经过大量的临床试验证明，幻肢痛可能与感觉传入的各个环节发生变化有关，如外周感受器、感觉传入纤维、脊髓传导通路、丘脑，甚至皮质出现改变，同时幻肢痛与病人的心理状态也有一定的关系。但经过试验论证，截肢后的大脑皮质功能重组可能与幻肢痛的形成有着直接关系，外周伤害性刺激传入可能是引起大脑皮质功能重组的主要原因之一。
本病发病原因还与患者心理上的障碍与幻肢痛密切相关，患者从心理上难以接受事实，无法摆脱伤肢所带来的心理上的创伤。使之丧失了完整的自我，与常人有异。且肢体残废人往往处于众人瞩目之中，这样给患者带来精神上的压力和痛苦，使患者会经常回忆以前的美好情景。因此，截肢后短时期难以使患者改变原有的思维和动作习惯，从而造成心理的障碍。
患者心理上的障碍与幻肢痛密切相关，患者从心理上难以接受事实，无法摆脱伤肢所带来的心理上的创伤。使之丧失了完整的自我，与常人有异。且肢体残废人往往处于众人瞩目之中，这样给患者带来精神上的压力和痛苦，使患者会经常回忆以前的美好情景。因此，截肢后短时期难以使患者改变原有的思维和动作习惯，从而造成心理的障碍。
患者感到被切断的肢体仍在，且在该处发生疼痛。疼痛多在断肢的远端出现，疼痛性质有多种，如电击样、切割样、撕裂样或烧伤样等。表现为持续性疼痛，且呈发作性加重。各种药物治疗往往无效。
幻肢痛的预防措施如下：
1、做好耐心细致的解释及情志疏导，引导患者正视肢体已被截除的事实
2、心理诱导和心理治疗是预防幻肢痛的有效方法，诚退地与病人交往给予极大的帮助和照顾通过交往、暗示、说服，诱导等方法，使得病人学会放松转移自己的注意力消除不良心理因素，增强战胜疾病的信心
3、可轻轻叩击神经残端，也可进行多种理疗，如热敷、离子透入、腊疗和睡眠等疗法，使疼痛缓解
4、早期装配假肢，经常穿戴加压刺激一般1～3个月穿正规假肢后，幻肢觉，幻肢痛可逐渐消失
5、顽固性幻肢痛除心理护理及其他治疗外，可行普鲁卡因局部封闭，交感神经阻滞或切除术
6、对幻肢疼痛多不主张镇痛药物治疗，因易形成依赖性
研究显示截肢后的大脑皮质功能重组很可能是产生幻肢痛的中枢机制之一。截肢后伴有幻肢痛者，大脑皮质出现明显的功能重组现象，而截肢后不伴有幻肢痛患者，无明显的皮质功能重组现象。大脑皮质功能重组的程度与幻肢痛的程度有关，而与无痛性幻肢感(non-painfulphantomlimb)之间无明显关系。若给上肢截肢后伴有幻肢痛者应用臂丛麻醉，麻醉后幻肢痛明显缓解者，出现功能重组后的面与手感觉代表区的分界线（向中线有过移位），在疼痛缓解期会向外侧移位，即有退回至功能重组前所在位置的趋势。而麻醉后幻肢痛不缓解者和无痛性幻肢感者，麻醉前后其面与手代表区的分界线无明显移位现象。这项研究进一步说明，截肢后的大脑皮质功能重组可能与幻肢痛的形成有直接关系。
正电子断层成像技术(pisitron emission tomography，PET)检测发现，正常人痛刺激所诱发的神经活动出现在扣带回前部，而躯体感觉代表区皮质活动则没有明显改变。提示，正常成人大脑皮层的痛觉感受区与慢性痛者（包括幻肢痛）的痛觉感受区可能不同。
幻肢疼痛患者并无特别饮食要求，但刚完成截肢手术后患者需要注意饮食营养均衡，适当补充蛋白质和维生素，加速伤口愈合。禁食辛辣、刺激性食物。
中医认为本病由于外伤切割，痰浊瘀血阻滞经络，日久心肝心虚，脑失荣养，神魂失调，则出现如梦寐变幻的幻肢痛。针灸治疗本病基本上证实具有较好临床效果，具体方法如下：
体针加头针
主穴：分2组。a.风池、风府、四神聪、神庭、内关、神门。b.感觉区上1/5（头针穴）。
配穴：腰夹脊、环跳、秩边、阳陵泉、足三里、丰隆、悬钟、太冲。
主穴每次取一组，头针穴取健侧，双穴均取两侧，二组可轮换使用。配穴除腰夹脊取双侧，环跳、秩边取患侧，余穴均取健侧。每次取2～3穴，交替选用。以28号1.5寸毫针，刺入得气后平补平泻。风府、风池不留针，余穴留针30分钟。针刺时注意诱发出针感向大腿、小腿或足部传导，往往会增强止痛效果。头针穴，进针至要求深度后，接通电针仪，用连续波，频率为200次/分，电流强度以可忍受为度，通电30～40分钟。患肢残端局部发凉者，可用艾条在该处施雀啄灸，至皮肤潮红为度。上法每日1次，须连续治疗3～4周。
疗效判别标准：缓解：疼痛及其他症状完全消失；显效：疼痛程度减轻50％以上；有效：疼痛程度减轻25％以上；无效：疼痛及其他症状略有或均无改善。