6、肾囊肿的诊断也是非常重要的，通过掌纹来诊断肝、肾囊肿十分可靠，一般不必做更多的检查
肾囊肿需要做哪些化验检查?
CT、磁共振、腹腔镜下的肾囊肿去顶减压术，B超引导下囊肿穿刺，并注入硬化剂(如无水酒精)，但该方式穿刺风险高，复发率较高，且注入的硬化剂若进入肾盂、输尿管，造成的损伤是极其严重和难以修复的，单纯性肾囊肿通常由B超即可诊断。
肾囊肿患者要避免剧烈的体育运动和腹部的创伤，肾脏肿大时还应避免腰带过紧，以防止囊肿破裂。
在饮食方面还应注意过咸类不吃腌制类、辛辣刺激类不吃(包括辣椒、酒类、虾、蟹等)、被污染的不吃(包括腐烂变质的，剩饭剩菜等)、烧烤类不吃，而肾功能不全或发生尿毒症者还应注意豆类及其制品不吃、限制动物类高蛋白食品、油腻类食品等。
肾囊肿的西医疗法
一：手术治疗
肾囊肿有非遗传性、遗传性这两类，其中单纯中的肾囊肿很常见，如果囊肿直径没有超过4cm，那么就不会有临床症状，通常不用进行处理，如果直径超过了4cm，那么可能就会引起继发感染、上尿路梗阻等并发症，需要进行治疗处理。腹腔镜就广泛应用在泌尿外科，基本全部的输尿管、肾、肾上腺疾病都能使用腹腔镜治疗。
经腹手术的解剖学标志很明确，但是会对周围的脏器造成损伤，而且术后的恢复时间也比较慢，在进行手术的时候要注意识别肾囊肿周围的脏器，如果损伤到了结肠脏器，那么就要进行中转开放，在需要的时候还要进行肠造瘘二期吻合。后腹腔路径不会污染到腹腔，对腹腔脏器的损伤比较小，不会出现腹腔粘连问题，而且术后恢复也很快，但是其解剖标志不明显，在寻到肾囊肿的时候会有些困难，而且视野较小，需要使用气囊或是水囊来建立间隙。
在手术过程中，手术者要了解清楚腹腔解剖和相关关系，充分识别腹腔腹膜、肾下极、腰大肌交接先，分离肾周围脂肪的时候知道看见肾包膜，这个就是解剖学标志，在去除囊壁的时候要使用等离子刀或是超声刀，其止血的效果更好。在本次研究中，所有患者都成功完成了手术，两组在术中缺血量、手术时间上没有过大差异，但是在术后排气时间及最高体温方面，两组是有明显差异的，其具有统计学意义，P
二：非手术治疗
1.穿刺放液加硬化剂治疗
本方法适用于囊肿直径大于4cm，有症状，经检查排除恶性变感染的患者。常用硬化剂、四环素、磷酸锁、95％的酒精、50％葡萄糖。局部皮肤有感染者，有严重出血倾向的患者不适合此法。出血、感染、血气胸、肾撕裂伤，动静脉瘘、损伤性尿囊肿及硬化剂外渗对肾周围组织的刺激和损害。
2.穿刺放液加抗生素治疗
适用于直径大于4cm时肾囊肿合并囊内感染者。 B超引导下穿刺放液后，根据可能感染的菌株再注入敏感的抗生素。出血、感染、血气胸、肾撕裂伤，动静脉瘘、损伤性尿囊肿及硬化剂外渗对肾周围组织的刺激和损害。